مقایسه روش‏های استخراج RNA به منظور بهینه ‏سازی استخراج RNA کل از گیاه گاوزبان اروپایی تحت تنش کادمیوم

کیفیت و کمیت مناسب RNA برای انجام موفقیت آمیز مطالعات پروفایل بیان ژن مانند توالی ‏یابی RNA و ریزآرایه ‏ها مسئله ضروری است. جداسازی RNA از گیاهان دارویی مانند Borago officinalis که حاوی مقادیر بالایی از پلی‏ فنل ‏ها و پلی‏ ساکاریدها هستند، چالش بزرگی است. همچنین استخراج اسیدهای نوکلئیک از بافت های گیاهی که در معرض شرایط تنش زای ناشی از سمیت فلزات سنگین ازجمله کادمیوم قرار دارند به دلیل افزایش تجمع گونه های فعال اکسیژن و متابولیت های ثانویه دشوار است. در مطالعه حاضر پنج روش استخراج RNA شامل روش‏های مبتنی بر فنل-کلروفرم، CTAB، SDS، محلول استخراج RNX-Plus و RNX-Plus تغییریافته برای استخراج RNA از ریشه و برگ گاوزبان اروپایی در معرض تنش کادمیوم مقایسه شد. پس از بررسی روش‏های استخراج، یک دستورالعمل سریع، ساده و کارآمد مبتنی بر روش استخراج RNX-Plus تغییریافته ارائه شد که بر محدودیت های ناشی از کیفیت پایین و عملکرد کم RNA جداشده از این گیاه غلبه می کند. مقادیر نسبت های A260/A280 و A260/A230 برای RNA حاصل از روش RNX-Plus تغییریافته به ترتیب 2.1 و 2.07 بود که این نتایج خلوص بالای آن را نشان می‏دهد. عوامل موثری که منجر به حذف ناخالصی‏ ها در این روش تغییریافته شدند عبارت اند از: افزایش نسبت بافر استخراج به نمونه گیاهی پودر شده، استفاده از حجم بهینه کلروفرم، افزایش زمان ته ‏نشینی در دمای 20- درجه سانتی گراد، شستشو RNA با لیتیوم کلراید و شستشو مجدد با اتانول. همچنین غلظت 15± 333 و 43± 463 نانوگرم در میکرولیتر RNA با عدد یکپارچگی RNA  برابر با 8.6 و 9.05 به ترتیب از ریشه‏های تحت تنش کادمیوم و شاهد به دست آمد. ازآنجایی که RNA حاصل استانداردهای کنترل کیفیت را برای ساخت کتابخانه cDNA، RT-PCR و توالی‏ یابی RNA گذرانده است، می‏ توان آن را به عنوان روشی ساده و کارآمد برای استخراج RNA از این گیاه دارویی در نظر گرفت.