جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه "enterobacter" در نشریات گروه "زیست شناسی"
تکرار جستجوی کلیدواژه «enterobacter» در نشریات گروه «علوم پایه»-
مقدمه
درمان باکتری های انتروباکتریاسه مقاوم به کارباپنم (CRE: carbapenem resistant enterobacteriacea) دشوار است زیرا دارای سطح مقاومت آنتی بیوتیک بالایی اند که می تواندبا واسطه آنزیم های کارباپنماز مختلف از جمله آنزیم کلبسیلا پنومونیه کارباپنماز (KPC: Klebsiella pneumoniae carbapenemase) باشند. هدف از این مطالعه تعیین الگوی مقاومت، الگوی ژنتیکی و تشخیص ژن KPC در سویه های مقاوم به کارباپنم در جدایه های انتروباکتریاسه بود.
مواد و روش هادر این تحقیق، الگوی مقاومت به آنتی بیوتیک و الگوی ژنتیکی جدایه های انتروباکتریاسه مقاوم به کارباپنم و فراوانی آنزیم KPC مورد بررسی قرار گرفت. در طول 16 ماه مطالعه (از آذرماه 1395 تا فروردین 1397)، سویه های اشریشیاکلی، انتروباکتر و سیتروباکتر از نمونه های بالینی مختلف جداسازی و شناسایی شدند و آزمون حساسیت آنتی بیوتیکی در آنها تعیین شد. علاوه بر آن، شیوع آنزیم KPC با استفاده از روش PCR و دو روش فنوتیپی شامل آزمون اصلاح شده هاج (MHT) و آزمون ترکیب با اسید بوریک تعیین شد. برای تعیین شباهت ژنتیکی گونه های مقاوم کارباپنم، از روش ERIC-PCR استفاده گردید.
نتایجنتایج نشان داد که در 520، 146 و 58 سویه اشریشیاکلی، انتروباکتر و سیتروباکتر به ترتیب، آنتی بیوتیک های موثر شامل کارباپنمها، پیپرازیلین /تازوباکتام، آمیکاسین، سفپیم، فسفومایسین، نیتروفورانتویین و جنتامایسین بودند. علاوه بر این، 12 (3/2 درصد) سویه های اشریشیاکلی، 4 سویه (7/2 درصد) سویه های انتروباکتر و 4 (9/6 درصد) سویه های سیتروباکتر مقاوم به کارباپنم ها بودند. آنزیمKPC با روش فنوتیپی MHT در 18 سویه و با روش فنوتیپی بوریک اسید در 6 سویه مثبت بود اما نتایج PCR برای ژن آن منفی بود. نتایج ERIC-PCR نشان داد در گونه های مقاوم به کارباپنم سیتروباکتر، انتروباکتر و اشریشیاکلی به ترتیب 3، 4 و 9 گروه با مشابهت ژنتیکی دیده شدند.
بحث و نتیجه گیریاین مطالعه نشان دهنده شیوع بالای مقاومت آنتی بیوتیک و اختصاصیت پایین روش های فنوتیپی استاندارد مورد استفاده برای تشخیص KPC و عدم وجود این آنزیم در سویه های وسیع مورد تحقیق در شهر اصفهان بود.
کلید واژگان: اشریشیاکلی, انتروباکتر, سیتروباکتر, کارباپنم, آنزیم کارباپنماز کلبسیلا پنومونیه (KPC)IntroductionCarbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) bacteria are difficult to treat because of their high antibiotic resistance levels that can be mediated by carbapenemase enzymes such as Klebsiella Pneumoniae Carbapenemase (KPC). The purposes of this study were to determine the genetic and resistance patterns and to detect of KPC enzyme in carbapenem-resistant strains of Enterobacteriaceae isolates.
Materials and methodsIn this study, antibiotic resistant pattern and genotyping of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae isolates and frequency of KPC enzyme were investigated. During 16 months of conducting the study (December 2016 until April 2018), strains of Escherichia coli, Enterobacter spp. and Citrobacter spp. were isolated and identified from different clinical specimens and antibiotic susceptibility test was determined. In addition, the prevalence of the KPC enzyme was determined by PCR and two phenotypic methods including Modified Hodge Test (MHT) and the combination test by boronic acid. Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR) method was used for the determination of the clonal relationship of carbapenems resistant strains.
