به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

تنها با پرداخت 70 هزارتومان حق اشتراک سالانه به متن مقالات دسترسی داشته باشید و 100 مقاله را بدون هزینه دیگری دریافت کنید.

برای پرداخت حق اشتراک اگر عضو هستید وارد شوید در غیر این صورت حساب کاربری جدید ایجاد کنید

عضویت
جستجوی مطالب مجلات
ردیف ۱۰-۱ از ۲۷۱۲۹۶ عنوان مطلب
|
  • رقیه مرادی، داود کولیوند *، امید عینی گندمانی، محمد حاجی زاده

    به منظور بررسی وضعیت ویروس های مهم متعلق به جنس نپوویروس از تاکستان های استان زنجان، نمونه برداری در سال های زراعی 95-94 به صورت انتخابی از گیاهان دارای نشانه های مشکوک به بیماری های ویروسی انجام و درمجموع 168 نمونه گیاهی دارای نشانه و بدون نشانه گرد آوری شد. استخراج آر. ان. ای کل از بافت های برگی و آوندی 57 نمونه بر اساس نشانه ها و مناطق نمونه برداری شده انجام گرفت و cDNA آن ها ساخته شد و سپس، آزمون پی سی آر توسط آغازگرهای اختصاصی برای تکثیر (افزونش) بخشی از ژنگان (ژنوم) نپوویروس های موزاییک آرابیس (Arabis mosaic virus, ArMV) ، بدشکلی انگور (Grapevine deformation virus, GDeV) ، برگ بادبزنی انگور (Grapevine fanleaf virus, GFLV) و لکه حلقوی گوجه فرنگی (Tomato ring spot virus, ToRSV) انجام گرفت. نتایج واکنش زنجیره ای پلمیراز گویای تکثیر قطعه های مورد انتظار از ویروس های ArMV، GDeV، GFLV و ToRSV به ترتیب از 7/15، 7/15، 5/10 و 14 درصد نمونه ها بود. پس از تعیین توالی، همردیف سازی ترادف نوکئوتیدی قطعه های تکثیرشده با دیگر توالی های موجود در بانک ژن و تحلیل تبارزائی توسط برنامه MEGA6، با روش Neighbor-Joining انجام شد. بررسی رابطه های تبارزائی بر اساس توالی های نوکلئوتیدی نشان داد، جدایه های ردیابی شده در این تحقیق با جدایه هایی از کشورهای مختلف هم گروه اند که در بیشتر موارد ارتباط جغرافیایی بین جدایه های ردیابی شده و دیگر جدایه ها را نشان می دهد. این نخستین تحقیق جامع بر اساس داده های مولکولی از نپوویروس های مهم انگور در استان زنجان و نخستین گزارش ویروس بدشکلی انگور از این منطقه است.

    کلید واژگان: آرتی پی سی آر, ویروس بدشکلی مو, ویروس برگ بادبزنی مو, ویروس لکه حلقوی گوجه فرنگی, ویروس موزاییک آرابیس
    Roghayeh Moradi, Davoud Koolivand, Omid Eini, Mohammad Hajizadeh

    To determine incidence of nepoviruses in vineyards of zanjan province, 168 symptomatic and non-symptomatic samples were collected during season growing 2014-2015. Total RNA was extracted from the 57 leaves and green shoots of selected samples and then cDNAs were synthesized. Genomic segment of Arabis mosaic virus (ArMV), Grapevine deformation virus (GDeV), Grapevine fan leaf virus (GFLV) and Tomato ring spot virus (ToRSV) was amplified by polymerase chain reaction (PCR) using specific primers. The result revealed that the expected bands were amplified at 15.7, 15.7, 10.5 and 14% of different samples belong to ArMV, GDeV, GFLV and ToRSV, respectively. Following sequencing and multiple alignment of nucleotide sequence of amplified fragments with isolates that retrieved from NCBI. Phylogenetic tree was created by MEGA6 software using Neighbour-Joining method. The result revealed that the Iranian isolates were grouped with reported isolates from different regions around the world based on geographical. This is the first comprehensive study based on molecular methods to determine grapevine nepoviruses in Zanjan province and the first report of GDeV from Zanjna based on our knowledge.

    Keywords: Arabis mosaic virus, grapevine deformation virus, grapevine fanleaf virus, RT-PCR, tomato ringspot virus
  • سارا قارونی کاردانی*، ابراهیم گنجی مقدم، شادی عطار، منصور صلاتی

