داکینگ مولکولی ترکیبات زیستی گیاه آویشن باغی (L. Thymus vulgaris) با آسپارتیل پروتئاز ترشحی 5 مخمر Candida albicans برای یافتن ترکیبات مهاری احتمالی

کاندیدا آلبیکنس علی رغم این که به عنوان یک مخمر همسفره با انسان در نظر گرفته می شود، در شرایط خاص می تواند به یک عامل مهاجم تبدیل شده و باعث انواع مختلفی از عفونت های حاد یا مزمن شود. استفاده از داروهای ضد قارچی موجود علیه این مخمر، به دلیل اثرات جانبی این داروها و نیز مقاومت این مخمر نسبت به آنها با محدودیت همراه است. بنابراین، هدف از این مطالعه تعیین و بررسی داکینگ مولکولی ترکیبات زیستی گیاه آویشن باغی (L. Thymus vulgaris) با آسپارتیل پروتئاز ترشحی 5 مخمر Candida albicans برای یافتن ترکیبات مهاری احتمالی بود.

در این مطالعه داکینگ مولکولی  که در سال 1403انجام شد، مواد موثره گیاهی آویشن باغی از پایگاه داده LOTUS و NPASS به دست آمد و ساختار پروتئین SAP5 با جستجو در بانک داده RCSB PDB  جمع وری شد. داکینگ مولکولی لیگاندها با آنزیم SAP5 با استفاده از نرم افزار AutoDock Vina در بسته نرم افزاری PyRx 0.8 برای محاسبه انرژی اتصال و تعیین موقعیت اتصال هر ترکیب در برهمکنش با SAP5 استفاده شد. ترکیباتی که بهترین انرژی اتصال را با پروتئین هدف داشتند، از نظر خصوصیات فارماکوکینتیک و سمیت مورد بررسی قرار گرفتند و در انتها لیگاندهای منتخب با استفاده از BIOVIA Discovery Studio تصویرسازی شدند. داده های جمع آوری شده با استفاده از نرم افزارهای مختلف و مقایسه با نتایج مقالات قبل در این زمینه تجزیه و تحلیل شدند.

انرژی اتصال ترکیبات گیاه آویش به جایگاه فعال آنزیم SAP5  از 9/9- تا 4/3- متغیر بود. بیشترین تمایل اتصال به جایگاه فعال این آنزیم مربوط به سه ترکیب Eriodictin، (-)-Taxifolin و  Ellagic Acidبود. این ترکیبات از نظر ویژگی های فارماکوکینتیک و سمیت مطلوب بودند. پژوهش های فارماکوکینتیک سه ترکیب منتخب با استفاده از سرور آنلاین SwissADME نشاند دهنده خواص دارویی امیدوار کننده این ترکیبات بود. با وجود این، بررسی سمیت این ترکیبات با استفاده از سرورهای ADMETlab و ProTox-II نشان دهنده سمیت اریودیکتین بود.

نتایج پژوهش های داکینگ نشان داد که  برخی ترکیبات موجود در گیاه آویشن توانایی مهار آسپارتیل پروتئاز ترشحی -5 را دارند. بنابر این، احتمالا یکی از مکانیسم های دخیل در اثرات ضد گاندیدایی آویشن باغی بر مخمر کاندیدا آلبیکنز از طریق مهار این پروتئین می باشد.