جداسازی و تعیین خصوصیات پروموتر ژن سینامات 4-هیدروکسیلازدر ریحان

اسانس ریحان (Ocimum basilicum L.) سرشار از ترکیبات فنیل پروپانوییدی مانند فنیل سینامات، متیل چاویکول، متیل اوژنول و اوژنول می باشد. در مسیر بیوسنتز فنیل پروپانوییدها ژن های کلیدی مهمی از جمله سینامات-4- هیدروکسیلاز دخالت دارد. امروزه با توجه به اهمیت پروموتر در دستکاری های ژنتیکی، انتقال ژن و تولید متابولیت های ثانویه در گیاهان، آگاهی از توالی پروموتر و عناصر تشکیل دهنده آن ضروری می باشد. بنابراین در این تحقیق با استفاده از روش واکنش زنجیره ای پلیمراز نامتقارن دمایی (Thermal asymmetric interlaced PCR) توالی ناحیه بالادست ژن سینامات-4- هیدروکسیلاز در گیاه ریحان شناسایی شد. در این تحقیق از دو نوع آغازگر که از نظر طول و دمای اتصال باهم متفاوت هستند استفاده شد تا توالی هدف تکثیر گردد. آغازگرهای نوع اول اختصاصی با دمای اتصال بالا و دارای سه توالی متفاوت بود. آغازگرهای نوع دوم اختیاری (شش عدد) با طول کوتاه و دمای اتصال پایین بود. واکنش های TAIL- PCR در سه مرحله صورت گرفت که در مرحله دوم و سوم به ترتیب از فرآورده های رقیق شده مراحل اول و دوم به عنوان DNA الگواستفاده گردید. بعد از الکتروفورز محصولات PCR و شناسایی باند مورد نظر، قطعه مورد نظر از ژل آگارز استخراج و تلخیص گردید و توالی یابی آن در دو جهت انجام گرفت. آنالیزهای بیوانفورماتیکی توالی با استفاده از برنامه های Softberry, PLANT CARE, PLACE وNeural Network Promoter  Prediction  انجام گرفت و مشخص شد پروموتر مورد نظر 794 جفت باز طول دارد. ناحیه TATA Box این پروموتر در اطراف نوکلیوتید 35- و ناحیه شروع رونویسی 170 نوکلیوتید بالا دست کدون آغاز ترجمه قرار دارد. چندین ناحیه تنظیمی عملکردی نظیر CAAT box ،W box،  G box و I box  نیز در توالی پروموتر شناسایی شد. بنابراین پروموتر شناسایی شده (بعد از ارزیابی و تایید نهایی) می تواند در برنامه های انتقال ژن و دستکاری های ژنتیکی در گیاه ریحان جهت افزایش برخی متابولیت های با ارزش استفاده شود.