    ویروس کوتولگی گوجه (Prune dwarf virus, PDV) به عنوان یک عامل بیماری زا مهم در درختان گیلاس (Prunus avium L.)، شناخته شده است و خسارت جدی به درختان هسته دار می رساند. در بهار سال 1401 نمونه برداری از مجموعه درختان باغ گیلاس ایستگاه تحقیقات گلمکان مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی خراسان رضوی، انجام شد. نمونه های جمع آوری شده دارای علائم کوتولگی، میوه های لکه دار، کاهش رشد جوانه ها بودند و فاصله ی میانگره های شاخه نسبت به گیاهان سالم کمتر بود. برای ردیابی ویروس از آزمون رونویسی معکوس با پرایمرهای اختصاصی مبتنی بر ژن پروتئین حرکتی ویروس استفاده شد. قطعات 756 نوکلئوتیدی حاصل از الکتروفورز تکثیر شده پس از خالص سازی، ایزوله گلمکان توالی یابی شد. ترادف به دست آمده با استفاده از بلاست در پایگاه NCBI با ترادف های موجود در بانک ژن مقایسه شد و بیشترین شباهت با جدایه بلغارستان (%7/99MT152176,) و کمترین شباهت با جدایه هلند (%8/88HM021231,) مشاهده شد. درخت تبارزائی بر پایه پروتئین حرکتی ترسیم شد و جدایه های PDV در دو گروه مجزا قرار گرفتند و جدایه گلمکان در گروه I درخت فیلوژنتیک قرار گرفت. مقایسه توالی پروتئین حرکتی جدایه های ویروس نشان داد توالی های اسیدآمینه پروتئین حرکتی و دامنه اتصال به RNA پروتئین حرکتی در میان ویروس کوتولگی گوجه بسیار حفاظت شده است. در این پژوهش برای اولین بار توالی ویروس کوتولگی گوجه از ایران از باغ گیلاس در ژن بانک با رس شماره OR541106 ثبت شد و تحلیل تبارزائی ویروس کوتولگی گوجه با تمرکز بر ژن پروتئین حرکتی بررسی شد.

    کلید واژگان: پروتئین حرکتی, تحلیل تبارزائی, درختان هسته دار, درخت فیلوژنتیک
    Sara Gharouni-Kardani*, Ebrahim Ganji Moghadam, Shadi Attar, Mansour Salati

    Prune dwarf virus (PDV) is a significant pathogen in cherry trees (Prunus avium L.), causing serious damage to agricultural crops. In spring 2022, samples were collected from cherry orchards in Golmakan, Khorasan Razavi province. The collected samples showed symptoms of dwarfism, spotted fruits, and young shoots with short internodes compared to healthy plants. To detect PDV in these samples, a reverse transcription polymerase chain reaction assay was used with specific primers targeting the movement protein of the virus. The amplified 756-nucleotide fragment was purified and sequenced. The obtained sequence was compared to available sequences in the gene bank using the BLAST tool in NCBI, and the highest similarity was observed with the Bulgarian strain (99.7%, MT152176), while the lowest similarity was observed with the Netherlands strain (88.8%, HM021231). A phylogenetic tree based on the movement protein was constructed, and the PDV strains were classified into two distinct groups, and the Golmakan strain was placed within Group I on the phylogenetic tree. Further comparison of the movement protein sequences among the virus isolates showed that the amino acid sequences of the movement protein and the RNA-binding domain of the movement protein are highly conserved among PDV isolates. In this research, for the first time, the sequence of PDV from Iran was registered in the gene bank (OR541106), originating from a cherry tomato garden. The phylogenetic analysis of PDV was conducted, with a specific focus on the movement protein gene.

    Keywords: Movement Protein, Prunus Spp., Phylogenetic Tree
  • کاوه بنانج*، یلدا سخن سنج، فرشاد رخشنده رو، علی آهون منش

    ویروس کوتولگی سبزرد نخود (Chickpea chlorotic dwarf virus,</em> CpCDV) از جنس Mastrevirus</em>، تیره Geminiviridae</em>، از مهمترین عوامل ویروسی همراه با عارضه زردی نخود می باشد. در سال های 1395-1394 تعداد 248 نمونه نخود و عدس با نشانه زردی از پنج استان لرستان، کرمانشاه، زنجان، آذربایجان شرقی و غربی انتخاب و از طریق آزمون TBIA و PCR  بررسی شدند. استخراج دی ان ای از نمونه های آلوده انجام و از طریق روش دایره غلطان (RCA) تغلیظ و پس از هضم آنزیمی محصول (RCA) با استفاده از آنزیم برشی Xho </em>I ، قطعات با اندازه حدود 6/2 کیلو جفت باز روی ژل آگاروز مشاهده شد. با استفاده از جفت آغازگر اختصاصی و انجام PCR، قطعه 960 جفت بازی تکثیر و پس از همسانه سازی، تعیین ترادف گردید. نتایج آزمون TBIA و PCR نشان دهنده پراکنش ویروس CpCDV در هر پنج استان بود. بیشترین میزان آلودگی در میزبان نخود مشاهده شد. مقایسه ترادف قطعه ژنومی جدایه های ایرانی CpCDV نشانگر بیشترین یکسانی با سویه A، D و F از کشورهای هند، پاکستان و یمن بود. آنالیز تبارزائی نشانگر هم گروهی جدایه های ایرانی با سویه های D (جدایه های سودان، مراکش، هند و پاکستان (گروه III تبارزائی)، سویه F (جدایه های سودان، عمان، سوریه، یمن و پاکستان (گروه IV تبارزائی) و سویه A  (جدایه های تونس، مصر، سوریه و ترکیه (گروه V تبارزائی) بود.

