mohsen falahati-anbaran
-
Genetic Diversity and Phylogenetic Study of Leishmania Species in Iran by Multilocus Sequence TypingBackground
Leishmaniasis is an important public health parasitic infection, which is endemic in many parts of the world, including Iran. We aimed to investigate genetic diversity and phylogenetic relationship among different Leishmania isolates using multilocus sequence typing (MLST).
MethodsTotally, 41 isolates collected either from patients referred to Leishmaniasis Diagnostics and Treatment Center at Tehran University of Medical Sciences, Tehran, Iran or from animals during 2019-2021, were subjected to the study. They included L. major and L. tropica from human, L. infantum from canine, and L. turanica from rodents from different endemic foci of Iran analyzed using MLST including gp63, g6pdh, lack, nagt, and hsp70 genes.
ResultsA total of 5010 bps was analyzed from each isolate. The three targets, nagt, lack, and g6pdh, generated better topology comparing to the other genes. In the 44 isolates, 22 haplotypes (STs) were identified. Leishmania tropica contained the highest number of haplotypes (n=12) comparing to L. major (n=8), L. infantum (n=1) and L. turanica (n=1). All five genomic loci caused separation of Iranian Leishmania species at the species level, indicating conservation of these genes in the Leishmania parasite.
ConclusionThe highest number of haplotypes belonged to L. tropica, indicating that the genetic diversity of this species is higher than that of L. major. It was further confirmed that the MLST is a suitable method to examine genetic variation of Leishmania parasites with respect to evolutionary and epidemiological studies.
Keywords: Leishmania Spp., Phylogeny, Multilocus Sequencetyping, Iran -
زیرسرده ی Cerasus متعلق به سرده ی Prunus و تیره گل سرخیان (Rosaceae) است و شامل 100 آرایه در جهان می باشد که از این میان 19 آرایه آن در ایران پراکنش دارد. صفات ریز ریخت شناسی دانه گرده آرایه های ایرانی زیرسرده Cerasus متعلق به سه بخش Microcerasus، Cerasus و Mahaleb با استفاده از میکروسکوپ نوری و میکروسکوپ الکترونی نگاره برای اولین بار مطالعه شد. تحلیل داده ها با استفاده از نرم افزار InfoStat انجام شد. نتایج نشان دادند که دانه های گرده Cerasus، موناد، متقارن شعاعی، جورقطب، سه شیاری یا سه شیار منفذی و دارای اندازه متوسط هستند. شکل دانه گرده در نمای استوایی چهارگوش تا استوانه ای و در نمای قطبی سه گوش تا مدور است. تزیینات اگزین مخطط، دارای منفذ یا بدون منفذ بودند که از این جهت می توان آنها را به دو گروه اصلی و شش زیرگروه تقسیم کرد. تزیینات rugulate فقط در گونه P. pseudoprostrata مشاهده شد. روش خوشه بندی سلسله مراتبی Ward و تجزیه به مولفه های اصلی (PCA) در اغلب صفات از تعیین حدود بخش ها حمایت نکرد. با این حال، تنوع زیادی در صفات دانه گرده درون زیرسرده آلبالو، به ویژه در آلبالوهای کوتاه قد (بخش Microcerasus) مشاهده شد. این تفاوت ها به ویژه در برخی آرایه ها با روابط خیلی نزدیک همچون P. microcarpa و خویشاوندانش قابل توجه بود. در نهایت، یک کلید تشخیصی برای گونه ها تهیه شد.
Prunus subgenus Cerasus belongs to the Rosaceae family with about 100 species in the world, of which 19 taxa are distributed in Iran. Pollen micromorphological traits of the Iranian taxa belonging to three sections, (Microcerasus, Cerasus, and Mahaleb) were examined using light and scanning electron microscopes. The hierarchical clustering method and principal component analysis of the pollen traits were performed using InfoStat. The results showed that in the subgenus Cerasus pollen grains are monad, radially symmetrical, isopolar, tricolpate to tricolporate, and medium-sized. Pollen shape is rectangular to cylindrical in the equatorial view and triangular to circular in the polar view. The exine ornamentation is striate with or without perforations. The studied pollen can be divided into two types and six subtypes. The rugulate exine ornamentation was only found in P. pseudoprostrata. Ward’s hierarchical clustering method and principal component analysis results did not support the existing sectional delimitation of taxa. However, a high variation in pollen grain characteristics could be observed in taxa within the subgenus Cerasus, especially in dwarf cherries (sect. Microcerasus). These differences are remarkable among closely related species, such as P. microcarpa and its allies. Finally, an identification key to the species is provided.
