به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

تنها با پرداخت 70 هزارتومان حق اشتراک سالانه به متن مقالات دسترسی داشته باشید و 100 مقاله را بدون هزینه دیگری دریافت کنید.

برای پرداخت حق اشتراک اگر عضو هستید وارد شوید در غیر این صورت حساب کاربری جدید ایجاد کنید

عضویت

جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه « phylogeny » در نشریات گروه « محیط زیست »

تکرار جستجوی کلیدواژه « phylogeny » در نشریات گروه « علوم پایه »
  • Shahnoor Suhriani, Fakhra Soomro, Roohi Kanwal, Bhojoo Mal, Sajjad Ali Larik, Mehtab Ali Mahar, Farhan Ali Soomro, Abdul Manan Shaikh, Waheed Ali Panhwar *

    The Red Palm Weevil (Rhynchophorus ferrugineus) is a global threat to palm trees. Our study, which delves into the sexual dimorphism and morphometric variations among Red Palm Weevils in the Khairpur district of Sindh, Pakistan, has the potential to influence the development of effective and sustainable management strategies significantly. We collected 210 adult Red Palm Weevils, both males and females, from various palm tree habitats in Khairpur. We measured different body parts using calipers and compared the results between the sexes. The findings revealed clear sexual dimorphism in Red Palm Weevils of Khairpur, with females being larger. These morphometric variations provide valuable insights into the sexual dimorphism and physical characteristics of Red Palm Weevils in Khairpur, Sindh. This information can be directly applied in developing sex-specific control strategies, such as targeted trapping or biological control methods, to mitigate the impact of Red Palm Weevils on palm tree populations in the region. Our research contributes to a comprehensive understanding of the species biology and aids in developing effective and sustainable management strategies for this economically significant pest.

    Keywords: Management Strategies, Phylogeny, Distribution, Species, Pests, Coleoptera}
  • Siti Nur Aliah Mohd-Isa, Nor Amna Abu-Hassan, Nur Azimah Osman, Mohamad Khairulmunir, Aisah Md-Shukor, Ayuni Samsul-Bahri, Shukor Md-Nor, Kayal Vizi Karuppannan, Muhammad Abu Bakar Abdul-Latiff, Abd Rahman Mohd-Ridwan, Badrul Munir Md-Zain

    Long-tailed macaques have been roaming near Tenaga National Berhad Bukit Selambau Solar (TBSS) causing human–macaque conflicts. This study reveals the social organization and genetic variation of these macaques. Macaques’ groups were determined via direct observation and closed-circuit television. Genomic DNA from 29 fecal samples were extracted and proceeded with amplification of the D-loop region of mitochondrial DNA. There are four main groups of primates at TBSS. Some members of the Kuil group and the Pekan group shared haplotype 1, forming a fission-fusion society. This finding can be used for TNB in mitigation plan involving human–macaque conflict.

    Keywords: Macaca fascicularis, pest, nuisance, phylogeny, Mitochondrial DNA}
  • Ranjana Bhaskar, Ezhiljohson Agnita Sharon, Rani Ganeshbabu Chandika, Sumaithangi Rajagopalan Ganesh

    Despite the knowledge of the evolution of snakes worldwide, snake phylogeny requires a more detailed approach in South India. Molecular taxonomic approaches using DNA barcoding are a molecular tool frequently in species identification as well as studies of phylogenetics. Here, a non-invasive genetic sampling method using skin exuviates was used. This method is often overlooked for molecular studies of reptiles. We isolated DNA using a non-toxic method from skin exuviates collected from Chennai Snake Park and screened for the cytochrome oxidase subunit I (COI) region of mitochondria. Samples that were amplified successfully were barcoded. A total of seven species of snakes were identified which belonged to 5 families. We combined and compared sequences of these seven-snake species from other countries to construct a phylogenetic tree and examined the genetic distance within species and families. This depiction and analysis showed a high degree of genetic variability intra-specifically between the South Indian samples to the samples from other parts of the world. This study documents how skin exuviates of snakes and the polymerase chain reaction of the COI region can be used for DNA barcoding and estimating phylogenetic relationships among snake species. Overall, this method is very versatile, inexpensive, and non-toxic which can help in understanding the evolution and phylogeny of snakes to formulate proper strategies for the conservation of snake species.

