برازش شبکه تنظیم ژنی ژن های موثر در پاتوفیزیولوژی کبد چرب موش به وسیله کاوش پروموتری
نویسنده(گان):	زهرا استانستی*، هادی سریر، همایون فرهنگ فر، الهام بهدانی
چکیده:	زمینه و هدف بیماری کبد چرب غیرالکلی (NAFLD)، علت اصلی بیماری مزمن کبدی در کشورهای توسعه یافته است. در این مطالعه، به شناسایی مهم ترین فاکتورهای رونویسی و سازوکارهای بیولوژیکی موثر بر بروز بیماری کبد چرب با استفاده از داده کاوی ناحیه پروموتری، پرداخته شد. روش تحقیق در این مطالعه، ابتدا ژن های نشانگر مرتبط با این بیماری یافت شدند و الگوی اتصال فاکتورهای رونویسی با نرم افزار Genomatix بررسی گردید. در کل ژنوم، ژن هایی که الگوی اتصال مشابهی برای فاکتورهای رونویسی به ناحیه پروموتری داشتند، به عنوان ژن های احتمالی موثر بر کبد چرب شناسایی شدند. با استفاده از نرم افزار Cytoscape (۳.۶.۰)، شبکه برهمکنش فاکتورهای رونویسی و ژن های هدف ترسیم گردید. در نهایت مهم ترین مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با ژن های به دست آمده از کبد چرب، با استفاده از پایگاه اطلاعاتی DAVID بررسی شد. یافته ها برازش شبکه برهمکنش پروتئینی نشان داد که فاکتورهای رونویسی Creb۱، Jun و Max و ژن های Gsk۳b، Ddit۳ وSfpi۱ در بروز این بیماری مهم ترین نقش را دارا هستند. آنالیز ژن آنتولوژی حاصل از مطالعه نیز نشان داد، مسیرهای بیولوژیکی شامل: آپاپتوز، سیگنال های درون سلولی و بیوسنتز ترکیبات آروماتیک و مسیرهای سیگنال دهی ریتم های شبانه روزی، کبد چرب غیر الکلی و سیگنال های کموکاین، در بروز عارضه کبد چرب دخیل هستند. نتیجه گیری افزایش بیان فاکتورهای رونویسی و ژن های به دست آمده می تواند یکی از عوامل موثر بر بروز این بیماری باشد؛ همچنین مسیرهای بیولوژیکی آپاپتوز، سیگنال های درون سلولی و بیوسنتز ترکیبات آروماتیک و مسیرهای سیگنال دهی ریتم های شبانه روزی، کبد چرب غیر الکلی و سیگنال های کموکاین در عارضه کبد چرب مهم به شمار می آیند.
کلیدواژگان:	آنالیز پروموتر، فاکتورهای رونویسی، کبد چرب، موش
نوع مقاله:	مقاله پژوهشی/اصیل
زبان:	فارسی
انتشار در:	نشریه دانشگاه علوم پزشکی بیرجند، سال بیست و ششم شماره ۲ (پیاپی ۷۹، تابستان ۱۳۹۸)
صفحات:	۱۱۸ -۱۲۷
نسخه الکترونیکی:	متن این مقاله در سایت مگیران قابل مطالعه است.

Gene regulation network fitting of genes involved in the pathophysiology of fatty liver in the mice by promoter mining
Author(s):	Zahra Eestanesti*، Hadi Sarir، Homayon Farhangfar، Elham Behdani
Abstract:	Background and Aim Non-Alcoholic Fatty Liver Disease (NAFLD) is the major cause of chronic liver disease in developed countries. In this study, we identified the most important transcription factors and biological mechanisms affecting the incidence of fatty liver disease using the promoter region data mining. Materials and Methods In this study, at first, the marker genes associated with this disease were detected and the pattern of transcription factors was examined by the Genomatix software.  In the whole of genome, genes with a similar binding pattern for transcription factors in the promoter region were identified as potentially effective genes on the fatty liver. By using the Cytoscape software (3.6.0), the network of transcription factors and target genes was mapped. Finally, the most important biological pathways associated with genes derived from fatty liver were studied using the DAVID database. Results The protein network fitting showed Creb1, Jun and Max transcription factors and  Sfpi1, Ddit3 and Gsk3b genes play an important role in the development of this disease. Gene ontology analysis revealed that biological pathways including apoptosis, intracellular signals, and biosynthesis of aromatic compounds and signaling pathways of circadian rhythm, non-alcoholic fatty liver, and chemokine signals contributed to the occurrence of fatty liver disease. Conclusion Increasing the expression of transcription factors and genes produced can be one of the most factors affecting the onset of the disease, also, biological pathways including apoptosis, intracellular signals, and biosynthesis of aromatic compounds and signaling pathways of circadian rhythm, non-alcoholic fatty liver, and chemokine signals are important in fatty liver phenomenon.
Keywords:	Promoter Analysis، Transcription Factors، Fatty Liver، Mice
Article Type:	Research/Original Article
Language:	Persian
Published:	Birjand University of Medical Sciences, Volume:26 Issue: 2, 2019
Pages:	118 -127
Full text:	PDF is available on the website.