به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

تنها با پرداخت 70 هزارتومان حق اشتراک سالانه به متن مقالات دسترسی داشته باشید و 100 مقاله را بدون هزینه دیگری دریافت کنید.

برای پرداخت حق اشتراک اگر عضو هستید وارد شوید در غیر این صورت حساب کاربری جدید ایجاد کنید

عضویت
فهرست مطالب نویسنده:

محمد امین طباطبایی فر

  • زهره محمدی زانیانی، مهرداد زینلیان*، محمدامین طباطبایی فر
    مقدمه

    تقریبا 3 درصد از ژنوم انسان غنی از GC است. این نواحی اغلب در پروموتر ژن ها، به ویژه ژن های خانه دار و ژن های سرکوب گر تومور یافت می شوند. تکثیر این مناطق غنی از GC می تواند چالش برانگیز باشد. زیرا پایداری توالی DNA غنی از GC بیشتر بوده، همچنین ساختارهای ثانویه به آسانی در این مناطق تشکیل می شوند. ژن FOXE1 به خانواده بزرگی از فاکتورهای رونویسی تعلق دارد که برای مورفوژنز غده ی تیرویید ضروری می باشد و به عنوان فاکتور مستعد کننده در سرطان تیرویید غیر مدولاری نوع 4 معرفی شده است.

    روش ها

    مطالعه ی حاضر از نوع تجربی است که به نحوه ی تکثیر قسمتی از توالی ژن FOXE1 با درصد بالای GC که با واکنش زنجیره ای پلیمراز معمولی قابل انجام نمی باشد پرداخته است.

    یافته ها

    نتایج این مطالعه نشان داد، استفاده از مواد تقویت کننده ی تکثیر مناطق غنی از GC، نظیر بتایین ودی متیل سولفوکسید (DMSO) به همراه واکنش زنجیره ای پلیمراز از نوع Touchdown در تکثیر توالی این ناحیه از ژن FOXE1 با تخریب ساختارهای ثانویه تشکیل شده در توالی و افزایش محصول واکنش موثر می باشد.

    نتیجه گیری

    این روش می تواند برای تکثیر نواحی غنی از GC در ژن های دیگر، که درصد مشابهی از GC با ژن FOXE1 دارند به کار گرفته شود.

    کلید واژگان: توالی غنی از GC, FOXE1, بتائین, DMSO, Touchdown PCR
    Zohreh Mohammadi Zaniani, Mehrdad Zeinalian *, MohammadAmin Tabatabaiefar
    Background

    Approximately 3% of the human genome is rich in GCs. These regions are often found in the promoter of genes, especially housekeeping genes and tumor suppressor genes. Amplification of these GC-rich regions can be challenging. Because the stability of GC-rich DNA sequences is higher, secondary structures are easily formed in these regions. Type 4 non-medullary thyroid carcinoma has been linked to the FOXE1 gene as a risk factor. FOXE1 belongs to a large family of transcription factors principal for the development of the thyroid gland's morphology.

    Methods

    With a high proportion of GC, a portion of the FOXE1 gene sequence cannot be amplified using the usual polymerase chain reaction. This work is an experimental study that deals with this issue.

    Findings

    The results of the present study showed that the Touchdown polymerase chain reaction, in combination with CO-amplification materials such as betaine and Dimethyl Sulfoxide (DMSO), is effective in amplifying the sequence of this region of the FOXE1 gene by destruction of the secondary structures formed in the sequence and increasing the reaction product.

    Conclusion

    Using this method, GC-rich regions in additional genes with a similar degree of GC as the FOXE1 gene can be amplified.

    Keywords: GC-rich sequence, FOXE1, Betaine, DMSO, Touchdown PCR
  • عاطفه میر، محمدامین طباطبایی فر، سیده صدیقه یااخلاق، حورا جلالی تهرانی، مهدب زمانی *
    Atefeh Mir, M. Amin Tabatabaiefar, Seyedeh Sedigheh Baakhlagh, Hoora Jalali Tehrani, Mahdi Zamani *

    Tissue regeneration is the process of renewal and growth of damaging tissue. It is sometimes done by induction of an external biological factor(s) such as the Basic fibroblast growth factor (bFGF) which carries messages through its cellular receptor to induce biological processes such as cell growth, cell migration, cell survival, and cell differentiation. Due to the great importance of bFGF on cellular regeneration, in this study, we have concentrated on the effect of this factor on the regeneration of damaged muscle. In addition, the tumorigenic effect of this factor during this regenerative process was studied. In this study, we employed inbred mice. The cultured male mouse muscle cells were transplanted into the damaged muscle tissues of HLA_matched female mice. After about one month, selected samples from the transplanted regions of the female mice were analyzed. DNA was extracted from the samples and Sex determination was done to track the potential cell growth and repair by the introduced male cells in the presence and absence of bFGF. The tumorigenic effect of bFGF on this process was also assessed. We found that bFGF had a remarkable effect on damaged muscle regeneration compared to cells without injection of this factor, and more concentration of bFGF was determined to be more effective in muscle regeneration. However, no association was observed with tumorigenesis regarding bFGF injection. According to our findings, bFGF was effective in the regeneration of the injury site and confirmed the results of previous studies. However, no association was found with tumorigenesis.

    Keywords: Regeneration, bFGF, tumorigenesis, Tissue, sex determination
  • اعظم احمدی شادمهری، فهیمه اکبریان، جمیله رضازاده ورقچی، محمد امین طباطبایی فر *

    سندرم آنجلمن (AS) یک اختلال عصبی است که با تاخیر رشد شدید یا ناتوانی ذهنی ناشی از اختلال در نسخه مادری ژن UBE3A یا حذف ناحیه 15q11-q13 مادر مشخص میشود. تشخیص AS در دو خواهر و برادر با ساااب ه چرار نساا بیعی از ریق ارزیابی ژنتیکی چند مرحلهای شااام بررساای کاریوتایپ G-banding ، تجزیه و تحلی هیبریداسیون فلورسانس در جا (FISH) و بررسی الگوی متیلاسیون در ناحیه 15q11-q13 تایید شد. علیرغم ت شخیص الگوی متیلا سیون ناهنجار در منط ه مورد نظر، تمایز بین ن ص در ن ش گذاری ژنومی و دیزومی تک والدی (UPD) به عنوان عام ن ص در الگوی متیلاساایون امکان پذیر نبود، زیرا ما به نمونه والدین دسترسی نداشتیم. با این حال بق م الات موجود که بیانگر خطر پایین عود خانودگی AS ناشاای از UPD در افرادی اساات که کاریوتایپ بیعی دارند، و همچنین ساااب ه بیعی خانوادگی در این شااجره نامه، حذف ناحیه کنترل رمزگذاری (IC) به صااورت موزاییک در رده زایا مادری باید محتم ترین علت عود AS در بیماران ما باشد.

    کلید واژگان: سندرم آنجلمن, موزاییسم رده زایا, تشخیص مولکولی, عود خانوادگی, عقب ماندگی ذهنی
    Azam Ahmadi Shadmehri, Fahimeh Akbarian, Jamileh Rezazadeh Varaghchi, M. Amin Tabatabaiefar *

    Angelman syndrome (AS) is a neurodevelopmental disorder characterized by severe developmental delay or intellectual disability caused by either disruption of the maternal UBE3A gene or deletion in the maternal 15q11-q13. Diagnosis of AS in two siblings with normal four-generation history was confirmed through a staged genetic evaluation, G-banding karyotype, Fluorescence in situ Hybridization analysis, and methylation pattern in 15q11-q13. Despite detecting impaired methylation patterns in the region of interest, distinguishing the imprinting defects from uniparental disomy (UPD) was not feasible since we did not have access to the parents' sample. However, regarding the low risk of AS recurrence within families with UPD in the literature and the healthy family history, mosaicism of cryptic imprinting center deletion in the mother's germline should be the most probable cause of AS recurrence in our cases.

    Keywords: Angelman syndrome, Germline mosaicism, Molecular diagnosis, Familial recurrence, Mental retardation
  • مهدی شاه حسینی، نیوشا مولوی، محمدامین طباطبائی فر، محمدرضا صحتی*
    مقدمه

    دقت و زمان لازم برای آنالیز داده های نسل نوین توالی یابی (NGS) بسته به ابزارهای استفاده شده برای هم ترازی، فراخوانی واریانت، حاشیه نویسی، اولویت بندی و فیلترینگ واریانت ها، تسلط افراد به تحلیل و تفسیر داده ها و ظرفیت محاسباتی آزمایشگاه متفاوت بوده و بهینه سازی آن یک مسئله چالش برانگیز است.

    روش

    یک نرم افزار کاربردی به منظور بهینه سازی مرحله سوم آنالیز داده های NGS طراحی و با زبان برنامه نویسی C# پیاده سازی شد. در این مطالعه روند حاشیه نویسی، فیلترینگ و تفسیر داده های NGS برای بیماری ناشنوایی غیرسندرمیک با وراثت اتوزومی مغلوب به طور اختصاصی بهینه شده است.

    نتایج

    داده مربوط به بیماری که دارای یک جهش بیماری زای تایید شده توسط آنالیز ژنتیکی فامیلی بود و تعداد واریانت های اولیه در فایل حاصل از آنالیز مراحل اولیه وی شامل 671829 واریانت می شد توسط نرم افزار پیاده سازی شده مورد تحلیل قرار گرفت. بعد از انجام مرحله اولویت بندی خودکار واریانت ها با استفاده از فایل BED، تعداد واریانت ها 508 شد. با توجه به شجره ی خانوادگی بیمار در مرحله بعدی آنالیز واریانت های هوموزیگوت انتخاب شدند و به این ترتیب تعداد واریانت ها به 187 رسید. بعد از اعمال آستانه فراوانی جمعیتی 0/6% در پایگاه های داده genomAD و ExAC تعداد واریانت های باقی مانده به ترتیب 110 و 3 واریانت شد. پاتوژن شناسایی شده نهایی با نتیجه ی توالی یابی سنگر که به منظور بررسی هم تفکیکی  واریانت مورد نظر در خانواده انجام شده بود، همخوانی داشت. مدت زمان آنالیز توسط نرم افزار طراحی شده بر روی یک کامپیوتر شخصی متوسط 15 دقیقه بود.

    نتیجه گیری:

     نرم افزار طراحی شده کاملا گرافیکی و بدون نیاز به کدنویسی است که علاوه بر قابلیت مقایسه و یکپارچه کردن فایل های ورودی، امکان ایجاد یک دیتابیس داخلی از فایل های آنالیز شده، امکان اعمال محدودیت ناحیه آنالیز و آستانه گذاری بر فیلدهای مختلف پایگاه های داده انتخابی توسط کاربر را دارد.

    کلید واژگان: نسل نوین توالی یابی, حاشیه نویسی, تعیین اثر واریانت, فیلترینگ واریانت ها
    Mehdi Shahhoseini, Newsha Molavi, MohammadAmin Tabatabaiefar, Mohammadreza Sehhati*
    Introduction

    The precision and time required for analysis of data in next-generation sequencing (NGS) depends on many factors including the tools utilized for alignment, variant calling, annotation and filtering of variants, personnel expertise in data analysis and interpretation, and computational capacity of the lab and its optimization is a challenging task. 

