شناسایی ژن های کلیدی درگیر در پاسخ به تنش گرمایی در Brassica napus L.: بازسازی شبکه های ژنی، ژن های هاب و تجزیه و تحلیل پروموترها

Brassica napus محصولی با دانه های روغنی غنی از پروتیین است که در غذا، صنعت، دارو و خوراک دام استفاده می شود. استرس گرمایی بهره وری آن را محدود می کند و شناسایی ژن ها و مسیرهای دخیل در پاسخ به استرس را ضروری می کند. ما ژن های با بیان متفاوت را در B. napus تحت تنش گرمایی، تحلیل کردیم. آن ها برای تعاملات ژنی با استفاده از پایگاه داده STRING تحلیل شدند و با استفاده از Cytoscape مشاهده شدند. برای شناسایی ژن های کلیدی درگیر در پاسخ استرس گرمایی در از ابزار CytoHubba برای شناسایی ژن هاب استفاده کردیم. علاوه بر این، هستی شناسی ژن و مسیرهای مهمی که در آن دخیل هستند را تحلیل نمودیم تا بینشی در مورد نقش عملکردی و مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با این ژن ها به دست آوریم. همچنین از MEME Suite برای تحلیل نواحی پروموتر ژن های هاب استفاده کردیم. نتایج کاهش فعالیت کمپلکس b6-f، یک جزء کلیدی از زنجیره انتقال الکترون، تحت تنش گرمایی را نشان داد و ATPase ناقل کلسیم غنی شده و خانواده پروتیینی تنش حرارتی را شناسایی کردیم. تحلیل های KEGG و خوشه بندی، اهمیت لیپیدهای غشایی، متابولیسم گالاکتوز و پردازش پروتیین در شبکه آندوپلاسمی را در تنش و انتقال سیگنال برجسته کردند. مطالعه ما ژن های کلیدی، از جمله فاکتورهای رونویسی و چاپرون ها را برای رشد گیاهان مقاوم در برابر حرارت از طریق اصلاح ژنتیکی ارایه کرد. این نتایج از طریق تحلیل بیوانفورماتیکی به دست آمده و نیاز به اعتبار سنجی بیشتر با استفاده از رویکردهای تجربی دارد.