داکینگ مولکولی پپتید باکتریوسین انتروسین P با آنتی ژن سطحی باکتری اشرشیاکلای مولد ورم پستان در گاوشیری

استفاده بیش ازحد از آنتی بیوتیک ها برای درمان بیماری هایی مانند ورم پستان گاوهای شیری ناشی از اشرشیاکلای، منجر به ظهور باکتری های مقاوم شده است که تهدیدی برای سلامت عمومی قلمداد می شود. امروزه پپتیدهای ضدمیکروبی نظیر باکتریوسین ها به عنوان عوامل بالقوه ضدمیکروبی توجه بیشتری به خود جلب کرده اند؛ بنابراین بررسی پایداری و فعالیت ضدباکتریایی آن ها در شرایط بدن حیوان بسیار حایز اهمیت می باشد. لذا، باهدف بررسی پایداری حرارتی پپتید انتروسین P ن (P (EntP، ابتدا ساختار سوم EntP با استفاده از سرور I-TASSER پیش بینی شد. سپس، پایداری این ساختار در شرایط دینامیکی مولکولی مورد ارزیابی قرار گرفت. بدین منظور شبیه سازی با کمک نرم افزار GROMACS در مدت زمان ns 400 برای دمای طبیعی بدن گاوشیری (K°312) صورت گرفت. درنهایت منحنی RMSD مربوط به این پپتید در مقایسه با زمان، در طول خط سیر شبیه سازی رسم گردید. به منظور بررسی برهم کنش پپتید با پروتیین لیپوپلی ساکارید سطحی D (LptD از باکتری اشرشیاکلای مولد ورم پستان از سرور آنلاین ClusPro استفاده شد. در بخش آزمایشگاهی نیز حداقل غلظت مهارکنندگی (MIC) و حداقل غلظت کشندگی (MBC) براساس روش میکروبراث بر روی اشریشیاکلای برآورد گردید. براساس نتایج گزارش شده توسط سرور I-TASSER، بهترین ساختار پیش بینی شده ی پپتید EntP با ضریب اطمینان (C-score) برابر با 4/1 انتخاب شد. مقادیر گزارش شده توسط پلات های ERRAT و Verify3D نشان داد که ساختار سوم پیش بینی شده برای پپتید EntP رضایت بخش است. گراف RMSD مربوط به بررسی پایداری حرارتی EntP در دمای بدن گاو نشان داد که ساختار پپتید EntP پس از مدت ns 400 دارای خط سیر شبیه سازی پایدار است. نتایج مربوط به داکینگ مولکولی نیز نشان داد این پپتید به آنتی ژن LptD در موقعیت مناسب متصل می شود. میزان حداقل غلظت بازدارندگی (MIC) و حداقل غلظت کشندگی (MBC) به ترتیب 25/48 و5/96 (μg/ml) برای باکتری اشرشیاکلای برآورد شدند. امید است در آینده بتوان از این پپتید به عنوان ترکیبی جایگزین آنتی بیوتیک یا در کنار آن به منظور درمان بیماری های دامی با منشا اشرشیاکلای استفاده کرد.