طراحی سازه ایمونوژنیک بر اساس اپی توپ های پپتیدی با استفاده از ابزارهای ایمونو انفورماتیک علیه سل

  مایکوباکتریوم توبرکلوزیس یک مشکل عمده بهداشت جهانی در کشورهای توسعه نیافته و در حال توسعه است. علیرغم شیوع جهانی سل و فقدان داروهای ضد باکتری مناسب، هنوز به کمک روش های طراحی مدرن در رابطه با تهیه واکسن های مبتنی بر اپی توپ برای سل نیاز به پیشرفت بیشتر است.

  در این مطالعه به ترتیب به تعیین و تهیه اپی توپهای خاص سلول های T, B مورد نیاز برای تولید واکسن کایمربا کمک سرورهایی نظیر IEDB پرداخته شد. در ادامه بررسی انتی ژنسیته و الرژنسیته و توکسیسیتی اپی توپهای انتخابی توسط سرورهای مختلف دیگر مثل VaxiJenv2.0 وAllerTOP وToxinpred صورت گرفت. در ادامه پیکربندی ترکیب کایمر اولیه از واکسن اپی توپی با کمک لینکرهایی خاص انجام شد. سپس به ارزیابی واکسن کایمر از نظر ساختاری و قابلیت شناسایی توسط سلولهایB و ترکیبات MHCI,II و بررسی ساختار دو بعدی و جایگاه امینواسیدها وپیوندها در مدل سازه ایمنی زا و نیز بررسی فیزیکوشیمیایی و پایداری واکسن مدل توسط برخی نرم افزارها سرورهای دیگر بیوانفورماتیکی مانند PRABI و  SWISSMODELو PROCHECK  و PEPCALC و protParam پرداخته شد و در نهایت سپس برای شناسایی توسط مولکول هایHLA ، با استفاده از تکنیکdocking ، به منظور بررسی اثر متقابل با اپی توپ از طریق نرم افزار MVD مورد بررسی قرار گرفت.

  نتایج حاصل بیانگر ان بودند که سازه ایمنی زای ایجاد شده از لحاظ ارزیابیهای اینسیلیکو ساختارهای دو بعدی و بخصوص از لحاظ داشتن درصد الفا هلیکس کافی (39/77) در وضعیت مناسبی بود و ساختار سه بعدی ان دارای درصد شباهت بالایی با ترکیبات تعیین ساختار شده در سرور SWISSMODEL و I-TASSER بود. همچنین در بررسی درصد جایگاه قرارگیری مطلوب امینواسیدها وپیوندها توسط سرور PROCHECK دارای (99) درصد جایگیری مطلوب  امینواسیدها در ساختار کایمر ایجاد شده بود. همچنین سازه کایمری ایجاد شده فاقد سمیت و الرژی زایی و دارای توان انتی ژنسیته مطلوبی بود که توسط نرم افزارهای بیوانفورماتیکی این موارد مورد تایید قرار گرفت.و نیز کایمر ایجاد شد یک ترکیب پایدار و دارای نیمه عمر مطلوب و شرایط فیزیکوشیمیایی مناسبی از لحاظ حلالیت بود.

نتیجه گیری: 

 به طور کلی ساختار واکسنی تهیه شده در این فرآیند تحقیقاتی توانسته است در فرآیند داکینگ با برخی از اجزای سیستم ایمنی (HLA) تعامل مطلوبی داشته باشد که نشان دهنده شناسایی بهینه این ساختار توسط سیستم ایمنی هومورال و سلولی میزبان است و با تحریک سیستم ایمنی بدن میزبان باعث ایجاد ایمنی و مصونیت مطلوب در میزبان می شود، البته اثبات مطمین تر آن، نیازمند فرآیندهای فاز بالینی است.