Keywords: Rosaceae, Cerasus, pollen, statistical analyses, exine ornamentation, Iran -
تیره کرفسیان (Apiaceae) یکی از تیره های بزرگ گیاهی با پراکنش گسترده بوده که در ایران حدود 114 سرده شامل 363 گونه گزارش شده است. سرده Heracleum با دارا بودن بیش از 100 گونه در جهان، دارای هشت گونه در ایران است که سه گونه آن اختصاصی می باشد. بر اساس تشریح آرایه شناسی در فلور ایرانیکا گونه های گزارش شده گلپر در ایران در بخشه های Pubescentia و Wendia شباهت های ریخت شناسی زیادی داشته بطوریکه برخی از صفات، تنوع جغرافیایی وسیعی را نشان داده و شناسایی دقیق گونه ها مشکل می باشد. به همین منظور، از نشانگرهای مولکولی شامل توالی هسته ای ITS و توالی کلروپلاستی rpl32-trnL برای ارزیابی روابط ژنتیکی جمعیت های مختلف از گونه های ایران و هم چنین گونه های دیگر این سرده استفاده شد. درخت تبارزایشی به روش استنباط بیزی ترسیم شد. نتایج نشان داد که توپولوژی درخت تبارزایی حاصل از دو توالی نسبتا مشابه بود با این تفاوت که تعداد جایگاه های اطلاع رسان در نشانگر ITS به مراتب بیشتر از rpl32-trnL بود و ترکیب دو توالی توانست گونه های مربوط به بخشه های مختلف را از هم جدا کند ولی نتوانست به صورت کامل گونه های داخل بخشه ها را از یکدیگر جدا کند. نتایج حاصل از این تحقیق نشان می دهد که اطلاعات مولکولی، طبقه بندی مورفولوژی گونه های موجود در فلور ایرانیکا را تایید می کند. علاوه بر این جمعیت های گونه های مختلف داخل هر بخشه به غیر از گونه H. gorganicum از یکدیگر قابل تمایز نیستند. به منظور تایید هر یک از گونه های معرفی شده انحصاری ایران از جمله H. anisactis و H. rechingeri تهیه کلید جدید آرایه شناسی ضروری به نظر می رسد.کلید واژگان: هم تافت گونه ای, روابط تبارزایشی, Heracleum, توالی هسته ای ITS, توالی کلروپلاستی rpl32-trnLApiaceae is one of the largest plant families with a wide distribution including 114 genera and 363 species in Iran. Heracleum consists more than 100 species in the world, eight of them being reported in Iran including three endemic species. Based on taxonomic descriptions in Flora Iranica, the species reported in Pubescentia and Wendia sections have several morphological similarities and some display extensive geographical variation. We used the nuclear ITS and the chloroplast rpl32-trnL nucleotide sequences were used to evaluate the genetic relationships of different populations of Heracleum species. The Bayesian analysis showed that the phylogenetic tree constructed based on both nuclear and cpDNA were relatively similar, but a higher number of variable sites were observed in ITS compared to rpl32-trnL. The tree constructed by combined sequences could separate the species associated with the different sections, but could not separate the species in the sections. The results of this study indicate that the molecular data is in agreement with the morphological data reported in Flora Iranica at section level. However various populations of the different species in each section, except H. gorganicum, could not be distinguished from the others. The result suggests that more work is required for the taxonomic classification for the endemic Iranian species, including H. anisactis and H. rechingeri, as a separate species.Keywords: Species complex, Phylogenetic relationship, Heracleum, ITS, rpl32-trnL
-
چکیده آنتی اکسیدان هابا آزادسازی الکترون های منفرد و اتم های هیدروژن با تنش اکسیداتیو ناشی از رادیکال های آزاد مقابله می کنند. مطالعات مختلف نشان داده اند که ترکیبات فنلی و فلاونوئیدهای موجود در گیاهان می توانند خاصیت آنتی اکسیدانی داشته باشند. در این آزمایش، عملکرد آنتی اکسیدانی، محتوی فنل کل و فلاونوئید کل در مراحل مختلف رسیدگی میوه شامل نارس، نیمه رسیده و رسیدگی کامل در دو گونه وحشی تمشک Rubus caesius و R. persicus درخردادماه سال 1392 در آزمایشگاه تحقیقاتی پارک علم و فناوری استان آذربایجان شرقی به صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی در سه تکرار مقایسه شدندارزیابی