ResultsThe results showed that among 520, 146 and 58 isolated of Escherichia coli, Enterobacter spp. and Citrobacter spp. effective antibiotics were carbapenems, piperacillin/tazobactam, amikacin, cefepime, fosfomycin, nitrofurantoin, and gentamicin, respectively. In addition, 12 strains (2.3%) of E. coli, 4 strains (2.7%) of Enterobacter and 4 strains (6.9%) of Citrobacter were resistant to carbapenems. The KPC investigation results showed the detection of this enzyme in 18 and 6 isolates using MHT and boronic acid methods respectively, but no producer strain was observed using PCR. The result of ERIC-PCR showed in carbapenem-resistant strains of Citrobacter, Enterobacter and Escherichia coli, 3, 4 and 9 distinct main clusters (patterns) were observed respectively. Discussion and
conclusionThis study demonstrates the high antibiotic resistant prevalence and low specificity of standard phenotypic methods that were used for KPC detection in Isfahan City.
Keywords: Escherichia coli, Enterobacter, Citrobacter, carbapenem, Klebsiella Pneumoniae Carbapenemase (KPC) -
فسفر، یکی از ضروری ترین عناصر غذایی گیاهی، در خاک به سرعت به فرم غیر قابل دسترس برای گیاهان تبدیل می شود. باکتری های حل کننده فسفات نامحلول می توانند نقش مهمی در فراهم کردن این عنصر غذایی برای گیاهان ایفا کنند. به همین دلیل در این مطالعه این باکتری ها از محیط رایزوسفری گیاهان مختلف با استفاده از محیط کشت اختصاصی جامد پیکووسکی غربال شدند. سپس میزان رشد و میزان حل کنندگی فسفات نامحلول 9 سویه برتر در دما، شوری و اسیدیته مختلف اندازه گیری شدند. بهترین سویه حل کننده فسفات نامحلول با تجزیه و تحلیل توالی ژن 16S rDNA شناسایی شدند. در پایان تنوع ژنتیکی بین تمامی سویه های حل کننده فسفات نیز با نشانگر RAPD مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد از بین 57 سویه جداسازی شده، 25 سویه قابلیت حل کنندگی فسفات نامحلول را داشتند. از بین 9 سویه برتر، سویه Cke1 با این که میزان رشد متوسطی در تمامی شرایط تنشی اعمال شده داشت، بیش ترین شاخص محلول سازی را به خود اختصاص داد و به عنوان بهترین سویه حل کننده در همه شرایط مورد آزمایش شناخته شد. تجزیه و تحلیل ژنتیکی ژن 16S rDNA نیز نشان داد که این سویه متعلق به جنس Enterobacter است. نتایچ تنوع ژنتیکی نیز نشان داد که تمامی سویه ها در 6 گروه مختلف قرار می گیرند و 3 سویه که کم ترین میزان تشابه را با سایر سویه ها داشتند در 3 گروه مجزا قرار گرفتند. با توجه به این که سویه Cke1 قابلیت خوبی برای محلول سازی فسفات نامحلول در شرایط مختلف تنشی نشان داده است، می تواند پتانسیل خوبی برای فراهم کردن عنصر فسفر در دماهای 30 و 35 درجه سانتی گراد، شوری 1/2 و 1/8 درصد و اسیدیته 6 و 8 برای گیاهان زراعی داشته باشد.
