به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

تنها با پرداخت 70 هزارتومان حق اشتراک سالانه به متن مقالات دسترسی داشته باشید و 100 مقاله را بدون هزینه دیگری دریافت کنید.

برای پرداخت حق اشتراک اگر عضو هستید وارد شوید در غیر این صورت حساب کاربری جدید ایجاد کنید

عضویت

جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه "خوشه بندی" در نشریات گروه "زیست شناسی"

تکرار جستجوی کلیدواژه «خوشه بندی» در نشریات گروه «علوم پایه»
  • نرجس رضازاده مقدم، اصغر زمانی*

    خانواده شاه پسند (Verbenaceae)، در حال حاضر متشکل از دو جنس Verbena و  Phylaدر مناطق مختلف ایران، بخصوص استان های شمالی است. محدوده این خانواده در منابع قدیمی در مقایسه با مطالعات کنونی، دچار تغییرات قابل توجهی شده است. به عنوان مثال، دو جنس Vitex و Clerodendrum نیز در منابع قبلی در این خانواده تقسیم بندی شده اند. بر همین اساس، در این پژوهش، با بررسی صفات ریخت شناسی و تشریحی برگ در 20 نمونه از جنس های Verbena، Phyla، Vitex و Clerodendrum به ارزیابی ارتباط بین این جنس ها پرداخته شده است. بدین منظور 67 صفت کیفی و کمی ریخت شناسی و تشریحی مورد بررسی قرار گرفتند. جهت تحلیل داده ها از نرم افزار R نسخه 4.3.1 استفاده شد. به منظور تحلیل هم زمان داده های کمی و کیفی از روش آنالیز عاملی داده های ترکیبی (FAMD) استفاده شد. نتایج حاصل از این مطالعه حاکی از اهمیت بالای برخی صفات کمی مانند طول آوند چوب رگبرگ اصلی، عرض بذر، طول خامه و قطر پهنک و برخی صفات کیفی شامل شکل سلول های اپیدرمی پهنک، موقعیت روزنه، نحوه قرارگیری دو بازوی پهنک نسبت به هم، نوع کرک پوش، شکل سلول های اپیدرمی رگبرگ اصلی، رنگ گلبرگ، تعداد دستجات آوندی در پهنک، میزان تراکم کرک پوش، شکل حاشیه برگ و تعداد انشعابات ساقه در خوشه بندی جنس ها بود. به طورکلی، تحلیل داده ها بیانگر جدایی کامل این چهار جنس بود. بر اساس این مطالعه و در انطباق با نتایج داده های تبارزایی، جدایی دو جنس Clerodendrum و Vitex از خانواده شاه پسند تایید شد و تنها دو جنس Verbena و Phyla به عنوان جنس های بومی این خانواده در ایران شناخته می شوند.

    کلید واژگان: تشریح, خوشه بندی, روش FAMD, ریخت شناسی, نرم افزار R
    Narjes Rezazadeh Moghadam, Asghar Zamani*

    The family Verbenaceae, currently consists of Verbena and Phyla genera in different parts of Iran, especially northern provinces. The frame of this family has undergone significant changes in comparison with the previous references. For example, Vitex and Clerodendrum have been defined as the genera of this family in previous references. Accordingly, in this study, the relationship among these four genera has been evaluated using morphological and leaf anatomical characters of 20 samples. For this purpose, 67 qualitative and quantitative morphological and anatomical traits were used. The analysis of data was performed using R software ver. 4.3.1. For simultaneous analysis of quantitative and qualitative data, Factor Analysis of Mixed Data (FAMD) method was applied. The results of this study indicate the high value of some quantitative traits such as main vein xylem length, seed width, style length and blade width and some qualitative traits such as blade epidermal cells shape, stomata position, two arms of blade position in relation to each other, indumentum type, main vein epidermal cells shape, petal color, blade vascular bundles number, density of indumentum, leaf margin shape and stem branches length in the clustering of the genera. Totally, Analysis of data led to the separation of these genera. In accordance with the phylogenetic studies, Vitex and Clerodendrum show more affinity to each other and are separated from the currently native members of Verbenaceae in Iran, i.e. Verbena and Phyla.