    Method

    An application software was designed and implemented in C# for optimizing the third step of NGS data analysis. In this study, annotation, filtering, and interpretation of NGS data were specifically optimized for non-syndromic autosomal recessive hearing loss disease.

    Results

    Whole-exome sequencing data of a patient with a pathogenic mutation confirmed by familial genetic analysis, which contained a total number of 671829 variants after primary analysis, were evaluated by the implemented software. After filtering the variants based on a predefined BED file, 508 variants remained. According to the patient’s pedigree, in the next step of analysis, homozygote variants were selected and only 187 variants remained. After applying the population frequency threshold of 0.6% on gnomeAD and ExAC databases, the number of variants reached 110 and 3, respectively. The identified pathogen was approved by the results of Sanger sequencing done for family co-segregation. This analysis took about 15 minutes on a moderate PC.

    Conclusion

    The designed software is a fully graphical one that has the capability of comparing, viewing, filtering, and merging input files without any coding. Moreover, it can construct a local database from the analyzed files and apply region constraints and user-defined thresholds on various fields of the database.

    Keywords: Next-Generation Sequencing, Annotation, Variant Effect, Variant Filtering
  • اکرم سرمدی، محمدامین طباطبائی فر، فاطمه طباطبائی، مرتضی هاشم زاده چالشتری*
    زمینه و هدف

    دیابت شیرین گروهی از اختلالات متابولیک است که موجب افزایش سطح قند خون می شود. دیابت نوع یک (Type 1 Diabetes-T1D)، دیابت نوع دو (Type 2 Diabetes-T2D) و دیابت تک ژنی 3 گروه اصلی دیابت هستند. دیابت بارز شده در بلوغ جوانان (Maturity Onset Diabetes of the Young-MODY) نوعی دیابت تک ژنی می باشد که معمولا با T1D یا T2D اشتباه گرفته می شود و دارای 14 زیر گروه مختلف است. هدف از این مطالعه، تشخیص MODY و تعیین فراوانی 2 زیرگروه شایع تر آن در جمعیت دیابتی استان اصفهان است.

    روش کار

    در این مطالعه توصیفی- آزمایشگاهی که با هدف تعیین نوع و فراوانی جهش های 2 ژن GCK و HNF1A در 26 خانواده ی مبتلا به دیابت نوع MODY در استان اصفهان انجام شد، از روش آنالیز پیوستگی ژنتیکی با انتخاب 4 مارکر برای هر ژن استفاده شد. پیوسته بودن با تکنیک آنالیز قطعه تایید و سپس اگزون های ژن مربوطه در خانواده های پیوسته به مارکرهای هر ژن توالی یابی شد.

    یافته ها

    در این مطالعه از میان 26 خانواده، 4 خانواده به مارکرهای ژن GCK و 3 خانواده به مارکرهای ژن HNF1A پیوسته بودند. پس از توالی یابی اگزون های این 2 ژن در خانواده های مربوطه واریانت های یافت شده بررسی و اثر آن ها بر روی دیابت ارزیابی شدند. هیچ جهش بیماری زایی در این میان یافت نشد ولی تعدادی پلی مرفیسم با افزایش استعداد ابتلا به دیابت یافت شد.

    نتیجه گیری

    در این مطالعه با وجود پیوسته بودن برخی خانواده ها برای مارکرهای 2 ژن مورد نظر، علی رغم این که در مطالعات دیگرجهش در این 2 ژن شایع ترین علل بروز MODY معرفی شده بودند، هیچ جهش بیماری زایی در هیچ یک از بیماران یافت نشد. بنابراین به نظر می رسد که پروفایل ژنتیکی در جمعیت مورد بررسی با پروفایل ژنتیکی جمعیت های مطالعه شده بسیار متفاوت است.

    کلید واژگان: دیابت بارز شده در بلوغ جوانی (MODY), پیوستگی ژنتیکی, مارکر STR, ژن GCK, ژن HNF1A
    Akram Sarmadi, MohammadAmin Tabatabaiefar, Fatemeh Tabatabaei, Morteza Hashemzadeh Chaleshtori*
    Background and aims

    Diabetes mellitus is a group of metabolic disorders resulting in increased level of blood sugar. Type 1 Diabetes (T1D), Type 2 Diabetes (T2D) and monogenic diabetes are there major groups of diabetes. Maturity-onset diabetes of the young (MODY) is a monogenic diabetes that is frequently mistaken for T1D or T2D and it has 14 different subgroups. The aim of this study was to diagnose MODY and determine the frequency of its 2 major subgroups in Isfahan diabetic population.

    Methods

    In this descriptive-experimental study with the aim of determining type and the frequency of mutations in GCK and HNF1A genes in 26 families with MODY from Isfahan using genetic linkage analysis method and select of 4 markers for each gene. Linkage results was confirmed by fragment analysis and then all the exons of genes were sequenced in any linked families.

    Results

    In this study from 26 families, 4 families were linked to markers of GCK gene and 3 families were linked to HNF1A gene. After sequencing of all exons of these 2 genes in the related families, variants were analyzed and their effects on diabetes were surveyed. There was no pathogenic mutation but some polymorphisms with increasing effects on susceptibility to diabetes were found.

    Conclusion

    in this study despite of the fact that some families were linked to markers of these 2 gene, and the results of other studies that mutations in these 2 genes are the frequent reasons of MODY, there were any pathogenic variant in any of the patients. So it seems that the genetic profile of this population is different from other studied populations.