کلید واژگان: رایزوباکتری, رایزوسفر گیاهان, اینتروباکتر, نشانگر مولکولی, تنش شوریNova Biologica Reperta, Volume:6 Issue: 4, 2019, PP 402 -414Phosphorus, the most essential nutrient for plants, becomes quickly unavailable for the plants in the soil. Phosphate solubilizing bacteria (PSB( can play an important role in providing Phosphorus for plants. In this study, the PSBs were screened from plant rhizosphere by Pikovskaya method. Then, the growth rate and phosphate solubilizing ability of 9 superior strains were measured at different temperatures and levels of salinity and pH. The best strain was identified by 16S rDNA gene sequence analysis. Finally, the genetic diversity of phosphate solubilizing strains were examined by RAPD markers. Results showed that 25 strains were capable of solubilizing insoluble phosphates among the 57 isolates studied. Of the nine superior strains, Cke1 had the highest solubilizing index with the average growth rate under all conditions and was introduced as the best PSB strain identified in the present study. 16S rDNA gene sequence analysis showed that this strain belonged to the Enterobacter genus. The results of genetic variation showed that all stains were divided into six groups and three strains that had the lowest similarity with other strains were placed in three separate groups. Given that Cke1 strain has the ability of solubilizing the insoluble phosphate in different stresses, it can be a good candidate for providing phosphorus at temperatures of 30 and 35 °C, 1.2% and 1.8% salinity levels and pH levels of 6 and 8 for the crops.
Keywords: rhizobacteria, plant rhizosphere, Enterobacter, molecular marker, salt stress -
کوتین پلیمری است که از تراکم و اکسیدشدن اسیدهای چرب در گیاهان به وجود آمده و نقش کلیدی در حفاظت از گیاهان در برابر عوامل بیماری زا ایفا می کند. کوتیناز یک آنزیم هیدرولازی است که کوتین را تجزیه می کند. هدف این پژوهش استخراج کوتین سیب قرمز، بررسی فعالیت باکتری های تولید کننده آنزیم کوتیناز در محیط LB و تحلیل های بیوانفورماتیکی است. بدین منظور، از پوست میوه سیب قرمز و به کمک بافر اگزالات، کوتین جداسازی شد. سپس سویه های تولیدکننده آنزیم که قبلا جداسازی شده اند، در داخل پلیت های حاوی محیط کشت کوتین تلقیح داده شدند. پس از کشت اولیه، باکتری ها را در محیط LB کشت داده و به کمک سوبسترای اختصاصی پارانیتروفنول بوتیرات فعالیت کوتینازی نمونه ها سنجیده شد. به منظور انجام تحلیل های بیوانفورماتیکی، توالی جداسازی شده شش نمونه باکتریایی تولیدکننده آنزیم کوتیناز در پایگاه های محاسباتی تحلیل شد و درخت فیلوژنتیکی هر توالی تهیه شد. سپس، توالی آنزیمی نمونه های تولیدکننده کوتیناز بررسی و با رسم درخت فیلوژنتیکی میزان شباهت این توالی ها تحلیل شد. نتایج نشان داد که کوتینازهای پروکاریوتی از یوکاریوتی جدا شده اند. در ادامه، توالی ناحیه 16S rDNA این نمونه ها به همراه توالی نمونه های جدید، ارزیابی شده و روابط فیلوژنتیکی این گونه ها تعیین شد. این تحلیل نشان داد که توالی جدید در کنار نمونه های باکتریایی قرار می گیرد؛ بنابراین، احتمالا آنزیم کوتیناز نمونه های شناسایی شده، از نظر ساختار و کارکرد با آنزیم کوتیناز این باکتری ها، ممکن است شباهت زیادی داشته باشد.کلید واژگان: آنزیم کوتیناز, اسپلیت تری فور, اینتروباکتر, درخت فیلوژنتیکی, کلبسیلاCutin is a polymer that is constructed in plants by the condensation and oxidation of fatty acids and plays a key role in the protection of plants against pathogens. Cutinase is a hydrolase enzyme that breaks down the cutin. The purpose of this study was to extract cutin from red apples with oxalate buffer, cutinase enzyme activity assay in LB culture, and bioinformatic analysis. To attain these purposes the cutinase-producing strains that had previously been isolated were