فهرست مطالب گیلدا کریمی

انتخاب همه

بررسی تاثیر بیش بیان کلاستر miR-302/367 بر بیان ژن های مسیر پیام رسان mTOR در سلول های بنیادی بافت چربی انسانی

مریم خانی، آرش جاوری، آرزو بازرگانی، گیلدا کریمی، معصومه فخرطه*

نشریه پژوهش در پزشکی، سال چهل و هشتم شماره 1 (پیاپی 189، بهار 1403)، صص 28 -37

سابقه و هدف

کلاستر miR-302/367 نقش مهمی در بازبرنامه ریزی سلول های سوماتیک به سلول های بنیادی پرتوان و حفظ پرتوانی ایفا می کند. تا به حال، مطالعه های متعددی در زمینه مکانیسم عمل کلاستر miR-302/367 در بازبرنامه ریزی انجام شده، اما یافته چندانی درباره تاثیر اختصاصی این کلاستر بر مسیر پیام رسان mTOR وجود ندارد. مسیر mTOR علاوه بر کنترل روندهای سلولی مختلف، نظیر تکثیر، تمایز و اتوفاژی، نقش مهمی را در فرآیند بازبرنامه ریزی بر عهده دارد. بر این اساس، مطالعه حاضر با هدف شناسایی تاثیر کلاستر miR-302/367 روی مسیر mTOR در سلول های بنیادی بافت چربی طراحی شد.

روش کار

در این مطالعه تجربی، سلول های بنیادی بافت چربی در مرحله پاساژ سوم تا پنجم با استفاده از کیت و سیستم ترنسفکشن نئون با وکتور TDH101PA-GP بیان کننده کلاستر mir-302/367 و وکتور Mock ترنسفکت شدند. یک هفته پس از ترنسفکشن، بیان برخی از ژن های مسیر پیام رسان mTOR در سلول های بنیادی بافت چربی با روش Real-Time PCR مقایسه ای بررسی شد. نسبت بیان ژن ها در گروه های miR-302/367 و Mock (4 تکرار) با استفاده از نرم افزار REST 2009 و آزمون Pair Wise Fixed Reallocation Randomization Test بین دو گروه مقایسه شد. همچنین، بیان برخی از پروتئین های مسیر mTOR با روش وسترن بلات ارزیابی شد.

یافته ها

بیش بیان کلاستر miR-302/367 سبب کاهش معنا دار در بیان ژن های AKT، MTOR، RAPTOR و RICTOR شد، به طوری که بیان این ژن ها در گروه miR-302/367 نسبت به گروه Mock به ترتیب به 0/44، 0/51، 0/56 و 0/6 کاهش یافت (P<0.05). بیان ژن ها در گروه Mock یک در نظر گرفته شد. همچنین، طبق بررسی وسترن بلات بیان پروتئین های AKT فسفریله و MTOR فسفریله در سلول های بنیادی بافت چربی ترنسفکت شده با کلاستر miR-302/367 کمتر از گروه Mock بود.

نتیجه گیری

به نظر می رسد که بیش بیان خوشه miR-302/367 می تواند فعالیت مسیر پیام رسان mTOR را در سلول های بنیادی بافت چربی مهار کند و با این مکانیسم بازبرنامه ریزی سلول ها را تحت تاثیر قرار دهد.

کلید واژگان: کلاستر Mir-302, 367, ترنسفکشن, مسیر Mtor, سلول های بنیادی بافت چربی, ژن AKT, ژن MTOR, ژن RAPTOR, ژن RICTOR, AKT فسفریله, MTOR فسفریله}

چکیده مشاهده متن مقاله پژوهشی/اصیل زبان: فارسی

Investigating the Effect of miR-302/367 Cluster Overexpression on the Expression of mTOR Signaling Pathway Genes in Human Adipose Tissue- Derived Stem Cells

Maryam Khani, Arash Javeri, Arezoo Bazargani, Gilda Karimi, Masoumeh Fakhr Taha*

Journal of Research In Medical Sciences, Volume:48 Issue: 1, 2024, PP 28 -37

Background and Aim

The miR-302/367 cluster plays a critical role in reprogramming of somatic cells into pluripotent stem cells and in maintaining pluripotency. Until now, several studies have been conducted on the mechanism of miR-302/367 cluster in reprogramming, while little research has been done specifically on the effect of this cluster on mTOR signaling pathway. The mTOR pathway not only controls various cellular processes, such as proliferation, differentiation and autophagy, but also plays a significant role in the reprogramming process. Therefore, the present study was designed to identify the effect of miR-302/367 cluster on the mTOR pathway in adipose tissue-derived stem cells (ADSCs).