    کلید واژگان: زردی نخود, پراکنش جغرافیایی, ویروس کوتولگی سبزرد نخود
    Kaveh Bananej *, Yalda Sokhansanj, Farshad Rakhshandehroo, Ali Ahoonmanesh

    Chickpea chlorotic dwarf virus</em> (CpCDV, genus Mastrevirus</em>, family Geminiviridae</em>) is one of the most important viral agents which associated with yellowing symptom in the chickpea fields. During the surveys, 2015-2016, 248 chickpea and lentil plant samples showing yellowing symptom were collected from five provinces: Lorestan, Kermanshah, Zanjan, East and West Azarbaijan, in Iran. The samples were tested to CpCDV infection, using TBIA and positive samples in TBIA were tested by PCR. Total DNA of positive samples were extracted and enriched using rolling-circle amplification (RCA). RCA products were restricted using Xho</em> I enzyme and yielding products of ~2.5-6 kb. These fragments were used for polymerase chain reaction (PCR), using specific primers for RepA protein of CpCDV. PCR amplicons with an expected size of ~960 bp were amplified, cloned and sequenced.TBIA and PCR results showed the presence of CpCDV infection in all surveyed provinces with the highest infection in chickpea plants. Nucleotide sequence comparisons showed that Iranian isolates shared the highest identity to strain A, D and F from India, Pakistan, and Yemen. Phylogenetic anlyses showed that Iranian CpCDV strains were grouped with Sudan, Morrocco, India, and Pakistan (strain D, group III), Sudan, Oman, Yemen, and Pakistan (starin F, GroupIV), and Tunesia, Egypt, Syria, and Turkey (strain A, group V).

    Keywords: Chickpea chlorotic dwarf virus, chickpea yellowing symptom, geographical distribution
  • سارا قارونی کاردانی*، محمودرضا کریمی شهری، سمیرا پاکباز

    ویروس ای مو (Grapevine virus A; GVA) از اعضای جنس Vitivirus و یکی از مهم ترین عوامل ایجاد روگوز (چروکیدگی) چوب در مو است. در طول سال های 1398 تا 1400، مجموعا 79 نمونه برگی دارای علائم زردی و قرمزی برگ و زوال در تاکستان های استان خراسان رضوی (بردسکن، کاشمر، خلیل آباد و محمدیه)، جمع آوری شد. آلودگی اولیه نمونه ها به GVA با استفاده از آزمون الایزا مستقیم بررسی و تایید نهایی نتایج با آزمون RT-PCR و توسط آغازگرهای اختصاصی پروتئین p10 (ORF5) انجام شد. استخراج RNA از تراشه های پوست سبز ساقه و برگ های جوان مو، با استفاده از بافر CTAB انجام شد. GVA در 14 نمونه، توسط آزمون الایزا تشخیص داده شد و با استفاده از RT-PCR، در 14 نمونه قطعه ای به طول 238 جفت باز از پروتئین p10 تکثیر شد. محصولات تکثیر شده از چهار نمونه پس از خالص سازی از ژل، به حامل pTG19-T الحاق و پلاسمیدهای نوترکیب پس از انتخاب، در هر دو جهت توالی یابی شدند. ترادف های به دست آمده با ترادف های موجود در بانک ژن مقایسه و شباهت نوکلئوتیدی 95-7/85 درصد بود. درخت تبارزائی بر پایه پروتئین p10 نشان داد که چهار گروه اصلی وجود دارند و جدایه های خراسان رضوی در گروه چهارم قرار می گیرند. مقایسه توالی پروتئین p10 جدایه های ایرانی با سایر جدایه ها نشان داد که منطقه پایداری در ناحیه N-ترمینال وجود دارد که شامل موتیف غنی از آرژنین و سپس موتیف انگشت روی است. در استان خراسان رضوی مطالعات زیادی روی سایر ویروس های مو صورت گرفته است، اما این اولین مطالعه در خصوص تبارزایی جدایه های GVA در تاکستان های استان خراسان رضوی می باشد.

    کلید واژگان: الایزا, تحلیل تبارزائی, موتیف, واکنش زنجیره ای پلی مراز معکوس, ORF5
    Sara Gharouni Kardani *, MahmoudReza Karimi Shahri, Samira Pakbaz

    Grapevine virus A (GVA) belongs to Vitivirus genus and is one of the most important causes of wood rugose in grapes. During the years 2019 to 2021, a total of 79 leaf samples showing symptoms of leaf yellowing and reddening from vineyards of Khorasan Razavi Province (including Bardaskan, Kashmar, Khalilabad, and Mohammadiyeh) were collected. The initial infection of the samples to GVA was directly checked using an ELISA test, and the final confirmation of results was performed by RT-PCR with specific primers. Total RNA extraction was performed from scraped bark of young stems using CTAB method. GVA was detected in 14 samples through the ELISA test, and a fragment of 238 base pairs from the p10 protein was amplified in these 14 samples using RT-PCR. The amplified products from four samples were ligated into the pTG19-T vector, and the recombinant plasmids were sequenced bidirectionally. The obtained sequences were compared with the other GVA sequences in GenBank using BlastN tool and the nucleotide similarity was 85.7-95%. The phylogenetic tree based on p10 protein showed there are four main groups, and Khorasan Razavi isolates classified within the fourth group. Comparison of p10-protein sequence of Iranian isolates with other isolates showed there is a conserved region in N-terminal region, which includes an arginine-rich motif followed by a zinc-finger motif. There have been many studies on other viruses of grape in this province, but this is the first study on ithe phylogenyof GVA isolates in the vineyards of Khorasan Razavi province.

