مقایسه روش های پیش پردازش داده های بیان ژن در ریزآرایه های افی متریکس

امروزه، فنآوری ریزآرایه، روشی قدرتمند برای اندازه گیری هم زمان الگوهای بیان ژن، شمار زیادی از ژنها است. پیش از آنالیز، داده های ریزآرایه، باید پیش پردازش شوند تا، با حذف بسیاری از منابع تغییرات، نتایج آنالیز داده ها صحت لازم را داشته باشند. بدین منظور، فرآیند پیش پردازش چند گامه شامل: تصحیح پس زمینه، نرمال سازی، و چکیده سازی دارد که هر کدام به چندین روش انجام می شوند. هدف این پژوهش، مقایسه ی اثر روش های متفاوت پیش پردازش بر نتایج آنالیز داده های ریزآرایه است. در این راستا، داده های استفاده شده در این پژوهش، از وبگاه NCBI دانلود شدند. شماره ی دسترسی، شماره ی پلت فرم و نام داده ها به ترتیب GSE56589، GPL18534 و Affymetrix Bovine Genome Array است. دو روش تصحیح پس زمینه (MAS.5 و RMA.2)، دو روش نرمال سازی (Scaling normalization و Quantile normalization) و دو روش چکیده-سازی (Tukey biweight و Medianpolish) ارزیابی شد. در نهایت، نتایج حاصل از این مطالعه، نشان داد که تعداد و نوع ژن های با بیان متفاوت در روش های مختلف چکیده سازی تفاوت زیادی ندارند، اما، با تغییر در روش تصحیح پس زمینه یا روش نرمال سازی هم تعداد و هم نوع ژن های با بیان متفاوت تغییر زیادی می کند.