بررسی تنوع ژنتیکی گاوهای بومی ایران و هلشتاین با استفاده از اطلاعات ژنومی

در مطالعه ی حاضر، از اطلاعات ژنومی 590 راس گاو شامل گاوهای بومی سرابی، کرمانی، کردی، تالشی، سیستانی، نجدی، مازندرانی و توده نژادی پارس، آمیخته های بومی شمال غرب کشور، هلشتاین ایران، هلشتاین فرانسه و هلشتاین ایرلند استفاده شد.کنترل کیفی با استفاده از نرم افزار Plink انجام شد. به-طوری که جایگاه ها و افراد با بیش از 5 درصد ژنوتیپ ازدست رفته، نشانگرهای SNP با MAF کمتر از 1 درصد و نیز نشانگرهای SNP که بر اساس تصحیح بنفرونی خارج از تعادل هاردی - واینبرگ بودند، حذف شدند. درنهایت تعداد 509 راس حیوان با تعداد 13512 نشانگر SNP برای مطالعات ساختار جمعیت مورداستفاده قرار گرفت. بررسی و شناسایی گروه های ژنتیکی با استفاده از آنالیز تحلیل مولفه های اصلی (PCA) و توسط پکیج آماری GenABEL انجام شد. اطلاعات مربوط به آنالیز PCA و اختلاط جمعیتی نشان داد که جمعیت های موردمطالعه در چهار گروه مجزا شامل گاوهای سرابی خالص در گروه اول، آمیخته های بومی شمال غرب کشور در گروه دوم، جمعیت های اصیل هلشتاین در گروه سوم و نژادهای بومی ایران در گروه چهارم قرار دارند. همچنین نتایج آنالیز شاخص تمایز جمعیتی (FST) نشان دهنده دامنه ی وسیعی از تمایز بین جمعیت ها از 180/0 بین نژادهای سیستانی و کردی تا 007/0 و 004/0 در بین نژادهای هلشتاین ایران و ایرلند با هلشتاین فرانسه بود. بررسی تمایز جمعیتی دام های بومی با هلشتاین اصیل حاکی از آن بود که نژاد سیستانی بالاترین تمایز را با نژادهای مختلف هلشتاین (128/0 تا 138/0) دارد و با اختلاف اندک نسبت به سایر نژادها، نژاد کردی و مازندرانی کمترین تمایز ژنتیکی را با جمعیت های هلشتاین موردمطالعه داشتند.