آنالیز in silico ژن 6- فروکتوز ترانسفراز در Triticum aestivum L.

ساکارز: فروکتان 6- فروکتوزیل ترنسفراز آنزیمی است که انتقال گروه فروکتوزیل از ساکارز را به گیرنده های مختلف کاتالیز می کند. اهمیت این پروتیین به دلیل نقش آن در افزایش مقاومت گیاه در برابر تنش ها می باشد. به دلیل اهمیت انتقال ساکارز در سلول، این ژن به کمک پایگاه های مختلف اطلاعاتی و نرم افزارهای گوناگون بیوانفورماتیک مطالعه گردید و با ژن های دخیل در هیدرولیز O-glycosyle در گندم و نیز ژن هایی از دیگر گونه های گیاهی مورد مقایسه قرار گرفت. آنالیز فیلوژنی 21 گونه مورد بررسی را در هشت گروه مجزا قرار داد. با برنامه FgenesH بر روی رشته مثبت این ژن یک اگزون شناسایی گردید و مشخص گردید که پروتیین پیش بینی شده آن 619 اسید آمینه طول دارد. با برنامه MapViewer مشخص شد که توالی حامل ژن ساکارز: فروکتان 6 -فروکتوزیل ترانسفراز (6-SFT) اکسشن (JQ728011) بر روی کروموزوم شماره 4 گندم قراردارد. نقطه ایزوالکتریک (pI) پروتیین مورد نظر19/5، بار خالص آن 24- می باشد و بررسی شاخص ناپایداری (Instability indx)  نشان داد که این پروتیین عمر بالایی دارد. وزن مولکولی پروتیین ساکارز: فروکتان 6- فروکتوزیل ترانسفراز معادل 68 کیلو دالتون دالتون تعیین شد و از نظر پدیدایی (Ontology) این پروتیین در داخل سلول می ماند. این پروتیین دارای دو دمین حفاظت شده PF00251 (Glyco- hydrolasy) و SSF75005 (Arabinana) در انتهای آمینی و یک دمین SSF49899 (Cancanava) در انتهای کربوکسیلی می باشد. استنباط گردید که این پروتیین به واسطه دمین Glyco-hydrolasy پس از سنتز در سیتوپلاسم به هسته انتقال یافته و باعث تنظیم هیدرولیز O-glycosyle در گندم می گردد. مقایسه ساختار ثانویه پروتیین وجود صفحات آلفا را تایید کرد. مدل سازی سه بعدی این پروتیین در گندم به روش همولوژی مدلینگ و با استفاده از پایگاه داده Swiss Model پس از انتخاب الگوی مناسب با میزان شباهت بالا که از پایگاه داده PDB استخراج شد، انجام گرفت. جهت اعتبارسنجی ساختاری مدل ترسیم شده سه بعدی و آنالیز استریوشیمیایی، نمودار راماچاندران ترسیم و زوایای دی هیدرال محاسبه شدند. نتایج ارزیابی کیفیت ساختاری نشان داد که مدل های پیشنهادی دارای کیفیت و پایداری مناسبی می باشند. مطالعه ساختار پروتیین می تواند به درک عملکرد پروتیین کمک کند و بررسی جزییات ساختار آن می تواند در مطالعات جایگاه فعال پروتیین و داکینگ سودمند باشد.