    Keywords: Anatomy, Clustering, FAMD, Morphology, R Software
  • زینب میرشکاری، مجید صادقی نیا*، مریم اسدی

    طبقه بندی جوامع گیاهی، یک چارچوب سازمان دهی شده را برای طراحی مطالعات آینده از ویژگی های کارکردی جوامع یا سیستم ها و روابط بین گونه و محیط در مناطق مورد مطالعه ارایه داده و از آنجا که رویش گونه های گیاهی در یک منطقه تحت تاثیر عوامل محیطی آن منطقه می باشد بنابراین شناخت و طبقه بندی پراکنش پوشش گیاهی و خصوصیات اقلیمی، خاکی و ژیومورفومتری ضروری است. در این پژوهش، نمونه برداری از پوشش گیاهی به روش تصادفی- سیستماتیک با استقرار پلات ها در امتداد چهار ترانسکت انجام شد. در هر پلات اطلاعات مربوط به پوشش (نام گونه های گیاهی و درصد پوشش) ثبت و در ابتدا و انتهای هر ترانسکت پروفیل خاک حفر گردید. سپس داده های اقلیمی و ژیومورفومتری استخراج شد. به منظور خوشه بندی مناطق بر مبنای فاکتورهای اقلیمی، ژیومورفومتری و خاکی از روش سلسله مراتبی و برای محاسبه فاصله بین خوشه ها از روش وارد استفاده گردید. نتایج حاصل از خوشه بندی مناطق بر مبنای عوامل محیطی نشان داد که این نتایج با واقعیت موجود مطابقت داشته است و مناطق دارای درصد پوشش صفر درمنه دشتی در یک خوشه و مناطقی که از درصد پوشش درمنه دشتی متوسط تا بالایی برخوردار بودند در خوشه های دیگری قرار گرفته اند. به طور کلی می توان نتیجه گرفت که بین عوامل محیطی مورد بررسی و الگوی پراکنش گیاهان رابطه وجود دارد.

    کلید واژگان: درصد پوشش, درمنه دشتی, خوشه بندی, تجزیه و تحلیل سلسله مراتبی
    Zinab Mirshekari, Majid Sadeghinia *, Maryam Asadi

    Plant community’s classification provides an organization framework for design of future studies of the Functional features of communities or systems and the relationship between species and the environment of the studied region and since the plant species growing in an area are affected by environmental and biological factors on these regions, Therefore, identification and classification of vegetation distribution and climatic, soil and geomorphometry properties are necessary. In this research, vegetation Sampling was done by random-systematic method to place plots along four transects. In each plot, vegetation Cover information (name of plant species and percentage cover) was recorded, and at the beginning and end of each transect was digging the soil profile. Then, climatic and geomorphometry data were extracted. In order clustering regions based on climatic, soil, geomorphometry factors, was used hierarchical method and to calculate distance between clusters was used Ward's method. The results of regional clustering based on environmental factors showed that these results correspond with reality and areas with a zero percentage coverage of Artemisia sieberi in a cluster and areas with a moderate to high level of A. sieberi were found in other clusters. Generally, it can be concluded that there is a relationship between the environmental factors and the distribution pattern of the plants.

    Keywords: Percentage of cover, Artemisia sieberi, Clustering, analytical hierarchy process
  • سمیه اسمعیلی رینه*، پیمان کرمی