    Keywords: Exuviates, Phylogeny, reptilian, taxonomy, Darreh-Anjir Wildlife Refuge}
  • U.G.V.S.S. Kumara, Nalini Yasoda Hirimuthugoda*, T. Madusanka, A.N. Ediriweere, M.C. Dayarathne, Adeniyi Charles Adeola, Wasiu A. Olaniyi

    Lepus nigricollis is a small mammal species mainly found in South Asia. The phylogenetic position of the Sri Lankan wild hare(Lepus nigricollis singhala)is yet to be determined. Therefore, the mitochondrial DNA D-loopof three Sri Lankan wild hare samples wasstudied. Phylogenetic analysesrevealed that Sri Lankan wild hareclusteredas a basal separate branch consistent with the phylogenetic position of other isolated populations. The limitationof the current data did not permit us to make any further conclusions; therefore, more research evidence is still required.

    Keywords: D-Loop, Lepus nigricollis singhala, phylogeny, Sri Lanka, wild hare}
  • بهجت عادلی، پرگل قوام مصطفوی*، سید محمدرضا فاطمی

    ستاره های دریایی  به عنوان یکی از رده های شاخه خارپوستان دارای 1900 گونه زنده هستند. تعداد 30 نمونه ستاره دریایی جهت انجام شناسایی مورفولوژیک، آنالیز مولکولی و فیلوژنی از جزایر شمالی خلیج فارس (قشم، هرمز، هنگام و ساحل بندرعباس) جمع آوری شد.نمونه ها ابتدا با استفاده از ویژگی های مورفولوژیک شناسایی شدند و پس از استخراج DNA با  روش CTAB و Chelex 5% و تکثیر ژن هدف 16S rRNA، شناسایی مولکولی انجام گرفت. روابط فیلوژنی رده Asteroidea با استفاده از سه روش Maximum Likelihood ،Parsimony  Maximum و Bayesian آنالیز شد. نتایج به دست آمده از شناسایی مورفولوژیک و مولکولی، 6 گونه ستاره دریایی که به 5 جنس و 2 خانواده تعلق دارند شامل: Luidia hardwicki ،Astropecten indicus ،Aquilonastra watersi، Aquilonastra iranica ،Linckia laevigata و Pentaceraster mammillatus می باشند. توالی های گونه های Luidia hardwicki و Astropecten indicus با توالی های هم گونه شان در بانک ژن در شاخه های جدا قرار می گیرند. توالی های 16S rRNA گونه های Aquilonastra watersi و Pentaceraster mammillatus برای اولین بار در بانک ژن گزارش می شوند و به ترتیب در گروه های خواهری با Aquilonastra yairi و Pentaceraster cumingi قرار می گیرند. از آن جایی که گونه Linckia laevigata (سبز-نارنجی) بر اساس آنالیزهای مولکولی شناسایی گردید، این تکنیک می تواند در کنار مشاهدات مورفولوژیک نتایج کامل تری ارایه کند. رده بندی Asteroidea ها در سطح جنس و خانواده نشان داد درخت فیلوژنی قطعه 16S rRNA بر اساس روش Bayesian با نتایج فیلوژنتیک پیشین منطبق است.