Methods

In this experimental study, the third to fifth- passaged ADSCs were transfected with TDH101PA- GP vector expressing mir-302/367 cluster and the mock vector using a Neon Transfection Kit and Neon Transfection System. One week after transfection, the expression of some mTOR signaling molecules in the ADSCs was assessed by comparative Real- Time PCR. Relative gene expression between the miR-302/367 and mock groups (4 replicates) was calculated by REST 2009 software based on Pair Wise Reallocation Randomization Test. Also, the expression of some mTOR pathway proteins was assessed by western blot analysis.

Results

The overexpression of miR-302/367 cluster significantly reduced the expression of AKT, MTOR, RAPTOR, and RICTOR genes; the expression of these genes in the miR-302/367 transfection group compared to the mock group decreased to 0.44, 0.51, 0.56 and 0.6, respectively (P< 0.05). The expression of genes in the mock group was assumed as one. Also, as revealed by western blot analysis, the expression of phosphorylated AKT and phosphorylated MTOR proteins decreased in the ADSCs transfected with miR- 302/367 cluster compared to the mock group.

Conclusion

Overexpression of the miR-302/367 cluster appears to inhibit the activity of the mTOR signaling pathway in ADSCs and affect the cell reprogramming through this mechanism.

Keywords: Mir-302, 367 Cluster, Transfection, Mtor Pathway, ADSC, AKT Gene, MTOR Gene, RICTOR Gene, RAPTOR Gene, Phosphorylated AKT, Phosphorylated MTOR}

Abstract View Paper Research/Original Article Original: Persian
بررسی ارتباط پلی مورفیسم Rs1859962 با خطر سرطان پروستات در مردان ایرانی

زهرا ماسوری، سید عبدالحمید انگجی، گیلدا کریمی*، بهناز بیک زاده، راحله رودی

مجله دانشگاه علوم پزشکی ایلام، سال سی و یکم شماره 5 (پیاپی 142، آذر 1402)، صص 85 -93

مقدمه

سرطان پروستات (PC) یکی از سرطان های رایج در میان مردان است. مطالعه همبستگی سراسرژنوم (GWAS) بیانگر این است، بعضی از چندشکلی های تک نوکلیوتیدی (Single Nucleotide Polymorphisms) از عوامل احتمالی سرطان پروستات هستند. هدف از این تحقیق بررسی ارتباط احتمالی پلی مورفیسم Rs1859962 با خطر سرطان پروستات در مردان ایرانی بود.

مواد و روش ها

این مطالعه موردی-شاهدی روی 72 مرد با سرطان پروستات، به عنوان مورد و 100 مرد بدون سرطان پروستات تاییدشده، به عنوان شاهد، در سال 1400 انجام شد. همه افراد شرکت کننده در مطالعه حاضر از بیمارستان هاشمی نژاد تهران انتخاب گردیدند. تشخیص هریک از دو گروه به واسطه مقدار آنتی ژن اختصاصی پروستات (PSA)، تست دیجیتال رکتوم، بیوپسی پروستات و تایید پزشک متخصص صورت گرفت. به منظور SNP genotyping در هر نمونه، روش Tetra-ARMs PCR به کاربرده شد و برای بررسی های آماری از نرم افزار SPSS vol.25 استفاده گردید.

