تحلیل مقایسه ای ژنوم کروناویروس های بیماریزای انسان و دام

کروناویروس‎هایی که عمدتا عامل عفونت های گوارشی و تنفسی هستند، در طیف وسیعی از میزبانان شناسایی شده اند. در بین انبوه داده های ژنومی به دست آمده از این خانواده تفاوت ها و تشابهاتی دیده می شود که قابل تحلیل با روش های مجازی می‎باشد.

در مطالعه حاضر مقایسه ژنومی کروناویروس های مهم در حوزه پزشکی و دامپزشکی با هدف دست یابی به اطلاعات بیشتر و دقیق تر از تشابهات و تفاوت های ژنتیکی اعضای مختلف این خانواده صورت گرفته است.روش‎کار: توالی های ژنومی گونه های مهم بیماریزای کرونا ویروس از پایگاه های داده NCBI وVPR استخراج شد. در ادامه، با استفاده از الگوریتم بلاست توالی های سایر گونه ها با توالی ژنوم ویروس SARS-CoV-2 هم ردیف و درصد تشابهات محاسبه شد. توالی های اسیدآمینه پروتیین های ساختاری و غیرساختاری مرتبط با نواحی کدشونده (CDS) به صورت جداگانه هم ردیف شدند و میزان شباهت آن ها محاسبه شد. ساختارهای فضایی هر پروتیین با پروتیین متناظر در ویروس SARS-CoV-2 مقایسه شدند و میزان تشابهات به صورت مدل امتیاز دهی قالبی (TM-Score) به دست آمد. در پایان، درخت سلسله تبار گونه های کروناویریده بر مبنای داده های توالی نوکلیوتیدی و اسیدآمینه رسم شد.

بیشترین تشابهات بین گونه ای، از لحاظ توالی نوکلیوتیدی، آمینواسیدی و اشکال فضایی، در پروتیین های غیرساختاری nsp12، nsp13، nsp14 و nsp16 مشاهده شد. ژن های کد کننده این پروتیین ها در ناحیه ژنی ORF1ab قرار دارند که در رونوشت برداری ویروس نقشی حیاتی دارد.

نتیجه گیری نهایی:

 بر اساس نتایج به دست آمده از مطالعه حاضر مجتمع رونوشت برداری شباهت های زیادی در بین کروناویروس های انسانی و دامی دارد. داده های تطبیقی و تحلیلی مجتمع رونوشت برداری ویروس های خانواده کروناویروس را می توان به عنوان یک هدف مهم جهت توسعه روش های تشخیص، انواع درمان های ضد ویروسی و طراحی واکسن مورد استفاده قرار داد.