    دوجورپایان جنس Niphargus در انواع آب های زیرزمینی زندگی می کنند و بخش مهمی از تنوع زیستی زیرزمینی را تشکیل می دهند. در دهه های اخیر استفاده از الگوریتم های مختلف مدل سازی توسعه یافته است اما بالطبع تکنیک های آماری برای مطالعه پراکنش موجودات زیرزمینی کمتر می باشد. در این مطالعه به منظور بررسی اثر عوامل محیطی بر پراکنش جنس، از نقاط حضور تاکسون بر اساس مطالعات قبلی استفاده شد. سپس از متغیرهای اقلیمی، توپوگرافی و داده های دما و رطوبت در عمق های 0 تا 10 سانتی متر و 10 تا 40 سانتی متر استفاده شد. با استفاده از تحلیل هیستوگرام چگالی و آمار توصیفی، توزیع مقادیر متغیرهای زیستگاهی به ازای نقاط حضور بررسی شدند. شباهت بین مناطق زیستگاهی از روش خوشه بندی مشاهدات به روش K-mean بدست آمد. مدلسازی پراکنش تاکسون نیز با استفاده از روش آنتروپی بیشینه انجام شد. نتایج نشان داد که در میان تمام متغیرهای مورد استفاده، متغیر Bio14 دارای توزیع نرمال نیست (05/0 P-value>). نتایج خوشه بندی نشان داد خوشه های 1و2 که نقاط حضور جنس در محدوده نوار خزری و امتداد رشته کوه زاگرس را شامل می شوند در گروه های مجزا قرار می گیرند. البته شباهت هایی نیز بین این خوشه ها وجود دارد که مشتمل بر جمعیت های کرمانشاه، ایلام و کهگیلویه و بویراحمد می باشد. در مقیاس مورد مطالعه، دو متغیر بارش سالانه و دمای خاک در عمق 10 تا 40 سانتی متری، بیشترین تاثیر را در پراکنش جنس Niphargus دارند. همچنین به دلیل دوری از سطح زمین و به تناوب آن متغیرهای محیطی مربوطه شرایط یکسانی در اکثر نقاط حضور جنس وجود دارد.

    کلید واژگان: زیستگاه های زیرزمینی, خوشه بندی, مدل سازی زیستگاه, جنس Niphargus, ایران
    Somayeh Esmaeili-Rineh *, Peyman Karami

    The amphipods of genus Niphargus Schiödte, 1847 inhabit in subterranean waters and constitute a substantial part of the groundwater biodiversity. In the last decades, there have been many developments for using of modelling algorithms, although not exclusive to the specific case of subterranean habitats. In this study, ecological variables were used to investigate the effect of environmental factors on Niphargus genus distribution. The occurrence points of the genus in north, west and northwest provinces were obtained from previous studies. Then, climatic variables, topography (slope, elevation, and moisture) were used, as well as temperature and moisture data at depths of 0 to 10 cm and 10 to 40 cm. In order to evaluate the similarity between habitat areas, k-mean clustering were used. Then, species distribution modeling was performed using Maximum Entropy Method at the country scale. The results showed that among all the variables used, only Bio14 had no normal distribution (P-value>0/05). Clustering results also showed that, the occurrence points of genus members is placed in two clusters, cluster 1 in the north of Iran and cluster 2 along of Zagros mountain range. There is similarities between two clusters. Two variables include the annual rainfall and soil temperature at depths of 10 to 40 cm have the most effect on the distribution of genus Niphargus. The results also showed that due to distance from the ground surface and the environmental variables, the same conditions exist in most occurrence points of this taxon.

    Keywords: Subterranean habitats, Clustering, Habitat Modelling, Niphargus genus, Iran
  • جائوا فلیپه دبریتس سنرا*، ماریا آملیا گاوا فرائو، رودولفو فریرادمیدونکا، آیمبیر فرانسیسکو آلمیدا دا فونسکا، روماریو گاوا فرائو، پائولو سرجیو وولپی، آبرائو کارلوس وردین فیلهو، مارکونه کومری، ماتیوس واندرمورم داسیلوا

