بررسی همبستگی های دامنه بلند DNA برای ژن های موثر بر تولید شیر گاو

 وجود همبستگی های دامنه بلند در ملکول DNA اشاره به وجود فرآیندهای بازآرایی یا مضاعف شدگی DNA دارد. این نوع پدیده ها کاربرد مستقیم در اصلاح نژاد ندارند و بیشتر در بررسی های تکاملی به کار می روند. در این پژوهش فرض شد که با استخراج همبستگی های دامنه بلند DNA بین تمامی نوکلیوتیدهای مختلف درون یک ژن، می توان به درجه ای از ارتباط بین آن ها در وهله اول دست یافت و از اینرو احتمالا پژوهش های متکی به کشف SNP را بهتر می توان جهت دهی کرد.

24 ژن از ژن های موثر بر تولید شیر گاو در این پژوهش انتخاب شدند. توالی ،طول، شماره دست یابی، تعداد و طول هر اگزون و جایگاه آن بر روی کروموزوم از بانک ژنی NCBI دریافت و توالی ها با فرمت FASTA ذخیره شدند. با استفاده از نرم افزاری که قبلا با زبان #C طراحی شده بود با توجه به خواسته پژوهش، شماره دسترسی ژن های مورد بررسی وارد گردید و خروجی مناسب به دست آمد. برای محاسبه همبستگی های دامنه بلند DNA ژن های مورد بررسی، از نرم افزار CorGen استفاده شد.

نتایج نشان داد که سطح معنی داری از همبستگی دامنه بلند در توالی DNA ژن هایی مانند EZR, FGG, KRT6A, RAB1A, EIF3L, TBC1D20, ZNF419, S100A16, MRPL3, TPPP3, PHF10 وجود دارد. توان کاهشی حاصل از برازش تابع قانون توان روی همبستگی های دامنه بلند بدست آمده از ژن ها با طول های متفاوت، در دامنه 0.146و 0.643 قرار داشتند، لذا می توان نتیجه گرفت که کاهش میزان همبستگی های دامنه بلند با افزایش فاصله بین بازه های توالی DNA از روند تصادفی پیروی نمی کنند. بنابراین، هندسه فرکتال طبیعت نیز در این ژن ها دیده می شود.

ژن های مورد بررسی پیچیدگی بالا و مقیاس ناوردایی را در DNA خود دارند. همچنین مشخص شد میزان بسامد حاصل از همبستگی های دامنه بلند در ژن ها متفاوت اما نزدیک به هم بود. پیشنهاد می شود این نواحی از نظر وجود عدم تعادل پیوستگی مورد کنکاش بیشتری قرار گیرند.