مطالعه پویش کل ژنوم جهت شناسایی جایگاه های ژنتیکی مرتبط با بیماری لکوز در گاوهای هلشتاین ایران

عفونت ویروس لوسمی گاوی (BLV) بیش تر در گله های شیری شیوع داشته و به دلیل محدودیت های تجاری و مرگ ومیر ناشی از لنفوسارکوم باعث ضررهای اقتصادی مستقیم می شود که هم چنین با کاهش تولید شیر و افزایش نرخ حذف نیز مرتبط می باشد.  هدف از این پژوهش، مطالعه پویش کل ژنوم (GWAS) برای شناسایی مناطق ژنومی و ژن های کاندیدا مرتبط با عفونت به BLV بود. این مطالعه با استفاده از گاوهای هلشتاین ایران که به طور طبیعی به BLV آلوده شده بودند، انجام گرفت. بدین منظور از 150 راس گاو هلشتاین در یکی از گاوداری های صنعتی اصفهان، نمونه خون جمع آوری و از آن ها استخراج DNA و سرم انجام گردید. سپس نمونه های DNA آماده شده با استفاده از تراشه های k30 (SNPchip30k) (توسط شرکت ایلومینا) تعیین ژنوتیپ شدند. کنترل کیفیت نشانگرهای تعیین ژنوتیپ شده براساس شاخص های فراوانی آلل نادر (05/0 PMAF <)، ژنوتیپ از دست رفته (05/0PMIND >)، نرخ تعیین ژنوتیپ (05/0PGENO>) و تعادل هاردی-واینبرگ (6-10×1PH-W <) توسط نرم افزار PLINK انجام شد. بعد از آنالیز کنترل کیفیت 145 راس گاو (77 بیمار و 68 شاهد) و 22868 نشانگر برای ادامه آنالیز باقی ماند. پس از انجام آنالیز پویش ژنوم در برنامه PLINK در نهایت هشت نشانگر بالاتر از حد آستانه معنی داری، شناخته شدند که بیش ترین نشانگرهای معنی دار در کروموزوم های 17 و 21 قرار داشتند. با بررسی بیوانفورماتیکی مناطق ژنومی معنی دار با استفاده از پایگاه های برخط ensemble و genecards، ژن های مرتبط با نشانگرهای معنی دار انتخاب شده، شناسایی شدند که مهم ترین آن ها GRK4، TP53BP1، SCAPER، GLRB، PDGFC، TNIP2، PSTPIP1، CEP350، MR1، TOM1L2، SREBF1، COPS و TNFRS13B بود.