بررسی اثربخشی کوئرستین و آنالوگ هایش بر آنزیم پروتئاز اصلی کووید-19 با استفاده از مطالعات داکینگ مولکولی

کووید-19 بیماری عفونی تنفسی حاد است که توسط ویروس SARS-CoV-2 ایجاد می شود و با توجه به شیوع سریع بیماری و علی رغم پیشرفت علمی انجام شده در توسعه واکسن، نیاز فوری به کشف داروهای ضدویروسی برای عملکرد بهتر در برابر سویه های جدید کروناویروس ها وجود دارد. در این تحقیق اثربخشی کویرستین و آنالوگ هایش بر آنزیم پروتیاز اصلی کووید-19 ارزیابی شد.

در این پژوهش توصیفی-تحلیلی، برای بررسی بیوانفورماتیکی، ساختار سه بعدی آنالوگ های کویرستین (20 ترکیب)، داروهای استاندارد (ریتوناویر و لوپیناویر) و آنزیم پروتیاز اصلی کووید-19 به ترتیب از پایگاه داده های PubChem و PDB دریافت گردید. مطالعات داکینگ مولکولی ترکیبات روی پروتیاز اصلی با استفاده از نرم افزار MOE.2014 انجام شد؛ سپس خصوصیات فیزیکوشیمیایی و فعالیت بیولوژی ترکیبات با استفاده از نرم افزارهای Swiss ADME، PASS وSwiss Target Prediction پیش بینی گردید.

یافته ها: 

یافته های مطالعه حاضر نشان داد که مهم ترین پیوند های درگیر در اتصال دارو با گیرنده، پیوند هیدروژنی، برهمکنش های هیدروفوب و π-π هستند. بهترین نتایج داکینگ مربوط به ترکیبات Baicalein، Genistein، Naringenin و Quercetin با داشتن انرژی اتصال قوی (83/12- تا 54/13- کیلوکالری بر مول)، در مقایسه با داروهای ریتوناویر و لوپیناویر است. این ترکیبات برای اتصال با آمینواسیدهای کاتالیتیکی His41 و Cys145 و دیگر آمینواسیدهای کلیدی جایگاه فعال آنزیم پروتیاز اصلی تمایل بیشتری دارند.

بحث و نتیجه گیری: 

بر اساس نتایج به دست آمده از مطالعات بیوانفورماتیکی، آنالوگ های کویرستین به سبب قرارگیری مناسب در جایگاه فعال آنزیم پروتیاز اصلی کووید-19، مهار موثرتری را نسبت به داروهای شیمیایی استاندارد ایجاد می کنند و می توانند کاندید های مناسبی برای بررسی های in vitro و in vivo باشند.