همسانه سازی و بررسی تبارزایی جدایه های ایرانی narcissus latent virus براساس ترادف نوکلئوتیدی ناحیه ’3 ژنوم

ویروس نهفته نرگس (narcissus latent virus, NLV) یکی از بیمارگرهای بسیار مهم و خسارت زای ارقام تجاری گیاه نرگس و زنبق در سراسر جهان می باشد. به منظور شناسایی این ویروس، گیاهان زنبق با علایم مشکوک ویروسی از شمال شرق کشور جمع آوری و ناحیه ´3 ژنوم آنها با استفاده از آغازگرهای اختصاصی با روش رونویسی معکوس و واکنش زنجیره ای پلی مراز (RT-PCR) تکثیر و همسانه سازی شد. ناحیه CP-UTR این جدایه ها (سه جدایه) به همراه تعدادی از ترادف های جدایه های موجود در بانک ژن (24 جدایه) مقایسه و پس از انجام همردیف سازی چندگانه، مورد تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی قرار گرفتند. جدایه های مورد مقایسه در درخت فیلوژنتیکی در دو گروه جداگانه قرار گرفتند (I وII) و جدایه های ایرانی در کنار جدایه هایی از لهستان، نیوزیلند، و بریتانیا در گروه II قرار گرفتند. مقایسه درصد مشابهت ژنتیکی نشان داد که جدایه های ایرانی با سایر جدایه های NLV بین 47/77 تا 12/98 درصد در سطح نوکلیوتیدی مشابهت دارند که به ترتیب بیشترین میزان شباهت (بین 65/97 تا 12/98 درصد) با جدایه NLV5_1 (JX270766) از لهستان و کمترین (بین 47/77 تا 95/77 درصد) با جدایه NLV3 (JX270762) از لهستان بود. همچنین تشابه توالی نوکلیوتیدی و آمینواسیدی سه جدایه ایرانی با یکدیگر به ترتیب 84/97-97 و 02/99-38/97 درصد تعیین گردید. میزان تنوع نوکلیوتیدی ناحیه CP-UTR  بین جدایه های NLV، 130/0 به دست آمد که نشان دهنده تنوع ژنتیکی بالای این ویروس در این ناحیه از ژنوم است. نتایج پژوهش حاضر می تواند در برنامه های به نژادی مولکولی برای تولید ارقام مقاوم به ویروس مفید بوده و خسارت ناشی از بیماری را کاهش دهد.