inoculated in culture medium containing cutin. After initial culture, the bacteria were cultured in LB medium and cutinase activity was measured using the p-Nitrophenyl butyrate. In order to execute bioinformatic analysis, the isolated sequences of six cutinase-producing bacteria were analyzed based on computational data bases and their phylogenetic trees were prepared. Then, the similarities in the sequences of a large number of cutinase-producing samples were analyzed by drawing the phylogenetic tree. The results showed the separation of cutinase-producing prokaryotes from cutinase-producing eukaryotes. Then, the sequence of 16S rDNA of these cutinase-producing samples as well as the samples we had prepared were evaluated and their phylogenetic relationships were determined. This analysis showed that the new sequence stood alongside the bacterial samples. Thus, our cutinases may be similar with these bacterial cutinases in structure and function.Keywords: cutinase enzyme, enterobacter, Klebsiella, Phylogenetic tree, SplitsTree4
-
سیانید ترکیبی بسیار سمی و کشنده است که علی رغم این سمیت در بسیاری از صنایع استفاده می شود. فاضلاب صنایع در مقیاس وسیعی حاوی غلظتهای بالایی از سیانید می باشند؛ که به منظور تجزیه آن از روش های مختلف شیمیایی و فیزیکی استفاده می شود. در مقابل استفاده از روش تجزیه زیستی، علاوه بر کاهش هزینه ها سازگار با محیط زیست نیز هست. در این پژوهش جداسازی باکتری از پساب آلوده به سیانید معدن طلای موته و بررسی ویژگی های مورفولوژیکی، بیوشیمیایی و 16S rDNA جهت شناسایی باکتری انتروباکتر ZS موردنظر انجام شد. به منظور دستیابی به بیشترین میزان تجزیه توسط این باکتری ، شرایط کشت به گونه ای بهینه سازی شد که با دستیابی به فاکتورهای تاثیرگذار باعث تسریع روند تجزیه گردید و برای دست یافتن به بیشترین بازدهی از روش سطح پاسخ (RSM= Response Surface Methodology) استفاده شد. با بهینه سازی مقادیر فاکتور های تاثیرگذار و در نظر گرفتن برهمکنشهای بین فاکتورها، شرایط کشت بهینه شد.کلید واژگان: سیانید, تجزیه زیستی, انتروباکتر, بهینه سازی به روش RSM, آنزیم تجزیه کننده سیانیدAlthough cyanide is a poisonous and lethal compound, it is used in several industries such as gold extraction. Industrial wastewater contains highly amounts of cyanide. That in order to degrade it, different chemical and physical methods are used. These methods not only include high expenses, but also if they combine with other materials, will produce more hazardous compound as well. On the other hand, utilizing biodegradation method, in addition to decreasing expenses, is environmentally friendly. In this study, bacterium was isolated from Muteh gold mining wastewater. Determination of morphological and biochemical characteristics and 16S rDNA described that the bacterium belong to Enterobacter genus. To achieve the maximum degradation by Enterobacter ZS, culture conditions has been optimized. The variables parameters that effect on the degradation procedure with maximum efficiency was achieved. By optimizing the values of affective factors and consider the interactions between factors, culture conditions were optimized by response surface methodology (RSM).Keywords: Cyanide, Biodegradation, Enterobacter, Optimization by Response Surface Methodology, Cyanide degrading enzyme
-