    کلید واژگان: Asteroidea, mt 16S rRNA, خلیج فارس, فیلوژنی}
    Behjat Adeli, Pargol Ghavam Mostafavi *, Seyed MohammadReza Fatemi

    Asteroidae, or starfish, have about 1900 extant species as one of the classes of phylum Echinodermata. Thirty specimens of starfishes were collected from the northern islands of the Persian Gulf for morphological identification, molecular analysis and phylogeny. The first starfish samples were distinguished morphologically then they were identified after DNA extraction by CTAB and Chelex 5% and its amplification based on 16S rRNA gene in molecular analysis. The phylogenetic relationships of asteroids were analyzed using maximum likelihood, maximum parsimony and Bayesian methods. The morphological and molecular identifications displayed 6 species of Luidia hardwicki, Astropecten indicus, Aquilonastra watersi, Aquilonastra iranica, Linckia laevigata and Pentaceraster mammillatus belonging to 5 genera and 2 families. Our results showed Luidia hardwicki and Astropecten indicus species were grouped with sequences of the same species from GenBank in separate clades. As Aquilonastra watersi and Pentaceraster mammillatus in 16S rRNA gene are reported for the first time so their sequences were placed in sister groups with Aquilonastra yairi and Pentaceraster cumingi, respectively. Since the species of Linckia laevigata species (orange-green morph) have been identified based on molecular analysis, this technique along with morphological studies can provide more complete results for Asteroids. The results of Asteroidae classifications at the genus and family levels indicated phylogenetic tree of mt 16S rRNA gene based on Bayesian method is consistent with previous phylogenetic results.