    Keywords: Maturity Onset Diabetes of the Youngs (MODY), Genetic linkage, STR marker, GCK gene, HNF1A gene
  • محمد امین طباطبایی فر، زهرا سادات حجازی، عاطفه یداللهی خالص
  • اکرم سرمدی، محمد امین طباطبایی فر، فاطمه طباطبایی، آزاده قلی زاده، مرتضی هاشم زاده چالشتری*
    زمینه و هدف
    دیابت شیرین گروهی از اختلالات متابولیک در بدن است که با افزایش سطح قند خون همراه است. دیابت به سه گروه نوع یک (T1D)، نوع دو (T2D) و تک ژنی تقسیم می شود. دیابت بارز شده در بلوغ جوانان (MODY) نوعی دیابت تک ژنی می باشد که معمولا با T1D یا T2D اشتباه گرفته می شود. هدف از این مطالعه، تشخیص MODY از طریق مارکرهای غیر ژنتیکی و تعیین فراوانی آن در جمعیت استان اصفهان است که این امر علاوه بر صرفه جویی در زمان و هزینه، در پیش آگهی و ارائه ی درمان مناسب، اهمیت دارد.
    روش بررسی
    در این مطالعه ی توصیفی- تحلیلی، 2085 بیمار دیابتی با طول دوره ی بیماری 6-2 سال، مورد بررسی قرار گرفتند و پس از بررسی علائم بالینی، در 57 فرد دارای علائم MODY، سه مارکر C-peptide، آنتی گد 65 و آنتی انسولین (II) با روش الایزا اندازه گیری و با افراد سالم، بیماران مبتلا به دیابت نوع یک و دو تایید شده، مقایسه شد.
    یافته ها
    در این مطالعه ی توصیفی- تحلیلی از میان 2085 بیمار دیابتی، در 500 نفر آن ها سن بروز بیماری کمتر از 25 سال بود که از میان آن ها، 57 بیمار مشکوک به MODY بودند و پس از بررسی سه مارکر بیوشیمیایی ذکر شده، 41 بیمار برای آنتی گد 65 و آنتی انسولین (II)، منفی و دارای سطح قابل تشخیص c-peptide بودند و تفاوت سطوح این سه مارکر در گروه مشکوک به MODY دارای تفاوت معنی دار (001/0 برای آنتی گد 65، 017/0 برای آنتی انسولین 2 و 009/0 برای C-peptide) بود.
    نتیجه گیری
    استفاده از بیومارکرهای غیر ژنتیکی اختصاصی، برای تشخیص MODY بسیار ارزشمند است و می توانند همراه با سایر ویژگی های بالینی، برای غربالگری طیف وسیعی از بیماران دیابتی مورد استفاده قرار گیرند. درنهایت، فقط افراد مشکوک برای انجام تست های ژنتیکی، انتخاب می شوند.
    کلید واژگان: MODY, آنتی گد 65, آنتی انسولین (II), C, peptide
    Akram Sarmadi, Mohammad Amin Tabatabiefar, Fatemeh Tabatabaei, Azadeh Gholizadeh, Morteza Hashemzade Chaleshtori *
    Background And Aims
    Diabetes mellitus is a group of metabolic disorders in the body, accompanied with increasing blood sugar levels. Diabetes is classified into 3 groups: Type 1 (T1DM), Type 2 (T2DM) and monogenic diabetes. Maturity-onset diabetes of the young (MODY) is a monogenic diabetes that is frequently mistaken for T1D or T2D. The aim of this study was to diagnose MODY using non-genetic biomarkers and determine its frequency in the population of Isfahan province. This, in addition to saving time and cost, is important for prognosis and appropriate treatment.
    Methods
    In this analytical descriptive study 2085 diabetic patients with a 2-6 years of disease were examined and after assessing the clinical symptoms, in 57 cases with clinical symptoms for MODY, three markers (C-peptide, anti-GAD65 and anti-insulin (II)) were measured by ELISA method and compared with healthy cases and confirmed T1D and T2D patients.
    Results
    In this analytical descriptive study, among 2085 diabetic patients, in 500 cases of them, the incidence of the disease was before the age of 25 years of old and after measuring 3 mentioned biochemical markers, 41 cases were negative for anti-GAD65 and anti-Insulin and had detectable C-peptide level and the differences in the levels of these three markers in suspected MODY group were meaningful (P
    Conclusion
    The use of proprietary non-genetic biomarkers is very valuable for MODY detection and could be used alongside other clinical features to screen a large number of patients with diabetes. Ultimately, only suspect cases must be selected for genetic tests.
    Keywords: MODY, Anti, GAD65, Anti Insulin (II), C, peptide
  • نرگس زارع پور، محمد امین طباطبایی فر، افسانه تقی پور، فاطمه نعمتی، لادن صادقیان، مرتضی هاشم زاده چالشتری *
    زمینه و هدف
    ناشنوایی رایج ترین نقص حسی در انسان است و در حدود یک مورد از هر 1000 کودک دارای ناشنوایی شدید یا عمیق می باشند. حدود 50% موارد ناشنوایی، ارثی است و تقریبا 70% موارد ناشنوایی، غیر سندرمی است که حدود 80% این نوع ناشنوایی به صورت مغلوب اتوزومی به ارث می رسد. این بیماری هتروژن می باشد و شیوع آن در کشورهای در حال توسعه بیشتر است. در ایران نیز به دلیل بالا بودن نرخ ازدواج های خویشاوندی، فراوانی بالایی دارد. هدف از این مطالعه تجزیه وتحلیل پیوستگی ژنتیکی لوکوس DFNB39 در خانواده هایی با ناشنوایی غیر سندرمی مغلوب اتوزومی در استان خوزستان می باشد.
    روش بررسی
    در این مطالعه توصیفی آزمایشگاهی، به منظور تعیین نوع و فراوانی جهش های ژنHGF 300 فرد از 25 خانواده با ناشنوایی غیر سندرمی مغلوب اتوزومی از استان خوزستان بررسی شد. خانواده های انتخاب شده در این مطالعه، ازدواج خویشاوندی داشتند و دارای حداقل دو فرد ناشنوا بودند و همچنین ازنظر جهش های ژن GJB2 منفی بودند. تجزیه وتحلیل پیوستگی ژنتیکی با انتخاب 6 نشانگر STR (Short tandem repeats) داخلی یا نزدیک به لوکوس DFNB39 به وسیله PCR و ژل پلی آکریل آمید صورت گرفت.
    یافته ها
    پس از بررسی خانواده های مختلف، هیچ یک از خانواده ها با لوکوس DFNB39 پیوستگی نشان نداد. این مطالعه حاکی از آن است که جهش های ژن HGF در ایجاد ناشنوایی در خانواده های مورد بررسی احتمالا نقشی ندارند.
    نتیجه گیری
    بر اساس نتایج این مطالعه، لوکوس DFNB39 اهمیت چندانی در بروز ناشنوایی در جمعیت مورد مطالعه ندارد؛ ولی برای تعیین نقش دقیق تر این لوکوس در جمعیت ایرانی مطالعات بیشتر ضروری است.
    کلید واژگان: لوکوس DFNB39, ژن HGF, ناشنوایی غیر سندرمی مغلوب اتوزومی
    Narges Zarepour, Mohammad Amin Tabatabaiefar, Afsaneh Taghipour, Fatemeh Nemati, Ladan Sadeghian, Morteza Hashemzadeh Chaleshtori *
    Background And Aims
    Hearing loss (HL) is a most common sensory deficit in humans and approximately one in 1,000 newborns has severe-to-profound HL. About 50% of HL cases are inherited and approximately 70 percent of HL cases are Non-syndromic that about 80 percent of this type of HL is inherited in recessive manner (ARNSHL). This is a heterogeneous disease and its prevalence is higher in developing countries. In Iran due to high rate of consanguinity has high frequency, too. The purpose of the present study was to investigate genetic linkage analysis of DFNB39 locus in families with autosomal recessive nonsyndromic HL from Khuzestan province.
    Methods
    In this descriptive laboratory study, to determine type and frequency of HGF mutations 300 individuals of 25 families from Khuzestan province with autosomal recessive nonsyndromic hearing loss were examined. Selected families in this study had consanguinity and had at least 2 patients and also they were negative for GJB2 gene mutations. Linkage analysis was performed by 6 markers STR (Short tandem repeats) which were located in or were tightly linked to DFNB39 locus conventional PCR and PAGE.
    Results
    After examining different families, it was revealed non of the families did not show linkage to the DFNB39 locus. Lack of HGF gene mutations in mentioned family suggests that the HGF's mutations probably have no role in causing HL in the studied families.
    Conclusion
    Based on the results of this study, DFNB39 locus may not be important role in causing hearing loss of population studied. However, further studies are necessary to determine more precisely the role of this locus in hearing loss in Iranian population.
    Keywords: DFNB39 locus, HGF gene, Autosomal recessive nonsyndromic hearing loss
  • عباس مریدنیا، مجید خیراللهی، محمد امین طباطبایی فر، مهرداد زینلیان
    مقدمه
    سرطان معده، چهارمین سرطان و دومین علت مرگ ناشی از سرطان در جهان می باشد. جهش ژن CDH1، شایع ترین علت سرطان ارثی منتشره ی معده (Hereditary diffuse gastric cancer یا HDGC) و اسپورادیک منتشره ی معده (Sporadic diffuse gastric cancer یا SDGC) می باشد. ژن CDH1 کد کننده ی E-cadherin می باشد. این مطالعه، با هدف مقایسه ی تغییرات نوکلئوتیدی و تغییرات تعداد کپی ژن CDH1 در بیماران مبتلا به HDGC و SDGC انجام شد.
    روش ها
    در مطالعه ی حاضر، 45 بیمار شامل 17 مورد HDGC و 28 مورد SDGC بر اساس معیارهای هیستوپاتولوژیک و سابقه ی خانوادگی انتخاب گردیدند. استخراج DNA از خون محیطی و بافت پارافینه انجام گرفت. تمام 16 اگزون ژن CDH1 با استفاده از روش Polymerase chain reaction (PCR) تکثیر شدند. روش Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) بر روی نمونه هایی که نتیجه ی توالی یابی آن ها تغییر پاتوژنیکی را نشان نداده بودند، برای شناسایی حذف و اضافه ها انجام گردید.
    یافته ها
    جانشینی هم معنی L116L و A692A در هر دو نوع ارثی و اسپورادیک بیماری سرطان منتشره ی معده وجود دارد و جهش غیر هم معنی D777E و حذف های c.889delA و c.1177delA فقط در بیماران مبتلا به HDGC وجود دارند. نتایج MLPA در بیماران HDGC یک مورد حذف شدگی در اگزون 1 ژن CDH1 و در بیماران SDGC یک مورد مضاعف شدگی در اگزون 9 و یک مورد حذف شدگی در اگزون 2 نشان داد.
    نتیجه گیری
    نتایج نشان دهنده ی وجود جهش های مختلف در ژن CDH1 در بیماران مبتلا به HDGC و SDGC می باشد که بر اهمیت بررسی جهش های ژن CDH1 و به ویژه جهش های یافت شده در مطالعه ی حاضر در تشخیص بیماری DGC تاکید می کند.
    کلید واژگان: CDH1, سرطان منتشره ی معده, ایران
    Abbas Moridnia, Majid Kheirollahi, Mohammad Amin Tabatabaeefar, Mehrdad Zeinalian
    Background
    Gastric cancer (GC) is the fourth common cancer worldwide and the second cause of mortality among all cancers. Mutations in the CDH1 gene are the most common cause of hereditary diffuse gastric cancer (HDGC) and sporadic diffuse gastric cancer (SDGC). CDH1 gene encode for E-cadherin protein. We compared the nucleotide alterations and copy number variations in CDH1 gene between Iranian patients with HDGC and SDGC.
    Methods
    We evaluated 45 patients including 17 cases with HDGC and 28 cases with SDGC identified according to the histopathological criteria and familial history. DNA extraction was obtained from peripheral blood and formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues. The DNA sequencing was completed using polymerase chain reaction (PCR) amplification of 16 exons of the CDH1 gene. Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) method was accomplished on samples with no pathogenic variants in sequencing.
    Findings: Synonymous substitution of L116L and A692A was detected in patients with HDGC and SDGC; but non-synonymous substitution of D777E, c.889delA, and c.1177delA deletions only detected in patients with HDGC. MLPA results revealed one deletion in exon 1 of CDH1 gene in patients with HDGC and one deletion in exon 2, and one duplication in exon 9 of CDH1 gene in patients with SDGC.
    Conclusion
    According to the results, different variants in CDH1 gene was presented in patients with HDGC and SDGC that emphasis the survey of CDH1 variants and especially detected variants in this study in the diagnosis of diffuse gastric cancer disease.
    Keywords: CDH1, Diffuse gastric cancer, Iran
  • لادن صادقیان، محمد امین طباطبایی فر، نرگس زارع پور، مرتضی هاشم زاده چالشتری*
    زمینه و هدف
    ناشنوایی رایج ترین اختلال حسی عصبی با بروز یک در هر هزار نوزاد می باشد. حدود 70% از موارد ژنتیکی ناشنوایی را موارد غیر سندرومی تشکیل می دهند. بیش از 100 لوکوس در ناشنوایی غیر سندرومی مغلوب اتوزومی(ARNSHL) درگیر می باشند. هدف از این مطالعه بررسی آنالیز پیوستگی به لوکوس DFNB24 (ژن رادیکسین) در خانواده های مبتلا به ARNSHL می باشد.
    روش بررسی