    هدف مطالعه حاضر، آنالیز گوناگونی ژنتیکی 323 نمونه جمعیتی بانک ژن فعال canephora Coffea مربوط به موسسه تحقیقات اسپیریتو سانتو  اینکاپر  با استفاده از 38 صفت فنوتیپیکی کمی می باشد. متوسط فاصله اقلیدوسی بین نمونه های جمعیت ی در م اتریس آم اری بدس ت آمد و بدنبال آن گروه بندی جمعیتی با استفاده از تکنیک های UPCMA و Tocher انجام ش د. ب ا اس تفاده از ویژگ ی ه ای نمون ه ه ای جمعیتی مختلف، بازه تغییرات داده ها به تفکیک هر صفت مورد استفاده به تصویر کشیده شد. دقت جمع آوری داده ه ا ب ا کم ک ش اخص گوناگونی با مقادیر پایین تر از 10 درصد برای بیشتر صفات مورد مطالعه مورد تایید قرار گرفت بجز صفاتی همچون تعداد طوقه ه ای برگ ی در شاخه های جانبی، تعداد دانه ها در کوچکترین شاخه های راست و تعداد دانه ها در هر طوقه روی شاخه های جانبی باالیی. ب ا اس تفاده از روش تاچر، 25 گروه تشخیص داده شد که از میان آنها 10 گروه تنها از یک نمونه جمعیتی تش کیل ش ده بودن د.گروه بن دی سلس له مراتب ی فقدان هرگونه جمعیت های مشابه را مشخص نمود و همچنین نمونه جمعیتی 173 بعنوان مجزاترین جمعیت ژنتیکی در نظر گرفته ش د. آن الیز سهم نسبی هر یک از صفات باعک تمایز مواد تازه و مواد خشک حاصل از شاخه های راست را که توسط گیاهان مستعد ه رس انداخت ه م ی شوند، شده است که اساسی برای تمایز نمونه های جمعیتی بوده و برای مطالعات آینده تنوع ژنتیکی بسیار حایز اهمیت هستند به طوریکه 83% گوناگونی فنوتیپیکی را دربرمی گیرند. هیچگونه نمونه های تکراری در مطالعه حاضر یافت نشد و گروه های متجانس به راحتی متم ایز ش ده که می تواند برای در برنامه های دورگه گیری و ایجاد نژاد های کشاورزی مورد بهره برداری قرار گیرد. شبیه ترین و متفاوت ترین جفت ها، .اند بوده 0/4765 آماری فاصله با 270 و (ES 1-B (173 و 0/0713 آماری فاصله با (IAC37 (320 و (86/148) 45 ترتیب به

    کلید واژگان: قهوه کانیلون, تنوع, آنالیز های چند متغیره, خوشه بندی
    Joao Felipe De Brites Senra *, Maria Amélia Gava Ferrao, Rodolfo Ferreira De Mendonça, Aymbiré Francisco Almeida Da Fonseca, Romário Gava Ferrao, Paulo Sérgio Volpi, Abraão Carlos Verdin Filho, Marcone Comério, Matheus Wandermurem Da Silva

    This study aimed to analyze the genetic variability of 323 accessions of the Active Germplasm Bank (BAG) of Coffea canephora of the Institute for Research, Technical Assistance and Rural Extension of Espírito Santo (Incaper) using 38 quantitative phenotypic characters. The standardized average Euclidean distance between the accessions was estimated to generate a statistical distance matrix and, from this, the groupings were performed using the Tocher and UPGMA. Concerning the studied accessions, the amplitude of the data set for each characteristic, and the possibility of selection were visualized. The accuracy of data collection was verified by the Variation Index with values below 10% for most of the characters, except for characters such as number of rosettes in the upper plagiotropic branch, number of grains in the smallest orthotropic branch, and number of grains per rosette on the upper plagiotropic branch. Using the Tocher method, 25 groups were recognized, 10 of which were formed by only one accession. The hierarchical grouping highlighted the lack of duplicates and accessions 173 (ES 1-B) as the most genetically distant. The analysis of the relative contribution of each character distinguished fresh matter and dry matter of orthotropic branches thrown by plants susceptible to pruning as fundamental for the differentiation of accessions and important in future studies of diversity as they are responsible for about 83% of the phenotypic variability of the study. There were no duplicates among the evaluated accessions and there are heterotic groups and distinct accessions in the BAG that can be used in hybridization programs or per se to obtain new cultivars. The pairs of the most similar and dissimilar accessions were 45 (148/86) and 320 (IAC37) with a statistical distance of 0.0713 and 173 (ES 1-B) and 270 (403-Marilândia) with a distance of 0.4765, respectively.