    Keywords: Asteroidae, mt 16S rRNA, Persian Gulf, Phylogeny}
  • عباس ایمانی باران*، قدیر الوندی، معصومه فیروز امندی، رقیه نوروزی، فرزاد کتیرایی
    یکی از مهم ترین و شایع ترین انگل های داخلی در خرگوش های وحشی، سستودی بنام موسگوویا (خانواده آنوپلوسفالیده) است. هدف از مطالعه حاضر شناسایی مورفولوژیکی و مولکولی گونه موسگوویا پکتیناتا در خرگوش های وحشی شمال غرب ایران و تعیین جایگاه فیلوژنی آن بود. در این مطالعه روده 45 خرگوش وحشی شکار شده بررسی شدند. مشخصات مورفولوژی سستودهای موجود در مشاهدات میکروسکوپی (نوری و الکترونی) ثبت شدند. برای آنالیز مولکولی، پس از استخراج DNA، قطعه تقریبا 347-324 جفت بازی اختصاصی گونه از ژن 18S rRNA توسط پرایمرهای طراحی شده تکثیر شد. محصولات PCR تعیین توالی شدند. برای مشخص نمودن رابطه خویشاوندی توالی مذکور با توالی های ثبت شده در بانک اطلاعات ژنی بین المللی (GenBank)، درخت فیلوژنی با حداکثر درست نمایی و با استفاده از نرم افزار MEGA X ترسیم شد. در بررسی میکروسکوپی 17% از خرگوش ها آلوده به سستود بودند. آنالیزهای میکروسکوپی جزییات مورفولوژی، تاییدی برای آلودگی خرگوش ها با گونه موسگوویا پکتیناتا بود. در آنالیز مولکولی باندهایی تقریبی 347-324 جفت بازی تشکیل شدند. تعیین توالی محصولات PCR قطعه 333 جفت بازی اختصاصی موسگوویا پکتیناتا را تایید کرد. هم ترازی قطعه تکثیر شده با دو ایزوله فنلاند (AY752650) و انگلستان (AY752648) تفاوت های داخل گونه ای قابل توجهی را نشان داد. ایزوله ایرانی شباهت بالایی با ایزوله انگلستان (تقریبا 96%) داشت. در بررسی رابطه خویشاوندی، ایزوله ایرانی با ایزوله های فنلاند و انگلستان، هم چنین با گونه ای از سستود شیزورکیس (Schizorchis sp) در یک شاخه قرار گرفتند. با توجه به محدود بودن اطلاعات مربوط به این سستود، مطالعات بیش تر، به ویژه با سایر نواحی ژنی، ضروری است.
    کلید واژگان: موسگوویا پکتیناتا, لپوس یوروپئوس, 18S rRNA, فیلوژنی, ایران}
    Abbas Imani Baran *, Ghadir Alvandi, Masoumeh Firouzamandi, Rogayyeh Norouzi, Farzad Katiraee
    One of the most important and common endoparasites in wild rabbits is a cestode known as Mosgovoyia. This study was aimed to identify Mosgovoyia pectinata in the wild rabbits (Lepus europaeus) from northwestern Iran based on microscopic and molecular methods and determine its phylogenetic position. For this purpose, the intestines of 45 hunted wild rabbits were examined and cestodes were collected. The morphological characteristics of cestodes were recorded microscopically (optical and Scanning Electron Microscope). For molecular analysis, after DNA extraction, approximately a 324-347 bp specific-species fragment of 18S rRNA gene were amplified by the designed primers. PCR products were sequenced. To determine the relationship between the obtained sequence and the sequences deposited to the GenBank, the phylogenetic tree was constructed with maximum likelihood method using MEGA X software. On microscopic examination, 17% of rabbits were infected with cestodes. Microscopic analyses were confirmed M. pectinata morphology characterizations. In molecular analysis, approximately 324-347 bp bands were visualized. The sequencing of PCR products confirmed 333 bands specific to M. pectinata. The alignment of the amplified fragment with the two isolates from Finland (AY752650.1) and United Kingdom (AY752648.1) showed significant intraspecific variations. The Iranian isolate revealed high homology with the British isolate (approximately 96%). To determine the phylogenetic relatedness, the Iranian isolate was placed in the same clade with the Finland and British isolates, as well as with a species of Schizorchis sp. Due to the limited information on this cestode, further studies are needed, especially with other gene regions.
    Keywords: Lepus europaeus, Mosgovoyia pectinata, 18S rRNA, Phylogeny, Iran}
  • سیده مرضیه موسوی*، منصور پورسینا، حسن جهانی، تورج رئیسی
    گربه وحشی(Felis lybica/Felis silvestris) یکی از گربه سانانی است با پراکنش وسیع جغرافیایی که علاوه بر عوامل تهدید انسانی به وسیله عامل تهدیدی بالقوه و متمایز از سایر گربه سانان یعنی اختلاط با گربه اهلی نیز در خطر است و همین موضوع، شناسایی گربه وحشی در طبیعت و حفاظت از آن را با چالش مواجه کرده است. در مطالعه حاضر با توجه به ضرورت شناسایی زیرگونه های موجود گربه وحشی در ایران و انجام بررسی های ریخت شناسی، 814 جفت باز از قطعه NADH5 از ژنوم میتوکندری برای 38 نمونه گربه وحشی که از سطح زیستگاه های این گونه در ایران جمع آوری شده بود توالی یابی شدند. تحلیل های تبارشناسی، گربه وحشی را در ایران به دو زیر کلاد تقسیم کرد که توالی های ایران در ترکیب با توالی های جهانی گربه وحشی، در بین زیرکلاد گربه وحشی آسیایی و زیرکلاد گربه وحشی آفریقایی/اهلی قرار گرفتند. با استفاده از تصاویر در دسترس از گربه وحشی در این مطالعه و هم چنین دستورالعمل های موجود، امکان سنجی استفاده از صفات ریخت شناسی برای تفکیک نمونه های وحشی از اهلی بررسی شد که با توجه به عدم وجود تصاویر با کیفیت و نبود جزییات لازم در تصاویر ، نتایج با عدم قطعیت همراه بود. لذا برای شناسایی گربه وحشی به وسیله صفات ریخت شناسی، وجود تصاویر گونه که ابعاد مختلفی از ویژگی های ریخت شناسی را بر اساس دستور العمل های مربوطه پوشش دهند الزامی است. ضمن این که تهیه دستورالعملی که بتواند در طبیعت با استفاده از ویژگی های خز و بدون نیاز به مطالعات مولکولی، امکان شناسایی گربه وحشی را فراهم کند، ضروری است. برای حفاظت از گربه وحشی، دانش ما از ویژگی های بوم شناسی گونه، وضعیت اختلاط، نرخ اختلاط و فاکتورهای محیطی تاثیرگذار بر روی فرایند هیبریداسیون باید افزایش یابد.
    کلید واژگان: تبارشناسی, صفات ریخت شناسی, بوم شناسی, حفاظت, گربه وحشی}
    Seyedeh Marzieh Mousavi *, Mansour Poursina, Hasan Jahani, Turaj Raeisi
    Wildcat (Felis lybica/Felis silvestris) is one of the Felid species with worldwide distribution that is threatened by specific and potential threatening factor  in addition to other human caused threats, i.e. crossbreeding with domestic cat and this issue has led to identification of  wildcat in the field  moreover conservation of the species to be encountered with some challenges. In current study considering necessity to identify subspecies of wildcat in Iran also morphological investigations, We examined sequence variation of 814 bp of mitochondrial DNA NADH5 gene from 38 possible wildcat samples collected across Iran .Phylogenetic analyses represented wildcat in Iran divides into two subcldes that in combination of worldwide sequences of wildcat, Iranian sequences placed between Asiatic wildcat and African wildcat/domestic cat. Using extant pictures of wildcat in this study together with related protocols, feasibility of using morphological features to discriminating wild samples from domestic ones was examined, however considering of poor quality of photos without related details, No definite results were obtained in this regard. To discriminating wildcat from domestic cat using morphological characteristics it is needed to have high quality pictures which cover various aspects of morphological features based on related protocols. Therefore providing a protocol that helps us to identify wild samples from domestics or hybrids in the field is necessary. To conservation of wildcat we have to increase our knowledge about ecological requirements of the species, the situation and the rate of hybridization also effective environmental items on this process.
    Keywords: Phylogeny, Morphological characteristics, ecology, Conservation, Wildcat}
  • Muammer Kurnaz, Mehmet Kürşat Şahin*