    Keywords: ELISA, Motif, ORF5, Phylogenetic analysis, RT-PCR
  • Mahan Pasdarpour*، Shahram Vahdani
    This paper aims to use pushover analysis for performance-based seismic assessment of linings of shallow tunnels constructed in soil that are subjected to vertical shear waves. Pushover analysis is a nonlinear static analysis that works base on pushing laterally 2D numerical nonlinear model of soil with tunnel statically. This analysis considers just ovaling/racking deformation of a lining and compared to the other existing seismic analysis approaches, it has the advantage of using directly a standard acceleration response spectrum as seismic demand. Initially in this paper, responses of a typical tunnel due to four earthquakes were calculated using pushover analysis. In continue, the approach of employing a typical standard acceleration response spectrum as seismic demand was presented using the building’s standard spectrum of FEMA 302 provisions. All the resultant performance points of pushover analyses were then evaluated by carrying out nonlinear dynamic time history analyses and the pushover method was verified. However, further studies are required to propose an acceptable response spectrum for the geotechnical nature of soil deposits containing shallow tunnels as their seismic demand.
    کلید واژگان: Dynamic Analysis, FEMA 302, Ovaling, Racking, Performance point, Pushover analysis, Shallow tunnel’s lining, Standard acceleration response spectrum
    ماهان پاسدارپور*, شهرام وهدانی
    این مقاله قصد دارد که با استفاده از تحلیل بارافزون به تحلیل لرزه ای بر مبنای عملکرد پوشش تونل های کم عمقی که در خاک ساخته شده اند و تحت بارگذاری موج برشی قائم قرار گرفته اند بپردازد. تحلیل بارافزون یک تحلیل استاتیک غیرخطی است که بر اساس جابجا کردن جانبی مدل دو بعدی خاک و تونل عمل می کند. این تحلیل تنها مود تغییر شکل اعوجاج (رکینگ) مقطع عرضی پوشش تونل را ارزیابی می کند و نسبت به سایر روش های عددی تحلیل لرزه ای دارای مزیت استفاده از طیف شتاب پاسخ استاندارد نهشته ی خاکی به عنوان تقاضای لرزه ای می باشد. در ابتدا پاسخ یک تونل نمونه بر اثر چهار زلزله به طور جداگانه به وسیله تحلیل بارافزون محاسبه شد. در ادامه روش بکار گیری یک طیف استاندارد نمونه به عنوان تقاضا در تحلیل بارافزون بیان گردید که در آن از طیف استاندارد ساختمان فیما 302 استفاده شد. نتایج تحلیل بارافزون با انجام تحلیل دینامیکی تاریخچه زمانی غیرخطی مورد ارزیابی قرار گرفت و روش تحلیل بارافزون تایید شد. با این وجود برای بکار گیری این روش به مطالعات بیشتری جهت ارائه یک طیف استاندارد قابل قبول، که با طبیعت ژئوتکنیکی نهشته خاکی حاوی تونل کم عمق سازگاری داشته باشد، الزامی است.
    Keywords: تحلیل دینامیکی, فیما 302, رکینگ, تغییر شکل اعوجاجی, نقطه عملکرد, تحلیل بار افزون, پوشش تونل کم عمق, طیف شتاب پاسخ استاندارد
  • پرستو پورشریفی، اکبر دیزجی*، پریسا شریفی نظام آباد، مینا کوهی حبیبی، هادی خاطری
    ویروس وای سیب زمینی (Potato virus Y, PVY) یکی از ویروس های محدودکننده تولید توتون و سیب زمینی در دنیا می باشد. به منظور بررسی خصوصیات بیولوژیکی و مولکولی جدایه های میزبانی ویروس وای سیب زمینی، طی سال های 1389 و 1390، در مجموع 1178 نمونه از گیاهان توتون، سیب زمینی، فلفل و علف هرز عروسک پشت پرده که دارای علائم موزائیک بودند از هشت شهرستان مختلف کشور شامل کرج، ارومیه، رشت، سنندج، شیراز، قزوین، ورامین و همدان جمع آوری شد. آلودگی نمونه ها به PVY با آزمون سرولوژیکی ساندویچ دو طرفه الیزا (double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay, DAS-ELISA) بررسی و میزان آلودگی در بین نمونه های توتون، سیب زمینی، عروسک پشت پرده و فلفل به ترتیب 2/27، 4/20، 75/18 و صفر درصد برآورد گردید. دامنه میزبانی آزمایشی چهار جدایه منتخب ویروس وای سیب زمینی (Po2، Po5، Tob2 و Ph1) روی 12 گونه گیاه محک در شرایط گلخانه تفاوت های جزئی داشت. پس از تکثیر انتهای 3' ژنوم جدایه ها به اندازه 1200 جفت باز، درخت تبارزائی براساس توالی نوکلئوتیدی یک سوم بالادست ناحیه ژنی رمزکننده پروتئین پوششی بازسازی شد که جدایه های Tob2، Ph1 و Po5 در کلاد PVYN/NTN و جدایه Po2 در کلاد PVYO قرار گرفتند. نتایج IC-RT-PCR با استفاده از آغازگرهای اختصاصی سویه، و مقایسه توالی های نوکلئوتیدی و بررسی موتیف های اختصاصی سویه در همردیف های توالی آمینواسیدی پیش بینی شده انتهای آمینی پروتئین پوششی، نتایج واکاوی تبارزائی را تایید کردند. این اولین گزارش از آلودگی گونه Physalis divaricata به سویه PVYN/NTN در دنیا می باشد.