    Keywords: Conilon Coffee, Diversity, Multivariate Analysis, Cluster
  • سمانه مهدی یانی، علی ستاریان*، میثم حبیبی

    چکیده در پژوهش حاضر، مطالعه های ریخت شناسی آرایه های فروگونه ای دو گونه Rhamnus cathartica و Rhamnus pallasii، در شمال و شمال شرق ایران انجام شدند. به منظور درک درست روابط بین گونه ای و تعیین ارزش تاکسونومیکی صفت ها با ثبت اطلاعات ریخت شناسی، 58 صفت شامل 26 صفت کمی و 32 صفت کیفی اندازه گیری شدند؛ سپس با استفاده از روش تاکسونومی عددی از تحلیل های مولفه های اصلی و خوشه بندی بهره گیری شد و روابط بین آرایه های فروگونه ای مشخص شدند. مهم ترین صفت های کیفی برای جدایی گونه ها و آرایه های فروگونه ای در مطالعه حاضر، شکل برگ و رنگ میوه است. براساس نتایج، تنوع درون گونه ای Rh. pallasii به سه زیرگونه تایید شد. و در گونه Rh. cathartica، صفت های مشاهده شده در تفکیک دو واریته موثر نبودند. تنها جمعیت Rh.× spathulifolia از تپه های ماسه ای سواحل شمالی ایران جمع آوری شد و با توجه به تفاوت آن با دو گونه دیگر ازنظر صفت های مشاهده شده در ریخت شناسی مانند رنگ شاخه جوان، شکل پهنک برگ، بدون کرک بودن سطح بالایی و زیری برگ، رنگ میوه نارس، Rh. × spathulifolia نمی توان آن را هیبرید در نظر گرفت، بلکه باید آن را گونه ای کامل و مستقل تعریف کرد.

    کلید واژگان: تاکسونومی عددی, تجزیه به مولفه های اصلی, خوشه بندی, صفت های کیفی و کمی
    Samaneh Samaneh Mahdi Yani, Ali Sattarian *, Meisam Habibi

    The current morphometric research was conducted collecting Rhamnus cathartica and Rhamnus pallasii from the natural habitats in North and West of Iran. In order to clarify the relationships in studied species and understand taxonomicall values, 58 morphological characters were employed (26 quantititative and 32 qualitative characters) using numerical taxonomy, Principal Component Analysis (CPA), and cluster analysis. In this study, leaf shape, color fruit have been found to significantly contribute to the determination of the studied species (Rhamnus pallasii & Rhamnus cathartica). The results confirmed more diversity in Rh. pallasii and three sub-species. But, in Rh. Cathartica, diversity features in the two varieties were not effective. Rh. × spathulifolia were collected from sandy hill of North of Iran which was determined by morphometric features e.g., leaflet, abaxial, adaxial leaflet trichrome, and fruit color. Overall, Rh. × spathulifolia can not be considered.

    Keywords: Numerical Taxonomy, Principal Component Analysis, Clustering, Qualitative, Quantitative Features
  • فاطمه زارع میرک آباد*، زهرا قربانعلی

    به مجموعه ای از ماکرومولکول ها که در سلول با یکدیگر دارای تعامل هستند و عمل زیستی خاصی را انجام می دهند، شبکه زیستی گفته می شود. ناهنجاری تنها در یک مولکول اتفاق نمی افتد بلکه شبکه زیستی مربوط به آن را نیز درگیر می کند. برای شناسایی صحیح و جامع عوامل درگیر در یک بیماری باید از مقایسه بین شبکه های زیستی استفاده نمود. در این راستا، مسایل هم ترازی محلی و سراسری شبکه های برهم کنش پروتئین- پروتئین تعریف شد. با توجه به NP- کامل بودن مساله هم ترازی سراسری، الگوریتم های غیرقطعی مختلفی برای حل این مساله ارایه شده است. الگوریتم NetAl در این سال های اخیر به عنوان یک روش کارآمد برای حل این مساله شناخته شده است. گرچه این الگوریتم توانایی هم ترازی دو شبکه را با سرعت مناسبی دارد ولی ویژگی های زیستی را برای این منظور در نظر نمی گیرد. در این کار قصد داریم یک چارچوب جدید برای مساله هم ترازی سراسری شبکه های پروتئین- پروتئین به نام PRAF ارایه دهیم که با استفاده از این الگوریتم، نرم افزار BINGO و مفهوم هستی شناسی ژن، موجب بهبود نتایج الگوریتم NetAl شود.