    در این مطالعه توصیفی- آزمایشگاهی 400 نمونه از 25 خانواده مبتلا به ناشنوایی غیر سندرومی مغلوب اتوزومی با ازدواج خویشاوندی و دارای حداقل سه فرد ناشنوا، از استان خوزستان انتخاب شدند. در نهایت23 خانواده از نظر جهش در ژن GJB2 (لوکوس DFNB1) منفی گزارش و به مطالعه وارد شدند. شش نشانگر STR (Short Tandem Repeat) انتخاب شد و پس از انجام واکنش PCR، تعیین ژنوتیپ با استفاده از بررسی نمونه ها بر روی ژل پلی اکریل آمید، انجام شد. نرم افزارهایی همچون Easy Linkage، SimWalk و HaploPainter برای تجزیه و تحلیل ژنتیکی مورد بررسی قرار گرفت.
    یافته ها
    در راستای بررسی پیوستگی لوکوس DFNB24 در جمعیت ناشنوایان استان خوزستان، نتایج مطالعه ما نشان داد که هیچ مورد پیوستگی بین لوکوس DFNB24 و ناشنوایی در هیچ یک از خانواده ها وجود ندارد.
    نتیجه گیری
    نتایج مطالعه حاضر نشان از آن دارد که احتمالا جهش های این ژن نقشی ناچیز در بروز ناشنوایی در جمعیت ناشنوای استان خوزستان دارد.
    کلید واژگان: پیوستگی ژنتیکی, ناشنوایی غیر سندرومی مغلوب اتوزومی, لوکوس DFNB24
    Ladan Sadeghian, Mohammad Amin Tabatabaiefar, Narges Zarepour, Morteza Hashemzadeh-Chaleshtori*
    Background And Aims
    Hearing loss (HL) is the most common sensorineural disorder affecting 1 in 1000 newborns. About 70% of genetic HL is classified as nonsyndromic deafness. Over 100 non-syndromic loci have been identified in autosomal recessive nonsyndromic hearing loss (ARNSHL). The aim of this study is identifying genetic cause of deafness by investigating genetic linkage analysis for DFNB24 locus (RDX gene) in ARNSHL families.
    Methods
    In this descriptive-experimental study, 400 samples from 25 Iranian consanguinity families with 3 or more patients, segregating as an ARNSHL, were selected from Khuzestan. Totally, 23 families were negative for GJB2 mutations (DFNB1) and were included. Six STR (Short Tandem Repeat) markers were selected, PCR amplification was done, and genotyping was performed by electrophoresis PCR product on polyacrylamide gel (PAGE). Several software tools such as Easy Linkage, SimWalk and HaploPainter were used for linkage analysis.
    Results
    Following the study of genetic linkage of DFNB24 in hearing loss population of Kuzestan province, our findings showed no families to be linked to the DFNB24 locus and deafness.
    Conclusion
    Results of the present study showed that RDX mutations may have little role in the etiology of deafness in this province.
    Keywords: Genetic linkage, Autosomal recessive non-syndromic hearing loss, DFNB24 locus
  • مهتاب خسروفر، محمدرضا پوررضا، سمیرا اصغرزاده، پریسا طهماسبی، الهه علی عسگری، رضا قاسمی خواه، نادر صاکی، جواد محمدی اصل، مرتضی هاشم زاده چالشتری، محمد امین طباطبایی فر*
    زمینه و هدف
    ناشنوایی یکی از متداول ترین ناهنجاری های مادر زادی است. یک تا دو مورد از هر 1000 تولد دارای ناشنوایی پیش از تکلم می باشند. ناشنوایی غیر نشانگانی مغلوب اتوزومی متداول ترین نوع ناشنوایی ارثی است .رواج ناشنوایی در کشورهای در حال توسعه بیش تر می باشد که عواملی چون ژنتیک و محیط(عوامل فرهنگی- بهداشتی) در بروز آن نقش دارند. ناشنوایی طیف گسترده ای از تظاهرات بالینی مادرزادی یا دیررس، هدایتی یا حسی-عصبی، نشانگانی یا غیرنشانگانی را شامل می شود. هدف از این پژوهش، تعیین سهم لوکوس DFNB21(TECTA) در ایجاد ناشنوایی غیر نشانگانی مغلوب اتوزومی در گروهی از خانواده های اهل استان خوزستان بود که برای ژن GJB2 منفی بودند.
    مواد و روش ها
    این مطالعه بر روی 21 خانواده مبتلا به ناشنوایی غیر نشانگانی مغلوب آتوزومی با حداقل 4 فرد بیمار و منفی برای جهش های GJB2 در استان خوزستان انجام شد. تجزیه و تحلیل پیوستگی با استفاده از نشان گرهای STR پیوسته به لوکوس DFNB21انجام گردید.
    یافته ها
    پس از رسم هاپلوتیپ و بررسی پیوستگی، از مجموع 21 خانواده، یک خانواده بهDFNB21 ((TECTA پیوستگی نشان داد.
    نتیجه گیری
    نتایج این پژوهش موید سایر مطالعات انجام شده در ایران است و ارائه گر یک دیدگاه کلی در زمینه ی فراوان ترین لوکوس های دخیل در بیماران مبتلا به ناشنوایی غیر نشانگانی مغلوب آتوزومی در ایران است که می تواند برای پژوهش و بالین مفید باشد.
    کلید واژگان: ناشنوایی غیر نشانگانی مغلوب اتوزومی, لوکوس DFNB21, پیوستگی ژنتیکی
    Mahtab Khosrofar, Mohammad Reza Pourreza, Samira Asgharzadeh, Parisa Tahmasebi, Elahe Ali Asgari, Reza Ghasemikhah, Nader Saki, Javad Mohammadi-Asl, Morteza Hashemzadeh Chaleshtori, Mohammad Amin Tabatabaiefar *
    Background
    Hearing loss (HL) is the most common congenital defect in humans. One or two in thousand newborn babies have prelingual hearing loss. Autosomal recessive non-syndromic hearing loss (ARNSHL) is the most common form of hereditary deafness. Hearing loss is more common in the developing countries which is due to genetic and environmental (cultural -health factors) reasons. HL has a wide range of clinical demonstrations including: congenital or late onset, conductive or sensory-neural, syndromic or non-syndromic hearing loss. The goal of this project is to determine the portion of the DFNB21 (TECTA) in ARNSHL in families with negative GJB2 gene in Khuzestan province.
    Materials And Methods
    We studied 21 families with ARNSHL with at least 4 patients and negative for GJB2 mutations from Khuzestan province. Genetic linkage analysis was performed using STR markers linked to DFNB21 locus.
    Results
    Following genetic linkage analysis and haplotyping, out of 21 families with ARNSHL, one family showed linkage to the DFNB21 (TECTA) locus.
    Conclusion
    The results of this project confirm other studies in Iran and give insight into the most common loci causing ARNSHL in Iran which could be helpful in research and clinic.
    Keywords: Autosomal recessive non-syndromic hearing loss, DFNB21 locus, Genetic linkage
  • فاطمه نعمتی زرگران، محمد امین طباطبایی فر، افسانه تقی پور ششده، فهیمه مرادی، نرگس زارع پور، مرتضی هاشم زاده چالشتری
    زمینه و هدف
    ناشنوایی یک اختلال شایع حسی است. نزدیک به 360 میلیون ناشنوا در سراسر دنیا وجود دارد. بیش از 50% موارد ناشنوایی به دلیل فاکتورهای ژنتیکی است. حدود 70% موارد ارثی ناشنوایی، به دلیل اختلال شنوایی غیرسندرمی است که از این بین وراثت مغلوب اتوزومی مسئول 80% موارد است. ناشنوایی غیرسندرمی مغلوب اتوزومی بسیار هتروژن بوده و تاکنون بیش از 50 ژن برای آن شناخته شده است. در این مطالعه ما به بررسی نقش جهش های DFNB42 (ILDR1) و DFNB35 (ESRRB) در 25 خانواده دارای ARNSHL در استان خوزستان پرداختیم.
    روش بررسی
    این مطالعه توصیفی بر اساس آنالیز پیوستگی انجام گرفت و برای هر لوکوس 6 مارکر STR انتخاب گردید. این مطالعه برای 300 فرد از 25 خانواده انجام گرفت که هر خانواده دارای حداقل دو فرد مبتلا و همچنین ازدواج خویشاوندی بودند. در این مطالعه جهش های GJB2 بررسی گردید و 3 خانواده با نتایج مثبت برای جهش در GJB2 از مطالعه کنار گذاشته شدند.
    یافته ها
    با استفاده از آنالیزهای پیوستگی هیچ یک از خانواده های انتخاب شده به لوکوس های DFNB35 و DFNB42 پیوستگی نشان ندادند. این مطالعه نشان داد که جهش ها در دو ژن ILDR1 و ESRRB نقشی در ایجاد ناشنوایی در خانواده های مورد مطالعه ندارند.
    نتیجه گیری
    این مطالعه نشان می دهد که جهش ها در ژن های ILDR1 و ESRRB نقش مهمی در ایجاد ناشنوایی در استان خوزستان ندارد. نتایج این مطالعه پیشنهاد می کند که بررسی سایر جایگاه های دخیل در ناشنوایی می تواند به شناخت علل ژنتیکی بیماری در جمعیت مورد مطالعه کمک کند.
    کلید واژگان: لوکوس DFNB35, لوکوس DFNB42, آنالیز پیوستگی, ناشنوایی غیر سندررمی مغلوب اتوزومی
    Fatemeh Nemati-Zargaran, Mohammad Amin Tabatabaiefar, Afsaneh Taghipour-Sheshdeh, Fahimeh Moradi, Narges Zarepour, Morteza Hashemzadeh Chalechtori
    Background And Aims
    Hearing loss is a common sensorial disorder. There are approximately 360 million affected people all over the world. More than 50% of hearing loss is because of genetics factors. About 70% of inherited hearing loss is due to non-syndromic hearing impairment that Autosomal- recessive inheritance is responsible for about 80% of cases. Autosomal recessive non syndromic hearing loss is very heterogeneous and more than 50 genes have been identified for it. The aimof this study was to investigate the role of DFNB42 (ILDR1) and DFNB35 (ESRRB) mutations in 25 families with ARNSHL from Khuzestan Iran.
    Methods
    This descriptive study was based on linkage analysis and selected 6 STR markers for each locus. This study was performed for 300 individuals from 25 families that had at least two affected, also they had consanguineous marriage. In this study, it was investigated mutations of GJB2 and 3 families with positive result for mutation in GJB2, were excluded from our study.
    Results
    With linkage analysis, none of selected families was linked to DFNB35 or DFNB42 loci. This study showed that the ILDR1 and ESRRB mutations have no role in hearing loss in studied families.
    Conclusion
    This study shows that mutations in ILDR1 and ESRRB genes have no important role in incidence of hearing loss in Khuzestan province. This result suggests that studying of other loci that are involved in deafness, can be helpful to identify genetic causes in this disease in the studied population.
    Keywords: DFNB35 locus, DFNB42 locus, Linkage analysis, ARNSHL
  • افسانه تقی پور ششده، محمد امین طباطبایی فر، فاطمه نعمتی زرگران، فهیمه مرادی، نرگس زارع پور، مرتضی هاشم زاده چالشتری *
    زمینه و هدف
    ناشنوایی اختلالی حسی- عصبی و از شایع ترین نقایص مادرزادی است که بروز آن برابر یک در 500 نوزاد می باشد. ناشنوایی یک اختلال بسیار ناهمگن است و نیمی از موارد ناشنوایی با علل ژنتیکی مرتبط است؛ علل محیطی و ناشناخته مسئول باقیمانده می باشند. نوع غیرسندرومی حدود 70% موارد ناشنوایی را شکل می دهد. الگوی وراثت نزدیک به 80% این نوع ناشنوایی به صورت مغلوب اتوزومی است. جمعیت ایرانی به دلیل نرخ بالای ازدواج خویشاوندی منبع ژنتیکی باارزشی را جهت مطالعه این نوع ناشنوایی فراهم می آورد. در این مطالعه پیوستگی ژنتیکی لوکوس های DFNB48 (CIB2) و DFNB98 (TSPEAR) در ناشنوایی خانواده های ناشنوای غیرسندرومی مغلوب اتوزومی در استان خوزستان بررسی شده است.
    روش بررسی
    در این مطالعه توصیفی- آزمایشگاهی 300 فرد از 25 خانواده جهت تعیین نوع و شیوع جهش های دو لوکوس DFNB48 و DFNB98 در استان خوزستان بررسی شد. انتخاب خانواده ها دارای معیارهایی بود. خانواده های دارای والدین سالم، ازدواج خویشاوندی، وجود حداقل 2 فرد ناشنوا در خانواده و همچنین منفی بودن جهش GJB2 انتخاب شدند. 3 خانواده که برای جهش در GJB2 مثبت تشخیص داده شدند از مطالعه خارج شدند. آنالیز پیوستگی برای 22 خانواده با استفاده از 6 نشانگر STR داخلی یا نزدیک به این دو لوکوس انجام شد.
    یافته ها
    هیچ یک از خانواده های بررسی شده با آنالیز پیوستگی به لوکوس های DFNB48 و DFNB98 پیوستگی نشان نداد.
    نتیجه گیری
    با توجه به نتیجه این مطالعه به نظر می رسد جهش های ژن CIB2 و ژن TSPEAR اهمیت چندانی در بروز ناشنوایی در استان خوزستان ندارد.
    کلید واژگان: DFNB48, DFNB98, ناشنوایی غیرسندررمی مغلوب اتوزومی, بررسی پیوستگی ژنتیکی
    Afsaneh Taghipour, Sheshdeh, Mohammad Amin Tabatabaiefar, Fatemeh Nemati Zargaran, Fahemeh Moradi, Narges Zarepour, Morteza Hashemzadeh Chaleshtori *
    Background And Aims
    Hearing loss, a sensorineural disorder, is one of the most common congenital impairments, occurring in approximately 1 in 500 newborns. Hearing loss is a highly heterogenic disease and half of the cases of deafness are attributed to genetic causes; environmental and unknown factors account for the remainder. Non-syndromic type forms 70% of hearing loss cases. Pattern of inheritance of nearly 80% of this type of HL is recessive autosomal. Iranian population provides a valuable genetic resource to study this kind of HL because of high ratio of consanguinity. In this study, genetic linkage of DFNB48 (CIB2) and DFNB98 (TSPEAR) is investigated in families with ARNSHL impairment from Khouzestan province.
    Methods