یافته های پژوهش:

با توجه به نتایج به دست آمده، پلی مورفیسم Rs1859962 در مدل ژنتیکی مغلوب (GG) با خطر سرطان پروستات ارتباط معناداری را نشان می دهد (P=0.022، CI=1.135-10.344 95%، OR:3.426). با توجه به نتایج به دست آمده از بررسی مدل غالب و افزایشی (به ترتیب P=0.580، CI=0.439-1.586 95%، OR:0.834 و P=0.057، CI=0.8-937.813 95%، OR:2.873)، پلی مورفیسم Rs1859962 در این مدل های ژنتیکی با خطر سرطان پروستات ارتباط معناداری را نشان نمی دهد. پلی مورفیسم Rs1859962 با مشخصات بالینی افراد شرکت کننده شامل GS≥8 (P=0.21، 95% CI=1.3-11.928، OR:2.088)، درگیری خارج پروستاتی (EPE) (P= 0.002) و PSA>10 (P=0.016، CI=1.3-144.978 95%، OR:2.133) ارتباط معنادار نشان داد.

بحث و نتیجه گیری

نتایج ما نشان می دهد که پلی مورفیسم Rs1859962 به صورت هموزیگوت (GG) با خطر سرطان پروستات ارتباط دارد و ممکن است به عنوان یک بیومارکر بالقوه در غربالگری بیماران مبتلا به سرطان پروستات در نظر گرفته شود.

کلید واژگان: سرطان پروستات, Rs1859962, آنتی ژن اختصاصی پروستات}

چکیده مشاهده متن مقاله پژوهشی/اصیل زبان: فارسی

Association of polymorphism rs1859962 with prostate cancer in Iranian men

Zahra Masori, Seyed Abdolhamid Angaji, Gilda Karimi*, Behnaz Beikzadeh, Raheleh Roudi

Ilam University of Medical Science, Volume:31 Issue: 5, 2023, PP 85 -93

Introduction

One of the most common malignancies in men is prostate cancer. According to genome-wide association studies (GWAS), some single nucleotide polymorphisms (SNPs) are likely factors for prostate cancer.

Objective

The aim of this study was to investigate the association between the rs1859962 polymorphism and prostate cancer risk.

Material & Methods

This case-control study was conducted on 172 peripheral blood samples, including 72 cases of prostate cancer and 100 control subjects with BPH. The Tetra - ARMs PCR technique was used for SNP genotyping.

Results

The results showed that the GG genotype of the rs185996 polymorphism had a significant association with prostate cancer risk in the recessive model (P=0.022; OR=3.426; 95% CI=1.135-10.344). According to the results of the dominant and additive models, there is no risk of prostate cancer in these genetic models. The polymorphism Rs1859962 was correlated with GS≥8 (P=0.021; OR=2.088; 95%CI=1.11-3.928), EPE (P=0.002) and PSA>10 (P=0.016; OR=2.133; 95%CI=1.44-3.978).

Discussion & Conclusion

Our results suggest that the rs1859962 polymorphism is associated with prostate cancer risk in a recessive model and can be considered as a potential biomarker for screening prostate cancer patients.

Keywords: rs1859962, Single Nucleotide Polymorphism, Prostate Cancer}

Abstract View Paper Research/Original Article Original: Persian
بررسی اثر مهاری مشتقات جدید ایمیدازولی بر آنزیم سیکلواکسیژناز II با رویکرد محاسباتی

زینب ملایی، لیلا کرمی*، الهام رضایی، گیلدا کریمی

نشریه یافته های نوین در علوم زیستی، سال دهم شماره 3 (پیاپی 37، پاییز 1402)، صص 169 -183

