ارزیابی بیوانفورماتیکی تاثیر ترکیبات گیاهی موجود در گیاهان دارویی Hyssopus officinalis L. ، Tragopogon graminifolius و Avicennia marina L. در مهار پروتئین های موثر در بروز مقاومت آنتی بیوتیکی در Acinetobacter baumannii

استینوباکتر بومانی باکتری مهمی در ایجاد عفونت های بیمارستانی می باشد که مقاومت چند دارویی دارد. چندین عامل در مقاوم شدن این باکتری ها در برابر داروها نقش دارند که مهم ترین آن ها پروتئین های OXA-24 beta-lactamase، OXA-23 beta-lactamase وOUTER MEMBRANE PROTEIN A (OMPA)  هستند. در همین راستا هدف از این مطالعه بررسی اثر مهارکنندگی ترکیبات گیاهی موجود در گیاهان دارویی شنگ، زوفا و مانگرو بر این پروتئین های استینوباکتر در محیط in silico می باشد.

در این پژوهش نخست ساختار ترکیبات گیاهی  و پروتئین های مورد بررسی به ترتیب از پایگاه های  PubChem  و PDB دریافت و سپس خصوصیات فیزیکوشیمیایی ترکیبات گیاهی و همین طور پتانسیل جهش زایی آن ها به ترتیب توسط سرور Swiss ADME  و نرم افزار Toxtree-v2.6.13 پیش بینی شدند. برای انجام داکینگ مولکولی و برهمکنش میان ترکیبات گیاهی و پروتئین های مورد نظر از محیط های ViewerLite، Chimera 1.14، Discovery Studio ، AutoDockTools-1.5.6  و AutoDock Vina استفاده شد. در نهایت، نتایج با استفاده از سه برنامه AutoDockTools ،Visualizer DS و Ligplot مورد آنالیز قرار گرفت.

پتانسیل جهش زایی و مهار سیتوکروم ها نشان دادند ترکیبات مربوط به H. officinalis پتانسیل جهش زایی و سمیت سلولی بالاتری نسبت به دو گیاه دیگر داشتند. علاوه بر این، نتایج نشان داد که ترکیبات گیاهی A. marina  جذب گوارشی بالاتری در مقایسه با سایر ترکیبات دارند. بررسی مقایسه ای برهمکنش ها نشان داد که ترکیبات گیاه H. officinalis و A. marina  برهمکنش های قوی تری را با پروتئین های مورد بررسی انجام می دهند. علاوه بر این مشخص شد قوی ترین برهمکنش های رخ داده بین ترکیبات گیاهی و پروتئین 1BXWمی باشد. از طرف دیگر مشخص شد ترکیبات گیاه T. graminifolius برهمکنش های ضعیف تری را با پروتئین های مورد ارزیابی ایجاد می کنند.

بر اساس نتایج به دست آمده از مطالعات داکینگ، در میان تمام ترکیبات مورد ارزیابی در هر سه پروتئین 1BXW، 3G4P و4K0X ، بهترین نتایج داکینگ مربوط به ترکیبات cis-pinocamphone و3,5-difluorophenyl ester 2,6-difluorobenzoic acid به ترتیب از گیاهان زوفا و مانگرو است. در حقیقت این ترکیبات با منفی ترین سطح انرژی اتصال (به ترتیب  Kcal/mol9- و 8/8-) تمایل بیشتری برای اتصال به آمینواسیدهای کلیدی جایگاه فعال هر سه پروتئین مورد مطالعه دارد. بنابراین ترکیبات مذکور می توانند به عنوان نامزدهای بسیار مناسبی برای بررسی آزمایشگاهی و in vivo فعالیت ضد A. baumannii محسوب شوند.