    In this descriptive study 300 individuals of 25 families with hearing loss were examined in order to determine type and frequency of mutation of DFNB48 and DFNB98 loci in Khouzestan province. Familie's selection had some criteria. Families with healthy parents, consanguineous marriage and negative result for mutations of GJB2 gene with at least two affected individuals were selected. 3 families which were detected positive for mutations of GJB2 gene were excluded from study. Linkage analysis was done for 22 families by using six STR markers which were located in or were tightly linked to each locus.
    Results
    None of these families inspected by linkage analysis was linked to the DFNB48 or DFNB98 loci.
    Conclusion
    Considering these results it seems that CIB2 and TSPEAR genes mutations have not important roles in hearing loss in Khouzestan province.
    Keywords: DFNB48 locus, DFNB98 locus, ARNSHL, Linkage analysis
  • پریسا طهماسبی، سید رضاکاظمی نژاد *، محمد امین طباطبایی فر، جواد محمدی اصل، نادر صاکی
    زمینه و هدف
    ناشنوایی یک نقص حسی رایج در انسان است که نیمی از موارد آن به دلایل ژنتیکی است. ناشنوایی ژنتیکی به انواع نشانگانی و غیر نشانگانی تقسیم می شود که 80 درصد موارد غیر نشانگانی از نوع ناشنوایی غیر نشانگانی اتوزومی مغلوب می باشند. هدف از پژوهش حاضر تعیین سهم لوکوس DFNB2 (ژن MYO7A) در ایجاد ناشنوایی اتوزومی مغلوب در گروهی از خانواده های ناشنوای استان خوزستان می باشد.
    مواد و روش ها
    این مطالعه برروی 26 خانواده دارای ناشنوایی اتوزومی مغلوب با حداقل 4 فرد ناشنوا و منفی برای جهش های GJB2 در استان خوزستان انجام گردید. 22 خانواده دارای ARNSHL و 4 خانواده دارای سندرم آشر بودند. تجزیه و تحلیل پیوستگی با استفاده از نشانگرهای STR (تکرار پشت سر هم کوتاه) مربوط به لوکوس DFNB2انجام شد. ژنوتیپ مربوط به هر خانواده با روش PCR-PAGE تعیین گردید. هم چنین رسم هاپلوتایپ و محاسبه امتیازLOD انجام گردید.
    یافته ها
    از مجموع 26 خانواده ناشنوای مورد مطالعه در این تحقیق، پس از بررسی پیوستگی و رسم هاپلوتایپ، دو خانواده (7/7 درصد) به لوکوس DFNB پیوستگی نشان دادند. از میان خانواده ها، یک خانواده (5/4 درصد) دارای ARNSHL و یک خانواده دارای سندرم آشربود.
    نتیجه گیری
    نتایج حاصل از این مطالعه نشان می دهد که سهم لوکوس DFNB2 در ایجاد ناشنوایی در جمعیت استان خوزستان مشابه با سایر مطالعات انجام شده درکشور است واین لوکوس بایستی به همراه سایر لوکوس های مهم جهت بررسی درپانل ناشنوایی مورد توجه قرارگیرد.
    کلید واژگان: ناشنوایی اتوزومی مغلوب, لوکوس DFNB2, پیوستگی ژنتیکی
    Parisa Tahmasebi, Seyed Reza Kazemi Nezhad*, Mohammad Amin Tabatabaiefar, Javad Mohammadi Asl, Nader Saki
    Background
    Hearing loss is a common sensory impairment in humans which half of its causes are genetic reasons. Genetic hearing loss can be divided into the two types of syndromic and non-syndromic, which 80% of non-syndromic cases is Autosomal Recessive Non-Syndromic Hearing Loss. The aim of the present research is to determine the contribution of DFNB2 locus (MYO7A gene) in causing an autosomal recessive hearing loss in the one group of the deaf families of Khuzestan province.
    Materials And Methods
    This study was conducted on 26 families with autosomal recessive hearing loss (with 4 patients) and negative for GJB2 mutations in Khuzestan province. 22 families suffered from ARNSHL and 4 families suffered from Usher syndrome. Linkage analysis was performed by using STR (Short Tandem Repeat) markers related to DFNB2 locus. Each family’s genotype was determined by PCR-PAGE method. Furthermore, haplotypes drawing and LOD score calculations were performed.
    Results
    From 26 families with hearing loss participating in this research, following genetic linkage analysis and haplotypes drawing, two families (7.7% of the families) showed linkage to DFNB2 locus. One family (4.5%) suffered from ARNSHL and another family suffered from Usher syndrome.
    Conclusion
    The results of the present research show that the contribution of DFNB2 locus in causing hearing loss in the population of Khuzestan province was similar to other studies conducted in Iran and this locus with other important loci should be considered to check in the hearing loss panel.
    Keywords: Autosomal recessive hearing loss, DFNB2 locus, Genetic Linkage
  • اعظم پوراحمدیان، محمد امین طباطبایی فر، سمیه رئیسی، پریا علی پور، نجمه فتاحی، مرتضی هاشم زاده*
    زمینه و هدف
    ناشنوایی متداول ترین نقص حسی در انسان است. ناشنوایی ممکن است هدایتی، حسی- عصبی یا ترکیبی از هر دو، سندرومی یا غیرسندرومی، پیش از تکلم یا پس از تکلم باشد. به دلیل پیچیدگی مکانیسم شنوایی جای تعجب نیست که چند صد ژن در ایجاد ناشنوایی توارثی نقش داشته باشند. تاکنون 152 لوکوس شناسایی شده که با رایج ترین نوع ناشنوایی یعنی ناشنوایی غیرسندرومی مرتبط هستند. هدف از این مطالعه تجزیه و تحلیل پیوستگی ژنتیکی لوکوس DFNB7/11 در خانواده هایی با ناشنوایی غیرسندرومی مغلوب اتوزومی از استان همدان می باشد.
    روش بررسی
    در این مطالعه توصیفی آزمایشگاهی، 24 خانواده با ناشنوایی غیر سندرومی مغلوب اتوزومی از استان همدان بررسی شد. خانواده های انتخاب شده در این مطالعه، ازدواج خویشاوندی داشتند و از نظر جهش های ژن GJB2 منفی بودند. تجزیه و تحلیل پیوستگی ژنتیکی توسط 7 نشانگر برای لوکوس DFNB7/11 صورت گرفت.
    یافته ها
    پس از بررسی خانواده های مختلف، یک خانواده از 24 خانواده (16/4%) با لوکوس DFNB7/11 پیوستگی نشان داد، ولی در بررسی اگزون های مختلف و پروموتر ژن TMC1 جهشی یافت نشد. عدم مشاهده ی جهش در ژن TMC1 در خانواده ی مذکور، وجود جهش در نواحی غیر کد کننده ی ژن TMC1 و یا وجود ژن جدیدی در این لوکوس را پیشنهاد می کند. ارزش SLINK و امتیاز LOD این خانواده به ترتیب 45/1 و 54/0 بود.
    نتیجه گیری
    بر اساس نتایج این مطالعه، لوکوس DFNB7/11 اهمیت چندانی در بروز ناشنوایی در جمعیت مورد ندارد، ولی برای تعیین نقش دقیق تر این لوکوس در جمعیت ایرانی مطالعات بیشتر ضروری است.
    کلید واژگان: لوکوس DFNB7, 11, ژن TMC1, ناشنوایی غیر سندرومی مغلوب اتوزومی
    Azam Pourahmadiyam, Mohammad Amin Tabatabaefar, Somayeh Reiisi, Pariya Alipour, Najmeh Fattahi, Morteza Hashemzadeh Chaleshtori *
    Background And Aims
    Hearing loss is a most common sensory deficit in humans. The hearing loss may be conductive, sensorineural, or mixed (syndromic or nonsyndromic), prelingual or postlingual. Due to the complexity of the hearing mechanism, it is not surprising that several hundred genes might be involved in causing hereditary hearing loss. So far 152 loci have been identified which are associated with the most common type of hearing loss. This study aimed to analyze genetic linkage of DFNB7/11 locus in families with autosomal recessive nonsyndromic hearing loss from Hamedan province.
    Methods
    In this descriptive laboratory study, 24 families from Hamedan province with autosomal recessive nonsyndromic hearing loss were examined. Selected families in this study had consanguinity and they were negative for GJB2 gene mutations. Linkage analysis was performed by 7 markers (STR) for DFNB7/11 locus.
    Results
    After examining different families, one family of the 24 families (4.16%) showed linkage to the DFNB7/11 locus, but in examining different exons and promoter of TMC1 gene, no mutation was found. Lack of TMC1gene mutations in mentioned familyy suggests mutations exist in noncoding regions of TMC1 genes or new gene exists in this locus. SLINK value and LOD score of this family was 1.45 and 0.54 respectively.
    Conclusion
    Based on the results of this study, DFNB7/11 locus may not have important role in causing hearing loss of population studied, but further studies are necessary to determine more precisely the role of this locus in hearing loss in Iranian population.
    Keywords: DFNB7, 11 locus, TMC1 gene, Autosomal recessive nonsyndromic hearing loss
  • اعظم پوراحمدیان، محمد امین طباطبایی فر، سمیه رئیسی، پریا علی پور، نجمه فتاحی، مرتضی هاشم زاده چالشتری
    مقدمه
    ناشنوایی حسی- عصبی، رایج ترین ناهنجاری عصبی است که با میانگین 1 در 1000-500 نوزاد رخ می دهد. موارد غیر سندرمی، 70 درصد ناشنوایی ها را شامل می شود که 80 درصد موارد، الگوی توارث مغلوب اتوزومی دارند. هدف از انجام مطالعه ی حاضر، تجزیه و تحلیل پیوستگی ژنتیکی لوکوس های DFNB40 و DFNB48 به منظور بررسی شیوع آن ها در میان خانواده های مورد بررسی با ناشنوایی غیر سندرمی مغلوب اتوزومی از استان های غربی کشور بود.
    روش ها
    در این مطالعه، 60 خانواده با ناشنوایی غیر سندرمی مغلوب اتوزومی از سه استان ایران شامل همدان، کهگیلویه و بویراحمد و چهار محال و بختیاری بررسی شدند. خانواده های انتخاب شده در این مطالعه، حاصل ازدواج خویشاوندی و دارای حداقل 2 فرد ناشنوا و از نظر جهش GJB2 منفی بودند.
    یافته ها
    پس از بررسی خانواده های مختلف، هیچ یک از خانواده های مورد بررسی به لوکوس های DFNB40 و DFNB48 پیوستگی نشان ندادند.
    نتیجه گیری
    بر اساس یافته های این مطالعه، احتمال می رود لوکوس های DFNB48 و DFNB40 در ایجاد ناشنوایی در استان های مورد مطالعه، نقش مهمی ندارند؛ اما برای تعیین نقش دقیق تر این لوکوس ها در جمعیت ایرانی مطالعات بیشتر ضروری است.
    کلید واژگان: لوکوس DFNB48, لوکوس DFNB40, ناشنوایی غیر سندرومی مغلوب اتوزومی
    Azam Pourahmadiyan, Mohammad Amin Tabatabaiefar, Somayeh Reiisi, Paria Alipour, Najmeh Fattahi, Morteza Hashemzadeh, Chaleshtori
    Background
    Sensorineural hearing loss (SNHL) is the most common sensory disorder and 1 in every 500-1000 newborns is affected. Non-syndromic SNHL accounts for 70% of hereditary hearing loss and 80% of SNHL cases have an autosomal recessive mode of inheritance (ARNSHL). The Purpose of the recent study is genetic linkage analysis to determine the prevalence of DFNB40 and DFNB48 loci in studying families with ARNSHL from the western provinces of Iran.
    Methods
    In this study, 60 families from 3 provinces of Iran involving Hamedan, Kohgiluyeh and Boyer-Ahmad and Chaharmahal and Bakhtiari with autosomal recessive non syndromic hearing loss were examined. The selected families in this study were consanguineous and had at least two patients. They also were negative for GJB2 mutations. Linkage analysis was performed by using 6 markers short tandem repeat (STR) for the DFNB40 locus and 7 markers STR for the DFNB48 locus.
    Findings: After examining different families, it was revealed that none of them showed linkage to the DFNB40 and DFNB48 loci.
    Conclusion
    The recent study suggests that DFNB40 and DFNB48 loci might not play an important role in causing hearing loss in the mentioned provinces. However, further studies are necessary to determine more precisely the role of these loci in the Iranian population.
    Keywords: DFNB40 locus, DFNB48 locus, Autosomal recessive non, syndromic hearing loss
  • نجمه فتاحی، محمد امین طباطبایی فر، سمیه رئیسی، پریا علی پور، اعظم پوراحمدیان، مرتضی هاشم زاده چالشتری*
    نقص شنوایی حسی-عصبی دو طرفه یکی از شایع ترین نقص های مادرزادی است که دارای شیوع یک در هزار در بین نوزادان، می باشد. اکثر موارد ناشنوایی غیر سندرومی بوده و حدود هشتاد درصد از بیماران مبتلا به ناشنوایی حسی-عصبی، الگوی وراثت اتوزوم مغلوب را نشان می دهند. ناشنوایی غیر سندرمی اتوزومی مغلوب یک اختلال بسیار هتروژن بوده که تا کنون بیش از 70 لوکوس و حدود 50 ژن برای آن شناخته شده است. در این مطالعه ما به دلیل تعیین شیوع جهش های D FNB59 در این مناطق به بررسی جهش های (DFNB59(PJVK در54 خانواده در سه استان از ایران که شامل همدان، کهکیلویه و بویراحمد و چهارمحال بختیاری پرداختیم. ژن موجود در این لوکوس Pejvakin(PJVK) است که پروتئین پژواکین را کد کرده و باعث انتقال تحریکات عصبی می شود. خانواده های انتخاب شده در مطالعه، دارای ازدواج خویشاوندی بوده و حداقل 2 ناشنوا و بیشتر بودند و هم چنین از نظر جهش GJB2 منفی بودند. برای این لوکوس شش نشانگر انتخاب شده و آنالیز پیوستگی انجام شد. ولی با بررسی خانواده های مختلف، هیچ کدام در نشانگرهای مورد نظر با لوکوس DFNB59 پیوستگی نشان ندادند و مطالعه ی حاضر حاکی از آن است که جهش های ژن پژواکین در ایجاد ناشنوایی در استان های مذکور احتمالا نقش اندکی دارند و در نتیجه جهش های این ژن از نظر بالینی اهمیت چندانی در بروز بیماری در این مناطق ندارند.
