مقایسه دو روش PCR مستقیم و PCR با استفاده از روش استخراج DNA در تعیین تیپ های مختلف کلستریدیوم پرفرینجنس

واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) یک روش مناسب برای شناسایی عوامل بیماری زا محسوب می شود و جداسازی DNA اولین گام در این مسیر است. استخراج DNA یک مرحله وقت گیر در تحقیقات ژنتیک مولکولی به شمار می آید که در بعضی موارد از کل مراحل انجام PCR طولانی تر است. هدف از انجام این تحقیق، استفاده از PCR مستقیم (بدون استخراج DNA) جهت تعیین تیپ های مختلف باکتری کلستریدیوم پرفرینجنس می باشد. در این تحقیق PCR مستقیم و همچنین PCR با DNA استخراج شده بر روی چهار تیپ A، B، C و D باکتری کلستریدیوم پرفرینجنس انجام شد، که برای این هدف از چهار جفت پرایمر اختصاصی که مکمل بخش هایی از ژن های کد کننده توکسین های آلفا، بتا، اپسیلون و یوتای این باکتری بودند استفاده گردید. در هر دو روش PCR مستقیم و PCR با DNA استخراج شده، قطعات 196، 324 و 655 جفت بازی سنتز گردید که به ترتیب مربوط به توکسین آلفا، بتا و اپسیلون می باشند. در نهایت براساس طول قطعات سنتز شده در PCR، تیپ های مختلف این باکتری تشخیص داده شدند. نتایج این تحقیق نشان می دهد که انجام PCR به طور مستقیم از کلونی بسیار ساده است و کیفیت باند ایجاد شده در PCR مستقیم و PCR با DNA استخراج شده با هم تفاوتی ندارند. بنابراین با توجه به اینکه استفاده از PCR مستقیم زمان، مراحل و هزینه PCR را کاهش می دهد و امکان آزمون تعداد زیادی نمونه را در زمان کوتاهتری فراهم می آورد، استفاده از این روش توصیه می گردد.