    کلید واژگان: تبارزائی, سویه, سرولوژی, عروسک پشت پرده
    Prastoo Poursharifi, Akbar Dizadji *, Parisa Sharifinezamabad, Mina Koohi Habibi, Hadi Khateri
    Potato virus Y (PVY) is one of the viruses limiting tobacco and potato production in the world. To investigate the biological and molecular characteristics of PVY isolates, during 2010-2011, a total of 1178 symptomatic leaf samples of tobacco, potato, pepper and grand cherry (Physalis divaricata) plants were collected from eight different cities including Karaj, Urmia, Sanandaj, Shiraz, Qazvin, Varamin and Hamedan of Iran. The samples were tested serologically by double-antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assays (DAS-ELISA) and PVY was detected in tobacco (27.27 %), potato (20.4 %) and grand cherry (18.75 %) samples, with no infection in pepper samples. Four biologically purified PVY isolates (Po2, Po5, Tob2 and Ph1) revealed few differences in experimental host range studies among 12 test plant species. After amplification of the 3´ genomic end of four PVY isolates with the expected size of 1200 bp, phylogenetic analysis based on the nucleotide sequences of partial coat protein gene (encoding N- terminal region of coat protein) revealed that Tob2, Po5 and Ph1 isolates grouped into PVYN/NTN clade, while only isolate Po2 grouped into PVYO clade. The results of IC-RT-PCR using strain-specific primers and further pairwise nucleotide sequence comparisons and strain-specific motifs analysis in the predicted amino acid sequences of the N-terminal region of coat protein confirmed the results of phylogenetic analysis. This is the first report of Physalis divaricata infection with PVYN/NTN strain in the world.
    Keywords: Phylogeny, Strain, Serology, Physalis
  • مهند الوائلی، اکبر دیزجی*، غلامحسین مصاحبی، اکبر آهنگران
    ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی (Tomato yellow leaf curl virus, TYLCV) از مهمترین بیمارگرهای مناطق گرمسیری و نیمه گرمسیری است. طی سال های 1396- 1395، تعداد 393 نمونه گوجه فرنگی دارای علائم بیماری پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی از شش استان مختلف عراق جمع آوری شد. در آزمون ساندویچ دوطرفه الایزا (DAS-ELSA) ، 55 نمونه (14 درصد) با آنتی بادی های اختصاصی TYLCV واکنش مثبت نشان داد. پس از استخراج دی. ان. ا کل، آلودگی 21 (از 55) نمونه با واکنش مثبت در الایزا به TYLCV با واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) تایید و ژن پروتئین پوششی V1 16جدایه از ویروس با استفاده از جفت آغازگر اختصاصی تکثیر، همسانه سازی و تعیین ترادف شد. براساس همردیف سازی ترادف نوکلئوتیدی، بالاترین میزان یکسانی نوکلئوتیدی ژن پروتئین پوششی این جدایه ها (6/99- 1/94 درصد) با جدایه های این ویروس از کویت (KJ830841) و عراق (JQ354991) تعیین شد. در تحلیل تبارزایی براساس ترادف نوکلئوتیدی V1، جدایه های عراق، بدون ارتباط با منشا جغرافیایی، در دو گروه و چهار زیرگروه قرار گرفتند. شاخص های تنوع ژنتیکی براساس این ناحیه ژنومی ویروس حاکی از وجود تنوع ژنتیکی زیاد در زیرجمعیت های عراقی بود. نسبت جانشینی های نامترادف به جانشینی های مترادف Pi (a) /Pi (s) کمتر از یک (1>) این ژن، نشان دهنده تاثیر فشار انتخابی منفی روی آن می باشد. همچنین جریان ژنی کمی بین دو زیرجمعیت مرکزی و جنوبی عراق تعیین شد که نشان دهنده تمایز ژنتیکی جدایه ها در این نواحی از کشور می باشد. این مطالعه اولین پژوهش در خصوص بررسی پراکنش جغرافیایی و تنوع ژنتیکی TYLCV در عراق می باشد. تعیین ترادف نوکلئوتیدی ژنوم کامل جدایه ها به منظور تعیین سویه ویروس ضروری می باشد.
    کلید واژگان: بگوموویروس, تنوع ژنتیکی, عراق, گوجه فرنگی
    Mahnad Al, Waeli, Akbar Dizadji*, Gholam Hossein Mossahebi, Akbar Ahangaran
    Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) is a supreme pathogen in tropical and subtropical areas. During 2014-2015, a total of 393 tomato samples showing Tomato yellow leaf curl disease (TYLCD) symptoms were collected from six different provinces of Iraq. In serological assays, 55 out of 393 samples (14%) reacted positively with TYLCV-specific antibodies .The presence of TYLCV was verified in 21 (out of 55 samples showing tomato yellow leaf curl disease) samples by PCR. Coat protein gene (V1) of 16 TYLCV isolates was amplified using specific primers and cloned. Nucleotide sequence of Iraqi TYLCV isolates V1 gene shared the highest nucleotide sequence identity of 94.1-99.6% in CP gene with Kuwait and Iraq isolates. In phylogenetic analysis based on V1 nucleotide sequences, Iraqi isolates were separated into two main groups and three subgroups, without correlation with geographical origin. Genetic diversity parameters based on V1 nucleotide sequences indicated a high genetic variability in Iraqi population of TYLCV. The proportion of non-synonymous to synonymous nucleotide diversity was <1.0, indicating that this gene is under negative selection. A low gene flow was observed between southern and centric Iraq subpopulations, demonstrating genetic differentiation among Iraqi subpopulations. This is the first study dealt with distribution and genetic variation of TYLCV in Iraq. Full length viral genome sequencing of TYLCV isolates of Iraq is necessary to defferentiate virus strain(s) in Iraq.
    Keywords: Begomovirus, Genetic diversity, Iraq, Tomato
  • تحلیل تبارزائی جدایه ایرانی ویروس نوار زرد تره فرنگی از میزبان سیر براساس نواحی ژنومی CI و CP
    آزاده انتظاری، محسن مهرور*، محمد زکی عقل
    چکیدهویروس نوار زرد تره فرنگیLeek yellow stripe virus- LYSV)) متعلق به جنس Potyvirus و خانواده Potyviridae، به عنوان یکی از بیمارگرهای غالب و مهم با بیماری زایی بالا در میزبان سیر معرفی شده است. در این مطالعه به منظور شناسایی LYSV، نمونه برداری از استان خوزستان، شهرستان شوشتر انجام شد. بدین منظور تعداد 28 نمونه برگی سیر با علایم کلروز نواری، موزاییک و بدشکلی جمع آوری شد. بررسی اولیه آلودگی با استفاده از آغازگر های عمومی پوتی ویروسی مربوط به هریک از نواحی ژنی CI (Cylindrical Inclusion) و NIb (Nuclear Inclusion body) با استفاده از آزمون RT-PCR صورت گرفت. الکتروفورز محصول PCR بر روی ژل آگارز 1% به ترتیب وجود قطعاتی به طول 700 و 350 جفت بازی را در 15 نمونه از میان 28 نمونه جمع آوری شده نشان داد. اما نتایج حاصل از تعیین توالی نوکلیوتیدی، صرفا آلودگی سه نمونه از میان 15 نمونه به LYSV را تایید نمود. جهت تکمیل بررسی ها، جدایه ای با نام LYSV-AE65 انتخاب و با استفاده از دو جفت آغازگر اختصاصی مربوط به توالی کامل ژن های CI و CP (Coat Protein) مورد بررسی قرار گرفت. محصول PCR مربوط به هر قطعه ژنومی پس از همسانه سازی در حامل پلاسمیدی pTG19-T، توالی یابی شد. نتایج حاصل از بررسی تبارزایی بر اساس ترادف نوکلیوتیدی هریک از ژن های CI و CP، ارتباط روشنی بین گروه بندی تبارزایی با منشاء جغرافیایی و میزبانی را نشان نداد. در بررسی وقوع نوترکیبی در این جدایه با استفاده از برنامه RDP4 هیچ نوترکیبی در این نواحی مشاهده نشد. این مطالعه اولین بررسی مولکولی LYSV در ایران می باشد.
    کلید واژگان: ویروس نوار زرد تره فرنگی, سیر, تبارزائی, نوترکیبی
    Phylogenetic analysis of the Iranian Leek yellow stripe virus isolate from garlic host based on CP and CI Regions
    Azadeh Entezari, Mohsen Mehrvar *, Mohammad Zakiaghl
    Abstract
    Leek yellow stripe virus (LYSV) (Potyvirus, Potyviridae), is one of the most important and prevalent viral pathogens of garlic (Allium sativum) causing significant yield losses worldwide. In this study, in order to identify LYSV, sampling was performed from Shushtar in Khuzestan province. For this purpose, 28 garlic leaf samples with chlorosis, mosaic and deformity were collected. Preliminary evaluation of the infection was performed using potyvirus-degenerate primers related to each of the CI (Cylindrical Inclusion) and NIb (Nuclear Inclusion body) genomic regions using RT-PCR test. Electrophoresis of PCR product on 1% agarose gel showed the presence of 700 and 350 bp fragments in 15 samples out of 28 collected samples, respectively. However, the results of nucleotide sequencing only confirmed the contamination of 3 samples out of 15 samples with LYSV. To complete the study, an isolate called LYSV-AE65 was selected and tested using two specific primer pairs for the complete