    کلید واژگان: پیوستگی ژنتیکی, لوکوس DFNB59, ناشنوایی
    Najmeh Fattahi, Mohamadamin Tabatabaiefar, Somayeh Reeisi, Paria Alipour, Azam Pourahmadian, Morteza Hashemzadeh Chaleshtory*
    Bilateral sensorineural hearing loss is one of the most frequent congenital defects, and it has the prevalence of one in thousand among the infants. The most cases of hearing impairment are nonsyndromic and about 80 percent of patients with sensorineural HE show authosomal recessive pattern. ARSNL is a very heterogenic defect for over 70 loci and 50 genes have been found. In this study, in order to prove the prevalence of DFNB59 mutations, we examined DFNB59 mutations in 54 families from 3 provinces of Iran including Hamedan, Kohgiluye& Boveir Ahmad and Chaharmahal Bakhtiari. The gene (PJVK) in this locus encodes Pejvakin protein (PJVK) and causes nerve stimulation to conduct. Selected families in this study have consanguinity and at least have two patients with the defect; they also are negative in having the GJB2 mutations. Six markers were selected for this locus and linkage analysis was performed. However, after examining different families, it was revealed that none of them had linkage to the DFNB59 locus. Therefore, this study suggests that that Pejvakin mutations might not play an important role in causing hearing loss in these provinces.
    Keywords: Genetic linkage, DFNB59 loci, hearing loss
  • پریا علی پور، محمد امین طباطبایی فر، سمیه رئیسی، نجمه فتاحی، اعظم پوراحمدیان، مرتضی هاشم زاده چالشتری
    مقدمه
    ناشنوایی یک اختلال حسی- عصبی است و یکی از شایع ترین نقص های مادرزادی می باشد که دارای بروز یک در هزار در بین نوزادان می باشد. مطالعات نشان داده است که پنجاه درصد موارد ناشنوایی، دارای علل ژنتیک و پنجاه درصد باقی مانده، دارای علل محیطی و ناشناخته است؛ قابل ذکر است که این نقص، بسیار ناهمگن می باشد. ناشنوایی در حدود 70 درصد موارد، غیرسندرمی است و تنها نقص موجود در بیمار می باشد؛ حدود 80 درصد این گونه ناشنوایی، به صورت اتوزوم مغلوب به ارث می رسد (ناشنوایی غیرسندرمی اتوزوم مغلوب). در این تحقیق، به بررسی نقش لوکوس DFNB63 (در ژن LRTOMT) در خانواده های دچار ناشنوایی غیرسندرمی اتوزوم مغلوب در دو استان ایران پرداختیم.
    روش ها
    در این مطالعه ی توصیفی- آزمایشگاهی، به منظور تعیین شیوع جهش های DFNB63 در استان های غربی ایران، به بررسی نقش جهش های این ژن در 150 فرد از 30 خانواده در استان های همدان و کهگیلویه و بویراحمد پرداخته شد. خانواده های انتخاب شده در این مطالعه، دارای ازدواج خویشاوندی و حداقل 2 یا تعداد بیشتری ناشنوا بوده، همچنین از نظر جهش GJB2، منفی بودند. آنالیز پیوستگی با انتخاب شش نشان گر (STR (Short tandem repeats مناسب برای این لوکوس، انجام شد.
    یافته ها
    با آنالیز پیوستگی خانواده های انتخاب شده، هیچ کدام، در نشان گرهای مورد نظر با لوکوس DFNB63 پیوستگی نشان ندادند. بر این اساس، جهش های ژن LRTOMT در ایجاد ناشنوایی در خانواده های مورد بررسی نقش نداشتند.
    نتیجه گیری
    مطالعه ی حاضر پیشنهاد می کند که جهش های ژن LRTOMT، از نظر بالینی، اهمیت چندانی در بروز ناشنوایی در استان های مورد مطالعه ندارند.
    کلید واژگان: DFNB63, ژن LRTOMT, ناشنوایی غیر سندرمی اتوزوم مغلوب, بررسی پیوستگی ژنتیک, ایران
    Parya Alipour, Mohammad Amin Tabatabaiefar, Somayeh Reiisi, Najmeh Fattahi, Azam Pourahmadian, Mortaza Hashemzadeh, Chaleshtori
    Background
    Hearing loss is a sensorineural impairment and is one of the most widespread congenital impairments with a prevalence of one in thousand among children. Studies have shown that 50 percent of congenital hearing loss have genetic causes and the remaining 50 percent are due to environment and unknown reasons; in addition, it is noted that this impairment is very heterogeneous. Almost 70 percent of cases are nonsyndromic with hearing loss presenting as the only impairment. About 80 percent of this type of hearing loss is inherited in recessive manner (ARNSHL). In this study, we determined the role of DFNB63 locus in a series of families in two western provinces of Iran.
    Methods
    In this descriptive-laboratory study, to determine the prevalence of DFNB63 mutations in western provinces of Iran, we studied 150 individuals from 30 families in Hamadan and Kohgiluyeh and Boyer-Ahmad provinces. The selected families in this study were consanguineous, had at least 2 patients, and were negative for GJB2 mutations. Linkage analysis was performed using six appropriate short tandem repeats (STR) markers.
    Findings
    With linkage analysis of selected families, no family was shown to be linked to the DFNB63 locus. It was shown that the LRTOMT mutations played no role in causing hearing loss in the studied families.
    Conclusion
    The present study suggests that LRTOMT mutations may not be clinically important in causing autosomal recessive nonsyndromic hearing loss in the investigated provinces.
    Keywords: DFNB63, LRTOMT gene, Autosomal recessive nonsyndromic hearing loss, Genetic linkage analysis, Iran
  • فاطمه رضاییان، محمد امین طباطبایی فر، فاطمه هیبتی، سمیه رئیسی، شهربانو پرچمی، مرضیه ابوالحسنی، بهشته امیری، احمدرضا صالحی، مرتضی هاشم زاده چالشتری*
    زمینه و هدف
    ناشنوایی یک اختلال حسی، عصبی است و بیشترین اختلال موجود در هنگام تولد است. بیش از 60% موارد ناشنوایی ارثی است. انواع ژنتیکی آن به دو نوع سندرومی و غیر سندرومی تقسیم می شود که نا شنوایی غیر سندرومی مغلوب اتوزومی (ARNSHL) با بیشترین درصد (70%) رخ می دهد. این مطالعه با هدف تعیین پیوستگی ژنتیکی به لوکوس DFNB93 در خانواده های مبتلا به ARNSHL انجام شد.
    روش بررسی
    این مطالعه توصیفی آزمایشگاهی بر روی 40 شجره بزرگ مبتلا به ARNSHL دارای حداقل دو بیمار، والدین سالم و عمدتا دارای ازدواج خویشاوندی و منفی از نظر جهش های ژن GJB2، از استان های چهارمحال و بختیاری و کهگیلویه و بویراحمد انجام گردید. سپس خانواده ها برای پیوستگی ژنتیکی به لوکوس DFNB93 با استفاده از نشانگرهای STR و روش PCR و سپس ژل پلی اکریل آمید بررسی شدند.
    یافته ها
    از تعداد 40 خانواده، 1 خانواده (52/5%) به لوکوس DFNB93 پیوستگی نشان داد. ارزش SLINK این خانواده 2/67 و LOD بیشینه دو نقطه ای 2/05 و LOD بیشینه چند نقطه ای 2/05 محاسبه شد.
    نتیجه گیری
    بر اساس نتیجه پژوهش حاضر، این لوکوس احتمالا نقش کمی در ایجاد ناشنوایی در جمعیت مورد مطالعه (دو استان) دارد ولی برای تعیین نقش دقیق تر این لوکوس در ایجاد ناشنوایی در جمعیت ایرانی، مطالعات بیشتری ضروری می باشد.
    کلید واژگان: وکوس DFNB93, ژن CABP2, نا شنوایی غیر سندرومیک مغلوب اتوزومی, پیوستگی ژنتیکی
    Fateme Rezaeian, Mohammad Amin Tabatabaiefar, Fateme Heybati, Somaye Reiisi, Shahrbanoo Parchami, Marzye Abolhasani, Beheshte Amiri, Ahmad Reza Salehi, Morteza Hashemzadeh, Chaleshtori*
    Background And Aims
    Hearing loss (HL) is one of the sensory, neurological disorders and is the highest rate of existing disorder at birth. More than 60% of deafness is hereditary. Genetic type of HL is divided into two groups, syndromic HL (SHL) and Non-syndromic HL (NSHL). Autosomal recessive non syndromic deafness (ARNSHL) occurs with the highest percentage (70%). This study aimed to determine genetic linkage of DFNB93 Locus in families with ARNSHL.
    Methods
    The descriptive study was performed on 40 large pedigrees with at least two ARNSHL patients. They had healthy parents and most of consanguineous marriage. These cases were negative for GJB2 gene mutation in Chahar Mahal & Bakhtiari and Kohkiluyeh & Boyer Ahmad provinces of Iran. Then families were investigated for genetic linkage to the DFNB93 locus using STR markers, PCR and polyacrylamide gels.
    Results
    Results showed that one of the 40 families (2.5%) was linked to the DFNB93 locus. The value of SLINK (2.67), preliminary two-point LOD (2.05), and multipoint LOD (2.05) for this family was calculated.
    Conclusion
    Based on the results of this study, DFNB93 locus has probably little role in deafness of studied population. Further investigations are necessary to determine the role of this locus in deafness in Iranian population more precisely.
    Keywords: DFNB93 locus, CABP2 gene, Autosomal recessive non, syndromic hearing loss, Genetic linkage, PCR, RFLP
  • احمدرضا صالحی چالشتری، محمد امین طباطبایی فر، حمیدرضا صالحی، مرتضی هاشم زاده چالشتری
    شایعترین نقص حسی در انسان ناشنوایی مادرزادی است و نقش ژنها در شکل گیری این اختلال غیرقابل انکار است. جهشهای ژنی زیادی به عنوان عوامل دخیل در ایجاد این بیماری بسیار ناهمگن مطرح هستند که بالاترین فراوانی جهش در ژن GJB2 دیده شده است و بعد از آن، ژن SLC26A4 حائز رتبه دوم می باشد. به تازگی گزارشی برای اولین بار در جهان، مبنی بر نقش جهش c.637+1G>T ژن CABP2 در ایجاد ناشنوایی در سه خانواده ایرانی بررسی و منتشر نموده ایم. مطالعه حاضر با هدف بررسی این جهش جدیدا گزارش شده در موارد ناشنوایی اسپورادیک انجام شده است. تعداد 183 بیمار مبتلا به سطوح متوسط تا عمیق ناشنوایی اسپورادیک برای این مطالعه در نظر گرفته شدند. جهش c.637+1G>T با استفاده از روش PCR-RFLP در بیماران مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از PCR-RFLP حاکی ازعدم حضور جهش مورد مطالعه در نمونه های ناشنوای اسپورادیک مورد بررسی بود. جهش c.637+1G>T در ژن CABP2 در جمعیت ناشنوایان اسپورادیک ایرانی مورد بررسی در این مطالعه، نقشی در ایجاد ناشنوایی ندارد. حجم نمونه های بزرگتر از جمعیت های مختلف و بررسی کلیه اگزونها و قسمت پروموتور ژن مزبور در تعیین نقش واقعی این ژن در ایجاد ناشنوایی می تواند راهگشا باشد.
    کلید واژگان: ناشنوایی غیر سندرومی اسپورادیک, PCR, RFLP, (Ca, Binding Protein 2) CABP2, ایران
    Ahmad Reza I. Salehi Chaleshtor, Mohammad Amin Tabatabaiefar, Hamid Reza Salehi, Morteza Hashemzadeh Chaleshtori
    The most common sensorineural defect in human is congenital hearing loss and genes have an incontestable role in the development of this defect. Many genetic mutations are known to be responsible in this heterogeneous disease. The most frequent mutations are GJB2 mutations followed by the SLC26A4 mutations. Recently، we published a report regarding the role of c. 637+1G>T mutation in CABP2 gene، causing hearing loss in three Iranian families. The present study was launched to analyze the role of this recently reported mutation in patients with sporadic hearing loss. One hundred and eighty three patients with moderate to profound sporadic hearing loss were included in this study. The mutation c. 637+1 G>T was investigated in patients using the PCR-RFLP method. PCR-RFLP findings revealed that the considered mutation was absent in subjects with sporadic hereditary hearing loss. The mutation c. 637+1 G>T in CABP2 gene did not play any roles in the investigated Iranian patients with sporadic hearing loss. Larger samples of different populations، and assessment of all exons and the promoter region of mentioned gene will help to determine the real role of this gene in producing hearing loss.
    Keywords: Sporadic non, Syndromic Hearing Loss, Polymorphism, Restriction Fragment Length, CABP2 (Ca, Binding Protein 2), Iran
  • سمیه رئیسی، محمدحسین صنعتی، محمد امین طباطبایی فر، حمیدرضا پورجعفری، زرین مینوچهر، افسانه شاورزی، میترا عطایی، محبوبه کثیری، مرتضی هاشم زاده چالشتری *
    مقدمه

