تطبیق صفحات بتا با اپی توپ های پیش بینی شده توسط ایمونوانفورماتیک در مولکول IgG انسان

آنتی بادی ها یا ایمونوگلوبولین ها immunoglobulins (Igs)])[، توسط لنفوسیت های B تولید شده و برای تشخیص برخی بیماری ها شامل عفونت ها ارزشمند هستند. سنجش Igs نیازمند ابزارهای تشخیصی اختصاصی از جمله آنتی بادی های منوکلونال]  monoclonal antibodies (MAbs)[بوده و تولید MAbs  مستلزم تعیین اپی توپ های Igs  است. اپی توپ ناحیه ای از آنتی ژن است که توسط آنتی بادی شناسایی می شود. صفحات بتا نقش مهمی در ایجاد اپیتوپ دارند. IgG  فراوانترین Ig سرم بوده و نقش مهمی در دفاع علیه عوامل عفونی دارد. هدف این پژوهش شناسایی صفحات بتا و تطبیق آنها با اپیتوپ های پیش بینی شده در IgG انسان توسط ایمونوانفورماتیک میباشد.

توالی اسیدهای آمینه IgG مرجع انسان در پایگاه اطلاعاتی PDB (Protein Data Bank)، ساختار دوم IgG توسط نرم افزار Phyre2 (Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0) و محل قرار گیری صفحات بتا و اپیتوپهای IgG با استفاده از پایگاه داده IEDB (Immune Epitope Database) تعیین شدند.

یافته ها:

 ناحیه ای از IgG که بیشترین احتمال قرارگیری صفحات بتا را دارد، در زنجیره سبک در محدوده اسیدآمینه های 150 تا 175 و در زنجیره سنگین در محدوده اسیدامینه های 140-130، 170-160 ،200- 190 ، 245- 220، 410- 375 و 425-420، قرار دارد. سه اپی توپ در زنجیره سبک در ناحیه بین اسید آمینه های  شماره 160- 150،  175- 160و 205 -180 و سه اپی توپ نیز در زنجیره سنگین در ناحیه بین اسید آمینه های شماره 270- 200 ، 360- 290 و400- 380 شناسایی شدند.

نتیجه گیری:

 غالب اپیتوپ های IgG انسان در نواحی از مولکول که بیشترین احتمال قرارگیری صفحات بتا هست، قرار گرفته اند که نمایانگر انطباق نسبتا بالای صفحات بتا با اپی توپ های IgG است. این یافته ها در شناسایی هرچه بهتر اعمال IgG، طراحی اپی توپ های ایمنی زا برای تولیدMAbs  اختصاصی به هدف بهینه سازی کیت های تشخیصی IgG و همچنین تولید پروتیین های مشابه جهت اهداف تشخیصی مفید هستند.