شدند. میزان فعالیت آنتی اکسیدانی اندازه گیری شده با روش های درصد پاک سازی رادیکال آزاد DPPH و توانایی احیای یون آهن فریک (FRAP) در مرحله رسیدگی کامل به طور معنی داری نسبت به مراحل نارس و نیمه رسیده در هر دو گونه وحشی تمشک بیشتر بود. فعالیت آنتی اکسیدانی اندازه گیری شده در مراحل مختلف رسیدگی میوه به استثنای رسیدگی کامل در گونه R. caesius بیشتر از R. persicusبود. به طور مشابه محتوی فنل کل در مراحل مختلف رسیدگی میوه تفاوت معنی داری نشان داد به طوری که مرحله رسیدگی کامل، محتوی فنل کل بالاتری نسبت به سایر مراحل نشان داد. محتوی فلاونوئید کل در مرحله رسیدگی میوه در گونه R. persicusبیشتر از مرحله نارس و نیمه رسیده بود ولی این ترکیب در گونه R. caesius در مراحل رسیدگی کامل و نیمه رسیده تفاوت معنی داری نشان نداد. نتایج این تحقیق نشان می دهد که مرحله رسیدگی کامل میوه محتوی فنلی و فلاونوئیدی بالاتری نسبت به مراحل نارس و نیمه رسیده دارد که با الگوی تفاوت فعالیت آنتی اکسیدانی در بین مراحل رسیدگی مختلف مطابقت دارد. به طور مشابه گونه R. caesius با محتوی فنل کل و فلاونوئید کل بیشتر نسبت به گونه R. persicus، فعالیت آنتی اکسیدانی بیشتری نیز نشان می دهد.کلید واژگان: حالت رسیده, رادیکال آزاد, DPPH, FRAP, Rubus persicusPlant Production, Volume:42 Issue: 3, 2019, PP 295 -306Abstract Background and Objectives Antioxidants can harness the oxidative stress caused by free radicals by releasing single electrons and hydrogen ions. Myriad plants including vegetables and fruits express enzymatic and non-enzymatic antioxidant properties which are used by humans to maintain health.. In this study we aim to compare the level of antioxidants and the amount of total phenolic and flavonoid compounds at three different stages of fruit ripening including immature, semi-ripen and fully matured fruits in two species of raspberry after a period of storage at freezer. Materials and Methods Fruits of Rubus persicus and R. caesius were collected at different maturity stages including immature, semi-ripen and fully matured stages from natural habitats. The extracts of fruits were stored at -20 °C for 6 months. The antioxidant activities of extracts were determined using DPPH free radical purification and ferric iron regeneration ability (FRAP) methods in June, 2013 in Research Laboratory of Science and Technology Park of East Azerbaijan province. The content of phenolic and flavonoid compounds was also quantified according to Folin–Ciocalteu’s phenol and aluminum chloride methods, respectively. The antioxidant activity and total phenolic and flavonoid contents were compared between species at three maturity stages in a completely randomized factorial design with three replicates. Results Both methods applied to examine the antioxidant activity revealed a high mean value in extracts from fully matured fruits compared with immature and semi-ripen fruits. The magnitude of antioxidant activity was significantly higher in R. caesius than R. persicus except that the amount measured by DPPH free radical purification level was similar between species at only fully matured stage. A significant difference was observed in both total phenolic and flavonoid contents between immature, semi-ripen and fully matured stages in both species (P < 0.05) except that the total flavonoid content was similar between semi-ripen and fully matured fruits in R. caesius. Discussion Results showed that the highest antioxidant capacity was found in the fully matured stage of fruits in both species and thus the fully matured fruits might be capable of counteracting and even neutralizing free radicals. The results also showed that different species had different level of antioxidant activity. The level of total phenolic and flavonoid content at fully matured fruits was also higher than immature fruits in both species. Our results suggest that the antioxidant potential of raspberry can have several medicinal applications and play an important role by reducing the oxidative stress.Keywords: DPPH, FRAP, Free Radical, Matured stage, Rubus caesius, Rubus persicus
