شناسایی برخی ژن های دخیل در مسیر بیوسنتزی اسکلت ترپنوئیدی اسطوخودوس (Lavandula angustifolia cv. Hidcote) با تکنیک توالی یابی RNA

توالی یابی RNA در حال حاضر یک انتخاب مناسب جهت مطالعه ترانسکریپتوم گیاهان غیرمدل می باشد که با شناسایی سریع تر شبکه های ژنی و الگوهای ژن های تولیدکننده متابولیت های ثانویه، می تواند جهت افزایش این ترکیبات موثر واقع شود. در این مطالعه، به منظور شناسایی برخی ژن های دخیل در مسیر ساخت اسکلت ترپنوییدی در سرشاخه های هوایی (برگ و گل) گیاه دارویی اسطوخودوس (Lavandula angustifolia cv. Hidcote) بااستفاده از توالی یابی RNA، با تکنیک پربازده Iluumina HiSeq2500 انجام گرفت. پس از کنترل کیفیت خوانش ها با استفاده از نرم افزارهای FastQC و Trimmomatic، تعداد 306995557 خوانش با کیفیت مناسب تولید شد که بعد از یکپارچه سازی de novo با برنامه Evidentialgene، منجر به تولید 262412 یونی ژن با میانگین طول 07/1181 و N50 معادل 1633 نوکلیوتید شد. جهت شناسایی یونی ژن های مرتبط با مسیر بیوسنتزی اسکلت ترپنوییدی، توالی یونی ژن ها در پایگاه KASS بارگذاری شد. در مجموع 17777 یونی ژن در 122 مسیر زیستی شناسایی شدند، مسیر "اسکلت ترپنویید" با تعداد 88 یونی ژن از پر تعدادترین مسیرهای شناسایی شده از میان 1664 یونی ژن مسیر بیوسنتز متابولیت های ثانویه بود. به طورکلی نتایج حاصل از تفسیر کارکردی ژن ها منتهی به شناسایی 27 ژن در مسیر بیوسنتز اسکلت ترپنویید ها شد که شامل تمامی ژن های دو مسیر اصلی بیوسنتزی اسکلت ترپنوییدی (مسیر سیتوزولی موالونیک اسید (MVA) و پلاستیدی متیل- اریترول- فسفات (MEP) از ابتدای مسیر تا تولید ایزوپنتنیل دی فسفات (IPP) بود. شناسایی توالی ژن های مسیرهای بیوسنتزی اسکلت ترپنوییدی و عملکرد های مرتبط با آن می تواند پایه ای برای پژوهش های بعدی با پیشبرد اهداف مهندسی متابولیت این ژن ها شود.