تدوین آیین نامه آزمون نیمه متمرکز دوره دکترا، ساماندهی فرایند ایجاد و توسعه مراکز آموزش عالی، ارتقای کیفی و کمی امور مراکز جذب اعضای هیات علمی و راه اندازی شبکه معاونان آموزشی سراسر کشور از مهم ترین برنامه های معاونت آموزشی در زمان مدیریت دکتر میلی منفرد بوده است.

جعفر میلی منفرد معاون آموزشی سابق وزارت علوم در مراسم تودیع و معارفه خود درباره مهم ترین اقدامات انجام شده در زمان مدیریت اش در وزارت علوم گفت: حضور فعال در شورای اسلامی شدن دانشگاه ها و فعال کردن کارگروه آموزش آن، حضور فعال در شورای معین شورای عالی انقلاب فرهنگی و هیات عالی جذب شورای اسلامی شدن دانشگاه ها در زمان مدیریت من از دیگر اقدامات بوده است. دکتر میلی منفرد افزود: تلاش کردیم بدون ملاحظات رایج سیاسی و اجرایی به یک نگرش کلان از آموزش عالی کشور دست پیدا کنیم و استقلال رای توام با تعامل حداکثری، حفظ عزت دانشگاه و دانشگاهیان، بیان صریح مسائل و جمع بندی کارشناسی و توجه به مصالح آموزش عالی کشور را سرلوحه برنامه های خود قرار دهیم.

وی کاستی نظام نظارت و ارزیابی، تضمین کیفیت و اعتبار بخشی آموزش عالی، توسعه نامتوازن آموزش عالی و تخصیص ناکافی و نامتوازن منابع آموزش عالی و در سطح بین المللی را مهم ترین چالش هایی دانست که از نگاه وی حوزه معاونت آموزشی وزارت علوم با آن مواجه است.