    Acanthodactylus Wiegmann, 1834 is one of the most diverse and widespread lizard genus in the Palearctic realm. Here, we describe a new species, - Acanthodactylus ilgazi sp. nov. - from the Anatolian Peninsula. This new species ranges approximately 250 km north from the closest population of this genus in Turkey. Compared to other fringe-fingered lizards, the new species is phylogenetically close to A. robustus, A. tristrami and A. orientalis but it has some distinct morphological characteristics: reddish coloration under the tail, a sharp white or grayish stripe in the middle of the dorsum, and four plates in a row on the 4th finger. Moreover, phylogenetic molecular data, based on cyt b gene fragment, verifies that the new species is phylogenetically a member of the tristrami species group with 13.03%, 17.35% and 20.56 genetic distance respectively from A. orientalis, A. tristrami and A. robustus. Lastly, the known range of this species, located in Yazıhan, Malatya in Eastern Anatolia, is restricted by a dam, thus habitat loss endangers its continuity. Therefore, the conservation status of this species should be assessed immediately

    Keywords: Anatolian Peninsula, fringe-fingered lizard, phylogeny, new species, cyt b}
  • منا مقدم*، محمدرضا رحمانی، سهیل ایگدری، سمیرا کیانی هرچگانی

    بررسی  تنوع و ساختار ژنتیکی گونه های مختلف ماهیان از اساسی ترین شاخص های لازم برای حفظ و بازسازی ذخایر آن ها است. این مطالعه بر آن است تا با استفاده ازروش های مولکولی با استفاده از توالی‏ های به دست آمده از ژن سیتوکرم اکسیداز COI به بررسی آرایه  شناسی سگ ماهی جویباری جنس Paraschistura در جنوب ایران بپردازد. به این منظور نمونه بالغ از هر گونه که شامل:7عددگونه  P. bamporensis، سه عدد گونه P. sargadensis، چهار عدد گونه P. hormozensis، و پنج عدد گونه Parascshistura sp.، از حوضه های جنوبی ایران جمع آوری گردید، DNA نمونه ها با استفاده از کیت ژنومی و پرایمر FCOI20ʹ استخراج گردیدو طیفرآیند PCR تکثیرو پس از الکتروفورز توالی یابی انجام گرفت. جهت بررسی روابط فیلوژنی توالی های ژن COI از نرم افزار MEGA6 استفاده گردید. نتایج این بررسی نشان داد که نمونه های جنس   Paraschistura در چهار کلاد قرار گرفته اند. نمونه های P. bamporensis از حوضه های مختلف با فاصله تکاملی (0/128-0/005) به همراه P. sargadensis و Parascshistura sp از حوضه سرباز در یک کلاد قرار گرفته اند. نمونه های  P. hormozensis با دارا بودن فاصله تکاملی (0/042)، در کلاد مجزایی قرار دارند. به همین ترتیب P. abdolii ،P. naumani و P. delvarii و با دارا بودن فواصل تکاملی (0/185-0/030) و نمونه Parascshistura sp. با فاصله تکاملی (0/206-0/042) در کلادهای مجزایی قرار گرفته اند. با توجه به فاصله حوضه ها از هم و بررسی خصوصیات مورفولوژی، نتایج مولکولی با نتایج مرفولوژیکی موجود مطابقت داشت. تجزیه و تحلیل درخت فیلوژنی در این مطالعه نشان می دهد ویژگی های ریخت شناسی مورفولوژیک به همراه شناسایی مولکولی برای تایید تشخیص گونه ها ضروری می باشد.