    کلید واژگان: بیوانفورماتیک, شبکه بر هم کنش پروتئین- پروتئین, هم ترازی, هستی شناسی ژن, خوشه بندی
    F. Zare Mirak, Abad*, Z. Ghorbanali

    A biological network represents the interaction between a set of macromolecules to drive a particular biological process. In a biological environment, abnormalities happen not only in one molecule but also through a biological network. One of the most effective methods to detect anomaly is the comparison between healthy and diseased networks. In this regard, biological network alignment is one of the most efficient ways to find the difference between healthy and diseased cells. This problem, protein-protein interaction network alignment, has been raised in two main types: Local network alignment and Global network alignment. According to the NP-completeness of this problem, different non-deterministic approaches have been proposed to tackle the Global network alignment problem. Recently, NetAl has been introduced as a common algorithm to align two networks. Although this algorithm can align two networks at the appropriate time, it does not consider biological features. In this study, we present a new framework called PRAF to improve the results of network alignment algorithms such as NetAl by considering some biological features like gene ontology (GO).

    Keywords: Bioinformatics, Protein-protein interaction networks, Alignment, Gene ontology, Clustering
  • فاطمه مستاجران، حامد یوسف زاده *، مسلم اکبری نیا
    لرگ گیاهی است درختی، با قدمت کهن در شمال ایران، که به تازگی جمعیت های کوچکی از آن در غرب ایران، در استان های لرستان و ایلام نیز گزارش شد. این تحقیق به منظور بررسی میزان تنوع جمعیتی و تمایز جمعیت های غرب از جمعیت های هیرکانی و میزان آسیب پذیری آن ها براساس نشانگر ISSR انجام پذیرفت. بدین منظور از حدود 10-8 پایه درختی از هر یک از رویشگاه های غرب (استان های ایلام و لرستان) به همراه چهار رویشگاه در شمال ایران (رضوانشهر، پارک جنگلی نور، سوادکوه و کردکوی) انتخاب، DNA از برگ استخراج و تنوع ژنتیکی مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج حاصل از آنالیز واریانس مولکولی، نشان داد که تنوع مربوط به درون جمعیت ها 88 درصد و بین جمعیت ها 12 درصد است. میانگین شاخص شانون برای جمعیت های مورد مطالعه 157/0 و میانگین هتروزیگوسیتی درون جمعیتی از 064/0 تا 119/0 متغیر است. دندروگرام حاصل از الگوریتم نزدیکترین همسایه، جمعیت ها را به دو گروه اصلی طبقه بندی کرد که جمعیت های غربی (لرستان و ایلام) در گروه اصلی اول به همراه جمعیت سوادکوه از شمال ایران قرار گرفتند. آنالیز PCoA نشان داد که جمعیت لرستان با یک فاصله نسبتا زیاد از سایر جمعیت ها متمایز است.
    کلید واژگان: تمایز ژنتیکی, تنوع جمعیتی, خوشه بندی, نشانگرهای ژنتیکی
    Pterocarya fraxinifolia is an ancient tree in north of Iran that have been recently reported two small stand of this species in west of Iran, Lorestan and Ilam province. In this study, population diversity and genetic differentiation of west populations and their vulnerability were assessed using ISSR markers. Eight to ten trees were selected from two west population as well as four populations of north of Iran, DNA extracted from leaf and genetic diversity was evaluated. AMOVA result indicated that the value of intra and inter population diversity is 88% and 12%, respectively. Shannon index is 0.157 and mean of heterozygosity is variable 0.064 to 0.119. Based on neighbor joining algorithm, the under study populations were split to two main groups that the west populations (Ilam and Lorestan) as well as Savadkouh were comprised the main group 1. Also, PCoA analysis showed clearly differentiation of Lorestan population from other under study populations.
    Keywords: genetic differentiation, population diversity, Clustering, Genetic markers
