بررسی توالی های نوکلئوتیدی و اسید آمینه ای آنزیم انهانسین در باکولوویروس ها

یکی از گروه های ژنی مهم که در برخی از باکولوویروس های بیمارگر حشرات حفاظت شده اند، ژن های انهانسین هستند. در تحقیق حاضر، توالی های نوکلئوتیدی و پروتئینی انهانسین و روابط فیلوژنتیک میان آن ها همراه با تجزیه و تحلیل کدونی توالی های نوکلئوتیدی و نواحی حفاظت شده با استفاده از پایگاه های محاسباتی بررسی شد.

شصت و هفت توالی نوکلئوتیدی و اسید آمینه ای مربوط به ژن انهانسین از بانک ژن استخراج و برای رسم درخت فیلوژنتیکی بر مبنای روش حداکثر احتمال استفاده شد. توالی های نوکلئوتیدی مربوط به نه ژن منتخب برای بررسی فراوانی کدون ها انتخاب و از پایگاه سکوئنس مانیپیولیشن سوئیت استخراج شدند. برای مشاهده نواحی حفاظت شده در توالی های اسید آمینه ای از سایت موتیف سرچ استفاده شد.

درخت رسم شده بر اساس توالی های نوکلئوتیدی و اسید آمینه ای ، به ترتیب دو و سه گروه اصلی را به نمایش گذاشت. توالی های آگروتیس سگتومگرانولوویروس، اپروفترا بروماتا نوکلئو پلی هدر ویروس و کوریستونورا فومیفرانا مالتیپل نوکلئو پلی هدرو ویروس هر کدام در گروه مجزای خود قرار داشتند. در تمام نه توالی نوکلئوتیدی منتخب، کدون های فراوان تر شامل ATG و TGG بودند که به ترتیب مربوط به اسید آمینه های متیونین و تریپتوفان هستند. در توالی های اسید آمینه ای ، توالی حفاظت شده HEXXH مشخص شد. توالی های حفاظت نشده متناظر HAISF، HCMAE، QTLGD، HQXXH و HVXXH در برخی مشاهده شدند.

از آنجا که تولید و ترشح هر چه بیشتر آنزیم انهنسین می تواند برای افزایش فعالیت حشره کشی باکولوویروس ها استفاده شود و بصورت تجاری برای کنترل آفات بکار رود، مطالعات بیوانفورماتیک برای پیش بینی ویژگی های نوکلئوتیدی و اسید آمینه ای پروتئین های مذکور در این زمینه بویژه با تولید باکولوویروس های نو ترکیب می تواند بسیار راه گشا باشد.