    ناشنوایی یک اختلال شایع می باشد که به طور معمول، هتروژنی ژنتیکی را در جمعیت های انسانی نشان می دهد. بروز ناشنوایی مادرزادی به میزان 1 در هر 500 تولد محاسبه شده است که حدود 70 درصد این موارد به عوامل ژنتیکی نسبت داده می شوند. نقص ژنتیکی ناشنوایی به دو نوع سندرمیک و غیر سندرمیک دسته بندی می شود و در میان ناشنوایی های غیر سندرمیک نوع اتوزومال مغلوب (ARNSHL یا Autosomal، recessive، non-syndromic hearing loss) برای حدود 80-75 درصد موارد محاسبه می شود. این نوع از ناشنوایی بسیار هتروژن می باشد و بیش از 100 لوکوس را شامل می شود. برای ناشنوایی مغلوب، شایع ترین ژن های مورد بررسی در سراسر جهان شامل 2GJB، 4A26SLC، A15MYO، OTOF و 23CDH می باشند. بنابراین هدف این مطالعه، تعیین نقش موتاسیون های ژن A15MYO (3DFNB) در خانواده های ایرانی به وسیله ی آنالیز پیوستگی می باشد.

    روش ها

    در این مطالعه، برای بررسی فراوانی لوکوس 3DFNB در ناشنوایی، آنالیز پیوستگی در 30 خانواده ی ایرانی با بیش از سه فرد ناشنوا و منفی برای ژن 2GJB انجام شد. شجره های با موتاسیون منفی برای ژن 2GJB برای پیوستگی به لوکوس 3DFNB با استفاده از نشانگرهای STR (Short tandem repeat) مورد بررسی قرار گرفتند.

    یافته ها

    موتاسیون delG35 در 5 خانواده از 30 خانواده ی مورد بررسی به وسیله ی تعیین توالی ناحیه ی کد کننده ی ژن 2GJB شناسایی شد. در میان بقیه ی خانواده ها، یک خانواده به لوکوس 3DFNB پیوستگی نشان داد.

    نتیجه گیری

    بر اساس نتایج این مطالعه و سایر مطالعات، لوکوس 3DFNB در جمعیت ایرانی سومین عامل ناشنوایی بعد از 1DFNB (2GJB) و 4DFNB (4A26SLC) می باشد.

    کلید واژگان: 3DFNB, آنالیز پیوستگی, ناشنوایی غیر سندرمیک اتوزومال مغلوب, ایرانی
    Somayeh Reiisi, Mohammad Hossein Sanati, Mohammad Amin Tabatabaiefar, Hamid Reza Pourjafari, Zarrin Minuchehr, Afsaneh Shavarzi, Mitra Ataie, Mahbobeh Kasiri, Morteza Hashemzadeh Chaleshtori
    Background

    Hearing loss is a common sensory disorder that typically illustrates genetic heterogeneity in human populations. The incidence of congenital hearing loss is estimated at 1 in 500 births of which approximately 70% of cases are attributed to genetic factors. Genetic hearing impairment can be classified as either syndromic or non-syndromic and among non-syndromic hearing loss autosomal recessive (ALNSHL) accounts for approximately 75-80% of cases. This type of hearing loss is extremely heterogeneous and includes over 100 loci. For recessive deafness, most frequent genes are GJB2, SLC26A4, MYO15A, OTOF, and CDH23 in worldwide. This study aimed to determine the role of MYO15A (DFNB3) gene mutations in Iranian deaf population using linkage analysis.

    Methods

    To investigate the frequency of DFNB3 gene mutation, linkage analysis was performed in 30 Iranian families with over three deaf child and negative GJB2. The negative mutations pedigrees for these gene mutations were then tested for the linkage to DFNB3 (MYO15A) locus, using short tandem repeat (STR) markers.

    Findings

    Mutation 35delG was identified in 5 families out of 30 by sequencing the coding region of GJB2 gene. One family showed linkage to DFNB3 locus.

    Conclusion

    Based on the results of this study, DFNB3 locus is the third cause of deafness after DFNB1 (GJB2) and DFNB4 (SLC26A4).