  • زهرا نورمحمدی*، بهار قاسم زاده، فرح فراهانی
    گیاهAloe barbadensis Mill. گیاهی چندساله، تک لپه، گوشت دار از تیره Aloaceae است. در این مطالعه، تنوع سوماکلونال گیاهان باززایی شده A. barbadensis بعد از چهار واکشت و انتقال به گلدان تحت بررسی قرار گرفت. ژنوم 40 گیاه باززایی شده استخراج و تنوع ژنتیکی با استفاده از 20 نشانگر SPAR شامل پرایمرهایRAPD وISSR بررسی شد. همچنین، میزان ژل حاصل از گیاهان باززاده آلوئه ورا محاسبه گردید. میانگین درصد پلی مورفیسم، اندیس شانون، تنوع ژنتیکی Nei’s و تعداد الل های موثر براساس داده های RAPD، بالاتر از پارامترهای ژنتیکی به دست آمده از داده های ISSR بود. خوشه بندی NJ و ساختار ژنتیکی براساس نمودار STRUCTURE بر پایه نشانگرهای تحت مطالعه توانستند افراد را به خوشه های جداگانه تقسیم کنند. تحلیل AMOVA نیز نشان دهنده تمایز ژنتیکی بین گروه ها در سطح معنی داری (P=0.01) بوده است و تاییدکننده تفرق گروه های حاصل از تجزیه خوشه ایداده های مولکولی است. میزان تولید ژل در گروه های ایجاد شده براساس تحلیل تجزیه خوشه ایبا استفاده از آزمون تحلیل واریانس (ANOVA) بررسی شد که تفاوت معناداری (P=0.746) بین مقدار ژل در چهارگروه مشاهده نشد. نتایج این مطالعه توانست تغییرات سوموکلونال در سطح ژنوم با استفاده از نشانگرهای مولکولی را در میان گیاهان باززایی شده آلوئه نشان دهد، درحالی که میزان ژل تولیدی در میان این گیاهان تغییر معناداری نشان داد.
    کلید واژگان: خوشه بندی, ژل آلوئه ساختار ژنتیکی, SPAR, AMOVA
    Zahra Noormohammadi *, Bahar Ghasemzadeh, Farah Farahani
    Aloe barbadensis is perennial, monocotyledonous, fleshy plant belongs to Aloaceae family. In this study, somoclonal variations of regenerated A. barbadensis plants were investigated. The plantlets of forth subculture transferred to the soil for further study. The genomic DNAs of 40 regenerated plantlets were extracted and genetic variations were studied using SPAR markers including RAPD and ISSR primers. The amounts of Aloe gel also were extracted from regenerated A. vera plants. Average percentage of polymorphism, Shannon index, Nei's genetic diversity and number of effective alleles based on RAPD data were higher than genetic parameters obtained from ISSR data. NJ cluster and STRUCTURE plot based on molecular markers grouped regenerated plants to distinct clusters. AMOVA analysis also showed a significant (P = 0.01) genetic distinction between studied groups. This result also confirmed differentiation of regenerated plants. The amount of Aloe gel in the four groups (based on clustering method) was compared by using analysis of variance (ANOVA). The results showed no significant (P = 0.746) differences between the amount of gel in four group. In total, our findings showed somaclonal variations on genomic level while no significant differences were observed in amount of gel among regenerated Aloe plantlets.
    Keywords: aloe gel, AMOVA, clustering, genetic structure, SPAR
  • بشرا وفایی، وحید چگینی، عباس سقایی، مجتبی عظام
    امروزه با گسترش پایگاه های ثبت داده های دریایی و حجم بالای داده های ذخیره شده، نیاز به ابزاری است تا بتوان داده های ذخیره شده را پردازش کرد. وقتی که حجم داده ها بالا باشد، نمی توان الگوهای مفید را در میان حجم انبوه داده ها تشخیص داد. بنابراین نیاز به روش های داده کاوی (Neural Network & Data Mining) است که اصطلاحا به کشف دانشبپردازند و با کمترین دخالت کاربر و به صورت خودکار الگوهای مفید در داده ها و رابطه های منطقی را پیدا نمایند. یکی از رایج ترین روش های داده کاوی در فیزیک دریا، خوشه بندی (Clustering) است. جهت خوشه بندی خلیج چابهار بر اساس چگالی از الگوریتم دو مرحله ای (Two-step) استفاده شد. همچنین برای بررسی تاثیرات دما و شوری در توزیع مکانی و زمانی چگالی آب خلیج و یافتن موثرترین پارامتر بر چگالی آب خلیج از میان پارامترهای موثر (عمق، دما و شوری)، یازده شبکه عصبی در نرم افزار کلمنتاین (Clementine) تشکیل شد. نتایج به طور واضحی نشان دهنده ی یک مورد استثنا در آبان ماه است که با رسم منحنی های همتراز چگالی، شوری و دما توسط نرم افزار سرفر (Surfer) نتایج به دست آمده از داده کاوی تایید شد.
