مطالعه جامع ژن های غیرکدکننده بلند مرتبط با سندرم آسیت طیور

سندرم آسیت ، عارضه ای است که معمولا، در جوجه های گوشتی در حال رشد در تمام نقاط دنیا رخ می-دهد واین بیماری یکی از علل مهم تلفات در بسیاری از گله ها می باشد. درسبب شناسی این عارضه درپرندگان حساس نسبت به پرندگان مقاوم، علاوه بر فاکتور های محیطی، پروفایل بیان متفاوت ژن ها احتمالا، در حین یا قبل از بروز بیماری دخیل می باشد. همچنین، عامل این تفاوت بیان ژن، ممکن است تحت تاثیر RNAهای غیرکدکننده طویل باشد. لذا هدف از تحقیق حاضر، شناسایی و کشف ژن های غیرکدکننده بلند طولانی موثر برسندرم آسیت در جوجه های گوشتی بود.

بدین منظور، از شش مجموعه داده متعلق به چهاربافت (کبد، کلیه، قلب و سرخرگ ششی) استفاده شد. جهت شناسایی ژن های غیرکدکننده بلند طولانی از انواع نرم افزارها (CPC2, CNIT PLEK, FEELNC, PLIT) و انواع بلاستها بر علیه پایگاه داده های مختلف NR و Refseq و همچنین، سایر ابزارهای شناسایی رونوشت ها استفاده شد. برای انجام متاآنالیز ازنرم افزار meta-RNAseq و روش فیشر استفاده شد.

بررسی نتایج این تحقیق نشان داد که 188 رونوشت lncRNA به عنوان RNA غیرکدکننده بلند طولانی جدید در بافت های مورد بررسی کشف و شناسایی شدند. از این تعداد، 166 lncRNA در فاصله 50±هزار بازنوکلئوتیدی با 689 تعداد ژن همجوار بودند. آنالیز همبیانی نشان داد که بین 13عدد lncRNA وتعداد 17 ژن همجوار همبستگی بالای 90/0 وجود داشت. از این 17تعداد ژن همجوار،6 تعداد ژن کدکننده شناخته شده بودند. بررسی سطح معنی داری بین گروه پرندگان سالم و آسیتی نشان داد که در بافت سرخرگ ششی بیان 4 ژن به صورت معنی داری متفاوت بود که این 4 ژن همجوار کدکننده با3 تا lncRNA ارتباط بیانی داشتند. بعبارت دیگر، یک lncRNA دو ژن همجوار را کنترل می کرد. درمتاآنالیز نیز تعداد 9 ژن lncRNA بین پرندگان سالم و آسیتی بطور معنی داری دارای بیان افتراقی بود که بررسی های بیشتر آنها نشان دهنده ارتباطات آنها با سندروم آسیت بود.

نتایج این تحقیق به روشنی نشان داد که lncRNA ها نقش مهمی در بروز بیماری آسیت ایفا می-کنند و با مدیریت ژنتیکی گله های مرغان تجاری می توان بروز این عارضه در مرغداری ها را کم و ضررهای اقتصادی را کنترل کرد.