بررسی مجموعه های ژنی و مسیرهای زیستی مرتبط با برخی صفات بیومتری در گوسفند

 شناسایی ژن های بزرگ اثر موثر بر صفات مهم اقتصادی یکی از مهم ترین اهداف اصلاح نژادی در پرورش گوسفند است.

پژوهش حاضر با هدف مطالعه پویش ژنومی بر اساس آنالیز مجموعه های ژنی برای شناسایی جایگاه های ژنی موثر بر وزن تولد و صفات بیومتری با استفاده از آرایه های ژنومی با تراکم بالا بوده است. روش کار: بدین منظور از اطلاعات رکورد های فنوتیپی و ژنوتیپی مرتبط با وزن تولد (BW)، طول بدن، (BL) ارتفاع قد از جدوگاه (WH) و دور سینه (CG) 277 نمونه از گوسفند لوزهانگ استفاده شد. ابتدا آنالیز پیوستگی برای وزن تولد و صفات بیومتری در برنامه GEMMA انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 ژن های معنی داری که در داخل و یا 25 کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنی دار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن های نزدیک به مناطق انتخابی و ژن های کاندیدا از طریق پایگاه های GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد.

در این پژوهش تعداد 14 نشانگر تک نوکلیوتیدی واقع روی کروموزوم های 2، 3، 5، 7، 11، 13، 17، 19، 20 و 25 شناسایی شدند که با ژن های MYL1، MYL3، ACACA (BW)، PLCB1 ، BMPR1A، LRPPRC، PTBP1، TMEM117 (BL)، ADIPOR2، SYN3، TRAK1 (WH) و PPARG، HMGA1 (CG) مرتبط بودند. در تفسیر مجموعه ژنی تعداد 21 مسیر هستی شناسی ژنی و بیوشیمیایی با صفات وزن تولد و بیومتری شناسایی شد (P˂0.05). از این بین، مسیرهایmuscle structure development ، carbohydrate derivative metabolic process، anatomical structure formation involved in morphogenesis، skeletal system development، positive regulation of ossification، muscle cell proliferationو GnRH signaling pathway عملکرد های مهمی را در ارتباط با رشد و توسعه عضلات اسکلتی، هموستازی گلوکز، فرآیند استخوان سازی، تنظیم یون کلسیم و فعال سازی مسیر سیگنال دهی MAPK بر عهده داشتند.

با توجه به تایید نتایج حاصل از مطالعه قبلی در زمینه پویش ژنومی وزن تولد و صفات بیومتری و شناسایی مناطق ژنومی جدید استفاده از یافته های این تحقیق می تواند در انتخاب ژنتیکی برنامه های اصلاح نژادی گوسفند مفید باشد.