    کلید واژگان: چابهار, چگالی, داده کاوی, خوشه بندی, شبکه عصبی, کلمنتاین, سرفر
    Boshra Vafaie, Vahid Chegini, Abbas Saghaie, Mojtaba Ezam
    Nowadays، with the huge amount of data generated daily on oceanography parameters and development of marine data recording systems، new methods are required in order to process the available data in timely fashion. It is obvious that analysis of large data sets with the aim of distinguishing and interpreting patterns is not usually an easy task. When dealing with high volume processes، data mining is a practical method commonly considered by analysts to discover useful patterns among data sets effectively. Clustering is one of the popular data mining methods which are widely used in physical oceanography. In this research، a two-step algorithm is considered for clustering the stations in Chabahar Bay. A neural network is also used to investigate the influences of temperature and salinity on tempo-spatial distribution of Sigma-T. For this purpose، 11 networks are created in Clementine software (one for each month) and the results indicate an exception in November. The plotted contours in Surfer software confirm the data mining results.
    Keywords: Chabahar, Sigma T, Data mining, Clustering, Neural network, Clementine, Surfer
  • رامین رستگاری، مصطفی رضایی طاویرانی*، نسیم حیاتی رودباری، حکیمه زالی
    به دلیل ایجاد حجم عظیمی از داده های پروتئومیکی و نیاز به روش های جدید تحلیل نتایج آزمایشگاهی، تحلیل جمعی پروتئین ها میتواند علاوه بر صرف زمان کمتر، محققین را در شناسایی الگوهای جدید در مجموعه داده ها یاری کند. تحلیل خوشه ای یک روش آماری مطلوب و همچنین ابزاری است که میتواند در تحلیل اینگونه داده ها مورد استفاده قرار گیرد. در این مطالعه با استفاده از تکنیک های پروتئومیکی و آنالیزهای بیوانفورماتیکی، پروتئوم سلول های بنیادی طی فرآیند تمایز به آستروسیت مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته است. ژلهای دو گروه نمونه (سلول های بنیادی و آستروسیت) با استفاده از نرم افزارهای Progensis same spots و Flicker از نظر افزایش و کاهش بیان پروتئینی و شناسایی پروتئین ها بررسی گردید و سپس با استفاده از برنامه های آنالیز پروتئوم DAVID و PANTHER خوشه بندی جهت ایجاد یک رابطه منطقی بین داده های حاصل در این فرآیند انجام گردید. در طی این تمایز 11 پروتئین شناسایی شد که تعدادی از آنها در مطالعات پیشین ارتباط معنی داری با فرآیند تمایز برقرار کرده بودند و تعدادی پروتئین جدید نیز بدست آمد که این پروتئینها میتوانند بیومارکرهای ناشناخته ای برای فرآیند تمایز سلولهای بنیادی به آستروسیت باشند. همچنین، نتایج نشان داد که اکثر پروتئین- های درگیر در این فرآیند در فضای خارج سلولی و قسمتهای بین سلولی وجود داشتند و از نظر عملکرد ملکولی، در دسته پروتئین های اسکلت سلولی و اتصالات سلولی قرار می گیرند. بنابراین، خوشه بندی میتواند روش مطمئنی جهت جداسازی پروتئین ها در گروه های مجزایی بر اساس میزان بیان با عملکرد بیولوژیکی باشد که بدین طریق به محقق کمک میکند تا بتواند بیومارکرها را در بین گروه عظیمی از پروتئین ها با منطق درستتری انتخاب نماید.
    کلید واژگان: پروتئومیکس, بیومارکر, آستروسیت, خوشه بندی
    Ramin Rastegari, Mostafa Rezaei Tavirani *, Nasim Hayati Rodbari, Hakimeh Zali
نمایش نتایج بیشتر...
نکته
  • نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شده‌اند.
  • کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شده‌است. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
  • در صورتی که می‌خواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.
درخواست پشتیبانی - گزارش اشکال