-
شناسایی نشانگرهای آگاهی بخش مرتبط با صفات مورفولوژیکی می تواند در گزینش گیاهان دارای صفات برتر طی مراحل به نژادی و هم چنین تهیه نقشه های ژنتیک حایز اهمیت باشد. در این مطالعه برای شناسایی نشانگرهای دی ان ای آگاهی بخش از تجزیه ارتباطی استفاده شد. تجزیه ارتباطی روشی است که می تواند برای مطالعه روابط بین تنوع فنوتیپی و چندشکلی های ژنتیک و در نتیجه در ترسیم نقشه ها مورد استفاده قرار گیرد. در این تجزیه به وسیله رگرسیون گام به گام، ارتباط بین 15 صفت مورفولوژیکی و نشانگرهای حاصل از 10 آغازگر ISSR در 27 توده محلی خربزه-طالبی ایران بررسی شد. در این پژوهش 10 آغازگر ISSR، 88 نشانگر چندشکل تولید نمودند. میانگین تعداد نشانگرهای ISSR تولیدشده برای هر آغازگر 2/17 بود و میزان چندشکلی 2/51 درصد به دست آمد. میانگین تعداد نشانگر محدوده محتوای اطلاعات چندشکل (PIC) از 15/0 در (AC)8G تا 36/0 در (AG)8T و (CA)8A متغیر بود. کم ترین مقدار شاخص نشانگر (MI) 54/0 (((AC)8YG و بیش ترین میزان آن 76/6 (AG)8T)) مشاهده گردید. کمترین و بیش ترین تعداد نشانگر به ترتیب به صفات قطر جفت (7 نشانگر) و قطر بذر (27 نشانگر) مرتبط شدند. بیش ترین ضریب تبیین کل (R2) (7/99 درصد) به وزن 100 دانه اختصاص داشت. نتایج نشان داد استفاده از نشانگرهای دارای پیوستگی بالا با صفات مورفولوژیکی می تواند در شناسایی نشانگرهای آگاهی بخش با این صفات مهم، مفید باشد. هم چنین نتایج بیانگر این موضوع است که ارتباط میان آغازگرها با صفات مورفولوژیکی به میزان شاخص نشانگر و محتوای چندشکلی بستگی ندارد.کلید واژگان: تجزیه ارتباطی, ضریب همبستگی پیرسون, محتوای اطلاعات چندشکل (PIC)Identification of informative markers associated with morphological traitscan be important in breeding programs specifically in selection of elite plants and constructing genetic maps. In this study, association analysis was used to detect informative markers. This technique is applied to study the relation between phonotypic and genetic diversity which allows subsequent constructing genetic maps. Stepwise regression analysis was used to determine the association between 15 morphological traits and 10 ISSR markers in 27 Iranian melon (Cucumis melo sp.) accessions. The 10 ISSR primers generated 88 polymorphic markers. The average number of ISSR markers generated was 17.2 per primer and the level of polymorphism was 51.2%. Polymorphism information content (PIC) was ranged from 0.15 for (AC)8G to 0.36 for (AG)8T and (CA)8A. Marker index was ranged from 0.54 (for (AC)8YG) to 6.67 (for (AG)8T). Minimum and maximum number of markers was found for placenta diameter (7 markers) and seed diameter (27 markers) respectively. Maximum total adjusted coefficient of determination (R2) (99.7 %) was estimated for 100-grain weight.Results indicated that the use of markers having high linkage with morphological traits can also be utilized to identify informative markers associated with these traits. This result showed that relation between primers and morphological traits is independence of marker index and polymorphism information content.Keywords: Association analysis, Pearson's correlation coefficient, Polymorphism information content (PIC)
- در این صفحه نام مورد نظر در اسامی نویسندگان مقالات جستجو میشود. ممکن است نتایج شامل مطالب نویسندگان هم نام و حتی در رشتههای مختلف باشد.
- همه مقالات ترجمه فارسی یا انگلیسی ندارند پس ممکن است مقالاتی باشند که نام نویسنده مورد نظر شما به صورت معادل فارسی یا انگلیسی آن درج شده باشد. در صفحه جستجوی پیشرفته میتوانید همزمان نام فارسی و انگلیسی نویسنده را درج نمایید.
- در صورتی که میخواهید جستجو را با شرایط متفاوت تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مطالب نشریات مراجعه کنید.