یکی از مواضع آیت الله مهدوی کنی که در دوره خود بسیار خبرساز شد موضعگیری وی درخصوص تسخیر لانه جاسوسی به دست دانشجویان پیرو خط امام(ره) بود؛ موضعی که هم با دیگر موضعگیری ها در آن فضای انقلابی متفاوت بود و هم از نظر درس هایی که درباره ولایت پذیری می داد.

ماجرا از این قرار بود که آیت الله مهدوی کنی در زمان تسخیر سفارت، مسئول کمیته های انقلاب بود و به نوعی مسئولیت برقراری نظم و حفاظت امنیت را برعهده داشت. زمانی که دانشجویان پیرو خط امام(ره) از دیوار سفارت آمریکا بالامی روند و ماجرای گروگانگیری کارکنان آمریکایی به وجود می آید، مهدوی کنی بلافاصله پس از اطلاع، در صدد حل موضوع بر میآید و با پیگیری