مقدمهبیوفیلم ها جمعیتی از سلول های باکتری هستند که با تولید پلی مر های خارج سلولی و ایجاد ماتریکس اگزو پلی ساکاریدی موجب اتصال برگشت ناپذیر باکتری ها به سطوح می شوند. ایجاد بیوفیلم باعث مقاومت باکتری نسبت به عوامل ضد میکروبی شده و می تواند به بروز مشکلات حاد در این زمینه منجر شود.مواد و روش هابررسی حاضر با هدف ارزیابی تشکیل بیوفیلم در برخی ایزوله های سودوموناس آئروجینوزا (13 مورد)، استافیلوکوکوس اورئوس (13 مورد)، انتروباکتر (13 مورد) و اسینتوباکتر (13 مورد) جدا شده از عفونت های انسانی بیمارستان الزهرا اصفهان انجام گرفت. جدایه ها با استفاده از آزمون های بیوشیمیایی تایید شدند و در ادامه حداقل غلظت مهار کننده (MIC) کلرهگزیدین و تاثیر آن بر روی رشد پلانکتونی و تشکیل بیوفیلم توسط این جدایه ها بررسی شد. تجزیه های آماری و رسم نمودار ها با استفاده از نرم افزار های SPSS نسخه 20 و Excel انجام شد.نتایجهمه جدایه ها (52 مورد) بیوفیلم تولید کردند. میانگین حداقل غلظت مهارکننده کلرهگزیدین برای باکتری های سودوموناس آئروژینوزا، استافیلوکوکوس اورئوس، انتروباکتر و اسینتوباکتر به ترتیب 001/ 0، 00013/ 0، 001/ 0 و 00003/ 0 گرم بر میلی لیتر بود. رشد پلانکتونی باکتری سودوموناس آئروژینوزا و انتروباکتر در حضور کلرهگزیدین در 60 درصد موارد در MIC 1/4 و در 40 درصد موارد در MIC 8/1 و برای باکتری های اسینتوباکتر و استافیلوکوکوس اورئوس 40 درصد موارد در MIC 4/ 1 و 60 درصد موارد در MIC 1/8 مهار شده بود. بیوفیلم در هیچ یک از رقت های MIC و MIC2 تولید نشد، و با کاهش رقت ضدغقونی کننده قدرت تشکیل بیوفیلم به شکل معنادار ی افزایش پیدا کرد.بحث و نتیجه گیرینتایج نشان داد که استفاده از کلرهگزیدین در غلظت های مناسب (MIC) می تواند از تشکیل بیوفیلم در گونه های مختلف باکتری های عامل عفونت های بیمارستانی جلوگیری کند اما دوزهایی از کلرهگزیدین که کم تر از MIC هستند می توانند محرک تولید بیوفیلم باشند.
کلید واژگان: بیوفیلم, کلرهگزیدین, سودوموناس آئروژینوزا, استافیلوکوکوس اورئوس, انتروباکتر, اسینتوباکترIntroductionBiofilms are population of bacteria cells that cause irreversible binding to the surfaces by producing extracellular polymers. Biofilm formation in bacteria causes resistance to antimicrobial agents and can lead to severe problems in this ground.Materials And MethodsThe purpose of this study was to evaluate biofilm formation in some isolates of Pseudomonas aeruginosa (13 case), Staphylococcus aureus (13 case), Enterobacter (13 case) and Acinetobacter (13 case) which were collected from human infections of Alzahra hospital in Isfahan. Also the minimum inhibitory concentration of chlorhexidine and its impact on the growth of planktonic and biofilm formation for these isolates were determined. Statistical analysis and graphing have been carried out by using SPSS software (version 20) and Excel.ResultsAll isolates (52 isolates) have produced biofilm. The mean of MIC of chlorehexidine antiseptic for the p.aeruginosa, S.aureus, Enterobacter and Acinetobacter were 0/001, 0/00013, 0/001, 0/0003 g/ml respectively. Planktonic bacterial growth inhibition from p.aeruginosa and Enterobacter in 1/4 MIC and 1/8 MIC respectively was seen in 40 and 60 % cases. Acinetobacter and Staphylobacter aureus, have been controlled in 40 % of cases in 1/4 MIC and 60 % of cases in 1/8 MIC. Biofilm has not been produced in any of MIC and 2MIC dilution, and the power of biofilm formation had been increased significantly by reducing concentration of chlorhexidine dilution.Discussion andConclusionThe results indicate that the use of chlorhexidine in appropriate concentrations (MIC) can prevent bacterial growth and biofilm formation in different species causing hospital infections, but doses of chlorhexidine that are less than the MIC can stimulate biofilm formation.Keywords: Biofilm, Chlorhexidine, Pseudomonas aeroginosa, Staphylococcus areus, Enterobacter, Acinetobacter -
سابقه و هدف
مقاومت باکتری های خانواده انتروباکتریاسه به داروهای کارباپنم در حال افزایش می باشد. این مطالعه با هدف بررسی فراوانی مقاومت به داروهای کارباپنم در باکتری های انتروباکتر و اشریشیاکلی مقاوم به چند دارو (MDR)، تعیین الگوی استاندارد مقاومت آنتی بیوتیکی و بررسی فراوانی آنزیم کارباپنماز (KPC) در این سویه ها انجام شد.