sequence of CI and CP (Coat Protein) genes. The PCR product of each genome fragment was sequenced following cloning in the plasmid vector pTG19-T. In the phylogenetic analysis based on the nucleotide sequence of each of the CI and CP genes separately, no clear correlation was found between LYSV isolates similarities, their geographical origins and host range. Moreover, recombination analysis by RDP4 revealed that no potential recombination event/s happened between LYSV-AE65 from Iran with their respective isolates from NCBI in CI and CP genes. This study is the first molecular study of LYSV in Iran.
    Keywords: Garlic, Leek yellow stripe virus, Phylogenetic, Recombination
  • خدیجه سالاری، جهانگیر حیدرنژاد*، حسین معصومی، وحید حسنوند
    ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی (Tomato yellow leaf curl virus, TYLCV) یکی از مهم ترین ویروس های آلوده کننده گوجه فرنگی و تعدادی دیگر از گیاهان زراعی، سبزیجات و گیاهان وحشی در نقاط مختلف جهان است. در این مطالعه، نمونه های گیاهی بادرشبوی (Dracocephalum moldavica L.)، باقلا، سویا، ریحان و فرفیون (Euphorbia sp. L.) دارای علایم زردی عمومی پیچیدگی و فنجانی شدن برگ، ریزبرگی، بدشکلی و کوتولگی از مزارع شهرستان جیرفت در استان کرمان در سال های 98-1397 جمع آوری شد وآلودگی تعدادی از آن ها به TYLCV و ستلایت های همراه (بتاستلایت پیچیدگی برگ گوجه فرنگی Tomato leaf curl betasatellite, ToLCB) و آلفاستلایت بدون علایم پنبه داروینی Gossypium darwinii symptomless alphasatellite, GDarSLA) اثبات گردید. ترادف ژنوم کامل پنج جدایه TYLCV از میزبان های فوق دارای 99-90 و 97-88 درصد یکسانی به ترتیب با یکدیگر و با سایر جدایه های انتخابی این ویروس از ژن بانک بودند. علاوه بر این، طول کامل مولکول ToLCB که در چهار میزبان بادرشبوی، باقلا، سویا و ریحان شناسایی شدند دارای 99-96 درصد یکسانی با یکدیگر و 95-94 درصد با جدایه های انتخابی همین بتاستلایت در ژن بانک بودند. ترادف ژنوم کامل مولکول GDarSLA که تنها در گیاه سویا شناسایی گردید دارای 98-93 درصد یکسانی با ژنوم دو جدایه از همین آلفاستلایت بود که قبلا از ایران گزارش شده اند. پنج گیاه فوق به عنوان میزبان های جدید TYLCV، ToLCB و/یا GDarSLA در ایران و دو گیاه بادرشبوی و باقلا به عنوان میزبان های جدید این ویروس در دنیا معرفی می گردند. نتایج بدست آمده از این تحقیق نشان می دهد که TYLCV و بتاستلایت همراه آن دارای گسترش وسیعی در مزارع جیرفت می باشند.
    کلید واژگان: آلفاستلایت, بتاستلایت, بگوموویروس, پیچیدگی برگ, گوجه فرنگی
    Khadijeh Salari, Jahangir Heydarnejad *, Hossain Masumi, Vahid Hasanvand
    Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) is one of the most important tomato infecting viruses worldwide. In this study, symptomatic plant samples of Moldavian dragonhead (Dracocephalum moldavica L.), broad bean, soybean, basil and euphorbia (Euphorbia sp. L.) were collected from Jiroft farms (Kerman province) in 2018-2019 and TYLCV infection as well as association of Tomato leaf curl betasatellite (ToLCB) and/or Gossypium darwinii symptomless alphasatellite (GDarSLA) with some of the samples were identified. Complete nucleotide sequences of the genome of five selected TYLCV isolates obtained from five plant hosts shared identities of 90-99% with each other and 88-97 with the selected GenBank isolates of TYLCV. Furthermore, the genome of ToLCB isolates from Moldavian dragonhead, broad bean, soybean and basil shared identities of 96-99% with each other and 94-95% with the counterpart betasatellite molecules from the GenBank database. Nucleotide sequence of GDarSLA, identified in soybean shared 93-98% identities with two Iranian GenBank isolates of GDarSLA. The above five plants are reported as new natural hosts of TYLCV, ToLCB and/or GDarSLA in Iran and also Moldavian dragonhead as well as broad bean are reported as new natural hosts of the virus in the world. Results of the current study indicate that TYLCV and the associated betasatellite have a wide distribution in Jiroft farms (Kerman province).
    Keywords: Alphasatellite, betasatellite, Begomovirus, Leaf curl, Tomato
  • Parvaneh Zivyar *، Somayeh Teymouri
