موضوع نحوه انتخاب رییس کل بانک مرکزی در دولت قبل و البته در دولت یازدهم به موضوعی چالش برانگیز تبدیل شده است. ریشه این چالش در مرحله نخست به قانون برنامه پنجم توسعه برمی گردد، آنجا که در سال 89 ضمن بررسی این برنامه در مجلس، به مجادله یی میان دولت و مجلس منجر شد اما در نهایت مسکوت ماند. به تبع این امر هم اکنون در قانون برنامه پنجم توسعه برای صدور حکم رییس کل بانک مرکزی خلاقانونی وجود دارد. در آن زمان قرار بود زمینه یی برای رفع خلاقانونی در این خصوص صورت بگیرد اما در نهایت مجمع تشخیص مصلحت نظام به نظری قطعی در مورد آن نرسید.

دولت یازدهم در زمان انتخاب رییس کل بانک مرکزی تمامی راه ها را طی کرد تا ایرادی قانونی در این زمینه نباشد، در نهایت ولی الله سیف توسط علی طیب نیا، وزیر اقتصاد پیشنهاد شد. در اصل انتخاب ولی الله سیف به ریاست کلی بانک مرکزی با پیشنهاد وزیر اقتصاد، تایید مجمع عمومی بانک مرکزی و تصویب در هیات دولت و در نهایت با حکم رییس جمهوری به استناد قانون پولی و بانکی مصوب سال 1339 صورت گرفت.

براین اساس، موضوع تبصره یک ماده 80 و موضوعات مرتبط با نحوه استقلال بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران، مقرر شد این موضوع جداگانه به صورت معضل در مجمع تشخیص مصلحت نظام مورد بحث و بررسی قرار گیرد و متعاقبا نظر مجمع اعلام شود.