    Keywords: DFNB3, Linkeage Analysis, Autosomal recessive non, syndromic hearing loss, Iran
  • احمدرضا صالحی چالشتری، فاطمه فتاحی، محمد امین طباطبایی فر، اعظم حسینی پور، حمیدرضا صالحی چالشتری، فاطمه رضاییان، مرتضی هاشم زاده چالشتری*
    سابقه و هدف
    ناشنوایی مادرزادی متداولترین نقص حسی در انسان است. شایعترین جهشهای ژنی دخیل در این بیماری، جهش های ژن GJB2 و بعد از آن جهشهای ژن SLC26A4 می باشند. به دنبال گزارشی که برای اولین بار در جهان مبنی بر دخالت ژن CABP2 در ایجاد ناشنوایی گزارش گردیده است، مطالعه حاضر با هدف بررسی این جهش در بیماران ایرانی مبتلا به ناشنوایی انجام شده است.
    مواد و روش ها
    این مطالعه مقطعی بر روی 253 نمونه مبتلا به سطوح متوسط تا شدید ناشنوایی از بین نمونه های موجود، با توجه به شجرنامه و داده های شنوایی سنجی دارای الگوی خانوادگی ناشنوایی مغلوب اتوزومی بودند، انجام شد. با استفاده از روش PCR-RFLP جهش c.637+1G>T در ژن CABP2 بررسی گردید.
    یافته ها
    بررسی کیفی و کمی DNA تخلیص شده از خون بیماران نشان داد که نمونه های DNA ژنومی از کیفیت مطلوبی برخوردار بودند به گونه ای که متوسط غلظت اندازه گیری شده معادل با 488 نانوگرم در هر میکرولیتر و متوسط نسبت جذب در 260 نانومتر به جذب در 280 نانومتر معادل با 87/1 بود. نتایج حاصل از PCR-RFLP نشان دهنده عدم وجود جهش c.637+1G>T در نمونه های ناشنوای متوسط تا عمیق خانوادگی در استانهای مورد بررسی بود.
    نتیجه گیری
    براساس نتایج این مطالعه جهش c.637+1G>T در ژن CABP2 در جمعیت ناشنوایان مورد بررسی ایرانی نقشی در ایجاد ناشنوایی ندارد.
    کلید واژگان: ناشنوایی غیر سندرومی, PCR, RFLP, CABP2, خانواده های ایرانی
    A.R. Salehi Chaleshtori, F. Fattahi, M.A. Tabatabaiefar, A. Hoseinipour, H.R. Salehi Chaleshtori, F. Rezaian, M. Hashemzadeh Chaleshtori *
    Background And Objective
    Congenital hearing loss is the most common sensorineural defect in human. The most common genetic mutations in this disease are GJB2 mutations which are followed by SLC26A4 mutations. Following a report for the first time in the world insist on CABP2 gene interference in hearing loss production, the present study was launched to analyze this mutation in Iranian patients with hereditary hearing loss.
    Methods
    This is a cross sectional study. Among samples with autosomal recessive familial hearing loss pattern, regarding pedigree and audiometric data 253 patients with moderate to profound hearing loss were selected and studied. The mutation c. 637+1G>T was investigated using PCR-RFLP method.
    Findings
    PCR-RFLP findings revealed that c.637+1G>T mutation was absent in the deaf subjects with hereditary moderate to profound hearing loss in analyzed provinces.
    Conclusion
    The mutation c.637+1G>T in CABP2 gene does not play any role in the investigated Iranian subjects with hereditary hearing loss.
    Keywords: Non, syndromic hearing loss, PCR, RFLP, CABP2, Iranian families
  • سحر شکوهی، فاطمه باغبانی، محمدحسن زاده نظرآبادی، طیبه حمزه لویی، محمدرضا عباسزادگان، نفیسه ثقفی، رضا رئوفیان، جواد زوار رضا، شهاب احمدزاده، محمد امین طباطبایی فر، مجید مجرد*
    مقدمه
    سقط مکرر خودبه خودی (RSA) یکی از مهم ترین مشکلات بهداشتی می باشد که دارای بخش قوی ژنتیکی است. اختلالات ژنتیک متعددی به عنوان عوامل ایجاد موارد RSA دارای الگوی وراثت وابسته به کروموزوم X شناسایی شده اند. با این حال بیشتر عوامل ژنتیکی ایجادکننده این حالت ناشناخته باقی مانده اند.
    هدف
    در این مطالعه به منظور شناسایی لکوس استعداد برای سقط مکرر در یک شجره بزرگ مبتلا به سقط مکرر وابسته به جنس بررسی پیوستگی ژنتیکی انجام شد.
    مواد و روش ها
    بررسی پیوستگی با استفاده از 11 لکوس میکروساتلیت بر روی 27 عضو از یک خانواده بزرگ مبتلا به سقط مکرر وابسته به جنس انجام شد. با استفاده از برنامه نرم افزاری Superlink v 1.6 بررسی پیوستگی دو نقطه ای پارامتریک انجام شد.
    نتایج
    شواهد وجود پیوستگی ژنتیکی با مارکر واقع در ناحیه (Xq23 (DXS7133 و با نمره3/12=LOD و(Xq22.1 (DXS101 با نمره 1/60=LOD مشاهده شد.
    نتیجه گیری
    لکوس شناسایی شده در این مطالعه احتمالا حامل یک ژن مسئول برای سقط مکرر وابسته به جنس است. با محدودکردن این ناحیه در مطالعات بعدی احتمالا می توان ژن مسئول این بیماری را شناسایی نمود.
    کلید واژگان: وابسته به جنس, سقط خودبخودی مکرر, پیوستگی
    Sahar Shekouhi, Fatemeh Baghbani, Mohammad Hasanzadeh Nazar, Abadi, Tayebeh Hamzehloie, Mohammad Reza Abbaszadegan, Nafiseh Saghafi, Reza Raoofian, Javad Zavar Reza, Shahab Ahmadzadeh, Mohammad Amin Tabatabaiefar, Majid Mojarrad*
    Objective
    In this study we performed linkage analysis on a large X linked RSA pedigree to find a novel susceptibility locus for RSA.
    Materials And Methods
    A linkage scan using 11 microsatellites was performed in 27 members of a large pedigree of hereditary X-linked RSA. Two point parametric Linkage was performed using Superlink v 1.6 program.
    Results
    Evidence of linkage was observed to markers at Xq23, DXS7133 and at Xq22.1 DXS101, with LOD score of 3.12 and 1.60, respectively.
    Conclusion
    Identified locus in this study may carry a responsible gene in RSA. Narrowing down of this region may leads to identification of this gene Recurrent spontaneous abortion (RSA) is one of the most common health complications with a strong genetic component. Several genetic disorders were identified as etiological factors of hereditary X linked RSA. However, more genetic factors remain to be identified.
    Keywords: X, linked, Recurrent spontaneous abortion, Linkage
  • دنیز کوشاور، عفت فرخی، مرضیه ابولحسنی، محمد امین طباطبایی فر، محمدرضا نوری دلویی، مرتضی هاشم زاده چالشتری *
    زمینه و هدف

    ناشنوایی غیر سندرومی مغلوب اتوزومی (ARNSHL) تا حدود 50% موارد در اثر جهش های ژن GJB2 (Gap junction protein، beta 2، 26kDa) کد کننده کانکسین 26 ایجاد می شود. با این حال 10 تا 42% از ناشنوایان دارای جهش های مغلوب، حامل تنها یک آلل جهش یافته GJB2 هستند. جهش در ژن GJB4 کد کننده ی کانکسین 3/30 نیز می تواند باعث ناشنوایی شود. هدف از این مطالعه بررسی تغییرات در ژن GJB4 به عنوان آلل دوم جهش یافته مسبب بیماری با الگوی وراثت دوژنی در بیماران مطالعه شده هتروزیگوت GJB2 می باشد.

    روش بررسی

    در این مطالعه توصیفی- آزمایشگاهی برای 42 نمونه با یک آلل جهش یافته ی GJB2 از هفت استان کشور، حاصل از 890 خانواده مبتلا به ARNSHL، DNA به روش فنل کلروفرم استخراج شد. ژن GJB4 در این نمونه ها به روش PCR و تعیین توالی بررسی و حفاظت شدگی اسید آمینه های درگیر تعیین شد. جهت تعیین بیماریزایی تغییرات یافت شده، 200 فرد کنترل شنوا به روش PCR-RFLP آزمایش شد.

    یافته ها

    در ژن GJB4 پنج جایگزینی هتروزیگوس (c.451C>A، c.219C>T، c.507C>G، c.155_158delTCTG، c.542C>T) در 5 نفر از بیماران و 13 نفر از افراد کنترل یافت شد. تغییر c.542C>T در نمونه های کنترل مشاهده نشد و درجه حفاظت شدگی اسید آمینه ی مربوطه بسیار بالا بود.

    نتیجه گیری

    با توجه به شواهد موجود پیشنهاد می شود که تغییر c.542C>T در ژن GJB4 و تغییرات دیگر در این ژن با احتمال کمتری، می تواند در ابتلا به ARNSHL با الگوی دوژنی در حاملین جهش های هتروزیگوت GJB2 نقش داشته باشد.

    کلید واژگان: کانکسین, وراثت دوژنی, ناشنوایی, GJB2, GJB4
    Daniz Kooshavar, Effat Farrokhi, Marziye Abolhasani, Dr. Mohammad Amin Tabatabaiefar, Dr. Mohammad Reza Noori Daloii, Dr. Mortaza Hashemzadeh Chaleshtori
    Background And Aims

    Autosomal Recessive Non-syndromic Hearing Loss (ARNSHL)، in up to 50 percent of the cases، is caused by mutations in GJB2 (GJ: Gap Junction) gene، encoding connexin 26. However 10 to 42 percent of patients with recessive mutations are carriers of only one mutant GJB2 allele. Mutations in GJB4 gene encoding Cx30. 3 can also lead to hearing loss. Mixing of different connexins in heteromeric and heterotypic GJ assemblies is possible. The aim of this study is to answer whether variations GJB4 gene can be the second mutant allele causing the disease in Digenic mode of inheritance in the GJB2 heterozygous cases studied.

    Methods

    In this descriptive study 42 subjects with ARNSHL from seven provinces of Iran were examined and using polymerase chain reaction (PCR) then conservation of involved amino acids was obtained. According to the variations found in patients، 200 hearing control samples were tested sequenced using Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) method.

    Results

    In GJB4 gene five heterozygous variations (c. 451C>A، c. 219C>T، c. 507C>G، c. 155_158delTCTG، c. 542C>T) were found in five patients and 13 control individuals. c. 542C>T variation was not detected in control samples and conservation score of corresponding amino acid was very high. Conclution: Regarding the obtained evidences، it is suggested that c. 542C>T variation in GJB4 and other variations in this gene with lower possibility might contribute to ARNSHL in digenic pattern in heterozygote carriers of GJB2.

    Keywords: Connexin, Digenic inheritance, Hearing loss, GJB2, GJB4
نمایش عناوین بیشتر...
بدانید!
  • در این صفحه نام مورد نظر در اسامی نویسندگان مقالات جستجو می‌شود. ممکن است نتایج شامل مطالب نویسندگان هم نام و حتی در رشته‌های مختلف باشد.
  • همه مقالات ترجمه فارسی یا انگلیسی ندارند پس ممکن است مقالاتی باشند که نام نویسنده مورد نظر شما به صورت معادل فارسی یا انگلیسی آن درج شده باشد. در صفحه جستجوی پیشرفته می‌توانید همزمان نام فارسی و انگلیسی نویسنده را درج نمایید.
  • در صورتی که می‌خواهید جستجو را با شرایط متفاوت تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مطالب نشریات مراجعه کنید.
درخواست پشتیبانی - گزارش اشکال