    As the world's largest and the most complex tourism industry in throughput. The diversity and complexity of the tourism industry according to geographical areas, special areas of planning and management of tourism it is needed. Among the various cities, Khorramabad to the history of the Great attractions, as well as diversity in the country it comes from cities of obvious. Baba neighborhood because of the numerous monuments including castles vicinity Falak al aflak, market Mirza Reza, the tomb of Baba Taher, a historic home, for you, the chat, chat rooms and many features to become an important pole of its tourism. The main objective of the research, analysis and evaluation of tourism development capabilities historical context Khorramabad (neighborhood Baba) respectively. The research method in this study is descriptive- analytic and practical Research- respectively. Results obtained in AHP model shows that by a factor of cultural, historical attractions (0/656) Infrastructure (0/185) facilities and services by a factor of (0/156) accounted for the highest score in order of importance have. The results of the evaluation show that the largest number obtained swot matrix of the so that the opportunities and strengths of the project to be "aggressive strategy" be taken, in this strategy so is maximum, maximum that should interest making the best use of the strengths of the existing opportunities.
    کلید واژگان: development, Tourism, historical context­, ­Khorramabad­, ­Baba Taher neighborhood
    پروانه زیویار*, سمیه تیموری
    گردشگری به عنوان بزرگترین و پیچیده ترین صنعت دنیا محسوب می گردد. تنوع ابعاد و پیچیدگی های صنعت گردشگری متناسب با مناطق جغرافیایی، زمینه های ویژه ای جهت برنامه ریزی و مدیریت گردشگری می طلبد. گردشگری از طریق ایجاد شغل و کسب درآمد می تواند مناطقی را که استعداد گردشگری را دارد به عنوان یکی از عناصر کلیدی توسعه مطر ح نماید. در میان شهرهای مختلف کشور، شهر خرم آباد به سبب قدمت تاریخی، شمار فراوان جاذبه ها و نیز تنوع در آن ها از شهر های بارز کشور به شمار می آید. محله باباطاهر به سبب داشتن آثار تاریخی متعددی ازجمله مجاورت با قلعه فلک الافلاک، بازار میرزا سید رضا، مقبره باباطاهر، چند خانه تاریخی، حمام باشی، میدان گپ، حمام گپ و… قابلیت های زیادی را برای تبدیل به قطب مهمی از گردشگری را دارد. لذا هدف اصلی این تحقیق، تحلیل و ارزیابی قابلیت های توسعه صنعت گردشگری بافت تاریخی خرم آباد (محله باباطاهر) می باشد. روش تحقیق در پژوهش حاضر، توصیفی – تحلیلی و از نوع تحقیقات پژوهشی- کاربردی می باشد. نتایج به دست آمده در مدل تحلیل سلسله مراتبی AHP نشان می دهد که جاذبه های تاریخی- فرهنگی با ضریب (656/0) ، زیرساخت ها با ضریب (185/0) و تسهیلات و خدمات با ضریب (156/0) به ترتیب اهمیت بالاترین نمره را به خود اختصاص داده اند. نتایج حاصل از ارزیابی ماتریس SWOT نشان می دهد که بزرگ ترین عدد به دست آمده مربوط به os که نقاط فرصت و قوت پروژه می باشد که باید "استراتژی تهاجمی " اتخاذ شود ، در این استژاتژی os {حداکثر- حداکثر} می باشد که باید با بهره گیری از نقاط قوت از فرصت های موجود نهایت استفاده را کرد.
    Keywords: توسعه, صنعت گردشگری, بافت تاریخی, خرم آباد, محله باباطاهر
نکته:
  • از آنجا که گزینه «جستجوی دقیق» غیرفعال است همه کلمات به تنهایی جستجو و سپس با الگوهای استاندارد، رتبه‌ای بر حسب کلمات مورد نظر شما به هر نتیجه اختصاص داده شده‌است‌.
  • نتایج بر اساس میزان ارتباط مرتب شده‌اند و انتظار می‌رود نتایج اولیه به موضوع مورد نظر شما بیشتر نزدیک باشند. تغییر ترتیب نمایش به تاریخ در جستجوی چندکلمه چندان کاربردی نیست!
  • جستجوی عادی ابزار ساده‌ای است تا با درج هر کلمه یا عبارت، مرتبط ترین مطلب به شما نمایش داده‌شود. اگر هر شرطی برای جستجوی خود در نظر دارید لازم است از جستجوی پیشرفته استفاده کنید. برای نمونه اگر به دنبال نوشته‌های نویسنده خاصی هستید، یا می‌خواهید کلمات فقط در عنوان مطلب جستجو شود یا دوره زمانی خاصی مدنظر شماست حتما از جستجوی پیشرفته استفاده کنید تا نتایج مطلوب را ببینید.
در صورت تمایل نتایج را فیلتر کنید:
* با توجه به بالا بودن تعداد نتایج یافت‌شده، آمار تفکیکی نمایش داده نمی‌شود. بهتراست برای بهینه‌کردن نتایج، شرایط جستجو را تغییر دهید یا از فیلترهای زیر استفاده کنید.
* ممکن است برخی از فیلترهای زیر دربردارنده هیچ نتیجه‌ای نباشند.
نوع نشریه
اعتبار نشریه
زبان مطلب
درخواست پشتیبانی - گزارش اشکال