امروزه مشخص شده که ایزوفرم دوم آنزیم COX موسوم به COX-2 با تولید واسطه های التهابی نقش مهمی در التهاب و در بیماری هایی همچون آرتریت روماتویید و آرتروز دارد. با این هدف طراحی داروهای مهارکننده COX-2 برای درمان التهاب یکی از مهم ترین اهداف محققان است. در این مطالعه با رویکرد in silico، اثر مهاری 3 مشتق جدید ایمیدازولی بر آنزیم COX-2 ارزیابی شد. داکینگ مولکولی با استفاده از Autodock Vina انجام شده و بهترین حالت اتصالی مهارکننده ها با آنزیم به عنوان ورودی شبیه سازی دینامیک مولکولی (MD) مورد استفاده قرار گرفت. MD با استفاده از نرم افزار Gromacs، به مدت 120 نانوثانیه انجام شد. سپس آنالیزهای ساختاری و ترمودینامیکی (تغییرات انرژی آزاد اتصال) و پیشگویی خواص فیزیکوشیمیایی انجام شدند. بر اساس داده های RMSD، ترکیبات در طی شبیه سازی به تعادل خوبی رسیدند و ثبات مطلوبی داشتند. همینطور نمودارهای RMSF نشان دادند که در اثر اتصال مهارکننده ها نوسانات کمپلکس ها کاهش پیدا کرد و رزیدوهای جایگاه فعال کمترین میزان نوسانات را داشتند. آنالیزهای Rg، SASA و DSSP نشان دادند که ساختار پروتیین تغییر چشمگیری نداشته است. همچنین مشخص شد که رزیدوهای Ser 530 وTyr 355 در تشکیل پیوند هیدروژنی نقش موثرتری دارند. بررسی پارامترهای فیزیکوشیمیایی بیانگر رفتار دارویی مناسب مهارکننده ها است. انجام آنالیزهای ساختاری و ترمودینامیکی (با روش MM-PBSA) و نیز مقایسه با داده های آزمایشگاهی IC50 حاکی از تاثیر مهاری مطلوب ترکیب 5b نسبت به سایر ترکیبات بر آنزیم COX-2 است.

کلید واژگان: التهاب, انرژی آزاد اتصال, داکینگ مولکولی, شبیه سازی دینامیک مولکولی, مهارکننده های COX-2}

چکیده مشاهده متن مقاله پژوهشی/اصیل زبان: فارسی

Investigating the inhibitory effect of new imidazole derivatives on cyclooxygenase II enzyme with computational approach

Zeinab Mollaie, Leila Karami*, Elham Rezaee, Gilda Karimi

Nova Biologica Reperta, Volume:10 Issue: 3, 2023, PP 169 -183

It has been found that the second isoform of COX enzyme known as COX-2 plays an important role in inflammation and rheumatoid arthritis and osteoarthritis. Thus, designing COX-2 inhibitors to treat inflammation is among the most important goals of researchers. In this study, the inhibitory effect of 3 new imidazole derivatives on COX-2 was evaluated by in silico approach. Molecular docking was done using Autodock Vina and the best binding mode of inhibitors was used as input of molecular dynamics (MD) simulation. MD was performed using Gromacs software for 120 ns. Then, structural and thermodynamic analyzes (ΔGbinding) and prediction of physicochemical properties were performed. RMSD data showed the compounds reached a good equilibrium and had favorable stability during simulation. Also, the RMSF showed that due to binding of inhibitors, the fluctuations of complexes decreased and the active site residues had the lowest amount. Rg, SASA and DSSP analysis showed that the protein structure did not change significantly. It was also found that Ser530 and Tyr355 residues play a more effective role in hydrogen bond formation. Physicochemical parameters determined the good drug-likeness properties for all compounds. Structural and thermodynamic analyzes (MM-PBSA) and IC50 data indicate the favorable inhibitory effect of compound 5b.

Keywords: binding free energy, COX-2 inhibitors, inflammation, molecular docking, molecular dynamics simulation}

Abstract View Paper Research/Original Article Original: Persian

بدانید!

در این صفحه نام مورد نظر در اسامی نویسندگان مقالات جستجو می‌شود. ممکن است نتایج شامل مطالب نویسندگان هم نام و حتی در رشته‌های مختلف باشد.
همه مقالات ترجمه فارسی یا انگلیسی ندارند پس ممکن است مقالاتی باشند که نام نویسنده مورد نظر شما به صورت معادل فارسی یا انگلیسی آن درج شده باشد. در صفحه جستجوی پیشرفته می‌توانید همزمان نام فارسی و انگلیسی نویسنده را درج نمایید.
در صورتی که می‌خواهید جستجو را با شرایط متفاوت تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مطالب نشریات مراجعه کنید.

به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

فهرست مطالب گیلدا کریمی