بررسی ساختار و قرابت پروتئین های دهیدرین توسط ابزارهای بیوانفورماتیک در گیاهان تک لپه و دولپه

پروتئین های گروه دهیدرین (Dehydrin: DHN)، گروهی از پروتئین های مهم دخیل در پاسخ به تنش های غیر زیستی مانند سرما و خشکی در گیاهان هستند. این پروتئین ها به گروهی از پروتئین های محافظت کننده از سایر پروتئین ها به نام type II Late embryogenesis abundant تعلق دارند. با توجه به اهمیت پروتئین های گروه دهیدرین در گیاهان، در این تحقیق روابط تکاملی این گروه در گیاهان مختلف موردبررسی قرار گرفت. بدین منظور توالی های پروتئین های دهیدرین گیاهان مختلف از سایت NCBI استخراج و هم ردیف گردید. نتایج وجود نواحی حفاظت شده ازجمله موتیف K و S که به ترتیب در واکنش با دیگر پروتئین های تحت تنش و محافظت از آن ها و همچنین انتقال پروتئین های گروه دهیدرین از سیتوپلاسم به هسته نقش دارند را در بین ژن های مورد بررسی نشان داد. درخت فیلوژنی بر پایه نواحی حفاظت شده و با روش Neighbor Joining رسم گردید و توالی خطی و درصد اسیدآمینه های موجود در ساختار این پروتئین ها به همراه توالی مکمل ژنومی آن ها نیز مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که پروتئین های گروه دهیدرین دولپه ای و تک لپه ای ها به دو گروه مجزا تفکیک شده و در هر گروه نیز بر اساس نزدیکی و دوری جنس های مختلف گیاهی در کلاسترهای مجزا قرار گرفتند. همچنین گیاهان تک و دولپه ازلحاظ توالی خطی اسیدآمینه و درصد آن ها هم اختلاف بالایی را نشان دادند. از طرفی، بررسی توالی ژنومی این گیاهان نشان دهنده وجود ساختارهای حفاظت شده و مشابه بود.