مواد و روش هااین مطالعه به صورت مقطعی-توصیفی بر روی 300 نمونه بالینی جمع آوری شده از سه بیمارستان شهر اصفهان انجام شد. الگوی حساسیت آنتی بیوتیکی باکتری ها با روش انتشار دیسک تعیین گردید. در سویه های مقاوم به کارباپنم ها کمترین غلظت ممانعت کننده رشد (MIC) با روش E-test برای ایمی پنم و مروپنم محاسبه شد. مقاومت نسبت به 31 آنتی بیوتیک مختلف از 17 کلاس آنتی بیوتیکی بررسی گردید. فراوانی سویه های MDR، مقاوم دارویی گسترده (EDR) و مقاوم دارویی همه جانبه (PDR) تعیین گردید. همچنین در این سویه ها میزان مقاومت آنزیم KPC با روش فنوتیپی بررسی شد.
یافته هادر مجموع 191 سویه اشریشیاکلی و 43 سویه انتروباکتر جداسازی شدند که به ترتیب 151 (79 درصد) و 35 (81 درصد) مورد از آنها MDR بودند. موثرترین آنتی بیوتیک ها در هر دو باکتری شامل کارباپنم ها، تازوسین، آمیکاسین، سفپیم و نیتروفورانتویین بودند. 5 سویه اشریشیاکلی (3.3 درصد) و 3 سویه انتروباکتر (8.6 درصد) غیرحساس به کارباپنم ها بودند و نتایج MIC تاییدکننده آن بود. از این 8 سویه مقاوم، 7 سویه MDR بودند و تنها یک سویه اشریشیاکلی به عنوان XDR شناخته شد. هیچ سویه PDR مقاوم به تمامی آنتی بیوتیک ها وجود نداشت. آنزیم KPC در 4 سویه (2.6 درصد) اشریشیاکلی و 2 سویه (5.7 درصد) انتروباکتر مثبت بود.
نتیجه گیریمطالعه حاضر نشان دهنده فراوانی بسیار بالای سویه های MDR در میان بیماران بستری در بیمارستان های شهر اصفهان بود. این امر نیاز فوری به بازنگری و اصلاح الگوی مصرف آنتی بیوتیک ها در این بیمارستان ها را نشان می دهد.
کلید واژگان: اشریشیاکلی, انتروباکتر, کارباپنم ها, کلبسیلا نمونیه کارباپنماز (KPC)Background & ObjectivesThe antibiotic resistant of In Enterobacteriaceae bacteria family to carbapenem drugs is continuously increasing. The aims of this study were to determine the prevalence of carbapenems resistance in multidrug-resistant (MDR) strains of E. coli and Enterobacter and to determine their standard antibiotic resistance patterns and frequency of Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) enzyme in Isfahan.
Materials & MethodsThis cross-sectional study, was carried out on 300 clinical samples collected from three hospitals in Isfahan. Antibiotic susceptibility of bacteria was determined by disk diffusion method. In carbapenem resistant strains, the minimum inhibitory concentration (MIC) of imipenem and meropenem were calculated by E-test. The resistance rate to 31 antibiotics belonging to 17 classes were evaluated. The frequency of MDR, extended drug resistance (EDR) and pan drug resistant (PDR) strains were determined. The prevalence of the KPC enzyme in these strains was determined by phenotype method.
ResultsTotally, 191 strains of E. coli and 43 Enterobacter strains were isolated, among them 151 (79%) and 35 (81%) were MDR respectively. In both bacteria, effective antibiotics were carbapenem, piperacillin/tazobactam, amikacin, cefepime and nitrofurantoin. Five strains of E. coli (3.3%) and three strains of Enterobacter (6.8%) were resistant to carbapenems and the MIC results confirmed these results. Overall 7 strains out of these 8 strains were MDR and only one strain of E. coli was XDR. No PDR strain was detected. KPC enzymes in four E. coli strains (6.2%) and two strains (7.5%) belonged to Enterobacter strains.
ConclusionThis study demonstrated the high prevalence of MDR among hospitalized patients in Isfahan. This results shows the emergent changes in the level of antibiotic utilization in hospitals.
Keywords: Escherichia coli, Enterobacter, Carbapenem, Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC)
- نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شدهاند.
- کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شدهاست. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
- در صورتی که میخواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.