تحلیل و بررسی فیلوژنتیکی برخی ژنوتیپ های گیاه لوفا (Luffa cylindrica) بر اساس توالی ناحیه بین ژنی trnH-psbA

لوفا با نام علمی Luffa cylindrica گیاهی از خانواده کدوییان است که بیشتر در مناطق گرمسیری و نیمه گرمسیری جهان از جمله در اکثر مناطق ایران رشد می کند. در این تحقیق تنوع ژنتیکی 9 ژنوتیپ بومی و غیر بومیL. cylindrica  از طریق ارزیابی ناحیه بین ژنی trnH-psbA (IGS) کلروپلاستی مورد بررسی قرار گرفت. پس از نمونه برداری از برگ های جوان، استخراج DNA به روش دلاپورتا و PCR با استفاده از آغازگرهای ناحیه بین ژنیIGS  انجام شد. محصولات تکثیر شده پس از تعیین توالی، با استفاده از نرم افزار Chromas تعیین کیفیت شده و سپس با برنامه ClustalW توسط نرم افزارهای BioEdit وMEGA7 هم ردیف سازی شدند. در ادامه نمودار درختی روابط فیلوژنی و ماتریس تفاوت و تشابه توالی ها تعیین و ترسیم شدند. در تحقیق حاضر با بررسی قرابت ها با استفاده از نشانگر trnH-psbA (IGS) در میان نمونه های مورد مطالعه، تنوع شدید درون گونه ای در L. cylindrica بومی و غیربومی مشاهده شد. ماتریس فاصله ژنتیکی بین نمونه های بررسی شده در این تحقیق از صفر تا 865/6 با میانگین کلی فاصله 53/2 بود. مقدار متوسط جایگزینی های مترادف و غیرمترادف (dN/dS) برای توالی IGS 68/0ds/dn = بود که نشان دهنده گزینش های مثبت و خالص در روند انتخاب طبیعی ژنوتیپ های مورد مطالعه می باشد. تاکنون هیچ مطالعه ای در خصوص بررسی مولکولی و شناسایی ژنوتیپ های بومی مختلف گیاه لوفا در ایران و مطالعات فیلوژنتیکی این ژنوتیپ ها صورت نگرفته است. در این تحقیق از نشانگر trnH-psbA (IGS) استفاده شد تا تنوع موجود در برخی از ژنوتیپ های لوفای بومی و غیربومی بررسی و فاصله ژنتیکی آن ها تعیین شود. نتایج این تحقیق نشان داد که بر اساس درخت فیلوژنی و بررسی فواصل ژنتیکی با کمک نشانگر trnH-psbA تنوع درون گونه ای این گونه گیاهی به خوبی قابل ارزیابی می باشد.