    کلید واژگان: فیلوژنی, Paraschistura, آرایه شناسی, ساختار ژنتیکی, سگ ماهی}
    Mona Moghadam *, Mohammadreza Rahmani, Soheil Eigderi, Samira Kiyany harchegany

    Study of the diversity and genetic structure of various fish species are one of the most basic indexes for preservation and restoration of their reserves. the aim of this study is to review taxonomy of a genus of hillstream loaches paraschistura, by molecular methods using gene sequences obtained by cytochrome oxidase gen in the south of Iran. For this purpose, an adult sample of any species which include: 7 specimens P.bamporensis, 3specimens P. sargadensis, 4specimens P.hormozensis, and 5specimens Parascshistura sp. was collected from south of Iran. DNA of these samples was extracted by genomic kit and FCOI20' primer, and was multiplied during PCR process and sequencing after electrophoresis. in order to study phylogenetic relations of COI gene of above mentioned fishes MEGA6 software was used .the results of the study showed that samples of paraschistura genus are placed in 4 clades. Samples of p.bampurensis from different locations with evolutionary distance (0.005-0.128) and P. sargadensis are located in one clade close to each other. samples of p.hormozensis with evolutionary distances (0.042) are located on separate clades. accordingly P. abdolii, P. naumani AND P. delvarii with evolutionary distances (0.042-0.206) and Parascshistura sp With an evolutionary distance(0.030-0.185) are located on separate clades.Considering the distance of location from each other and also study of morphological traits, molecular results were consistent with morphological traits. Phylogenetic tree analysis in this study shows that morphologic characters together with molecular identification are needed to support recognition of species.

    Keywords: Phylogeny, Paraschistura, taxonomy, Genetic structure, Loach}
  • Hadi Khoshnamvand, Mansoureh Malekian *, Yazdan Keivani, Forough Goudarzi
    The Luristan newt (Neurerguskaiseri) is an endemic and vulnerable species to the southern Zagros Mountains of Iran, inhabiting streams and ponds in open woodlands, dominated by oak tree (Quercus brantii). In the current study, 20 specimens of the Luristan newt were collected and sequenced for a 651bp fragment of the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 (CO1). Sequence divergence values varied from 0.0% to 2.8%. The phylogenetic analysis revealed the existence of two distinct clades and a clear divergence between Northern and Southern populations. The genetic variation among the two clades was significant (FST = 0.95, P < 0.001). Five haplotypes were observed among N. kaiseri sequences, of which two haplotypes were found in the Northern populations and the other three haplotypes in the Southern populations. None of the haplotypes was shared between the two clades. The distinction of Northern and Southern populations may be due to the rough topography of its habitats and the low dispersal ability of the Luristan newt.
    Keywords: Amphibian, COI, habitat features, phylogeny}
  • Ehsan Kashani, Hamidreza Rezaei *, Nematolah Khorasani, Morteza Naderi
    The Brandt`s hedgehog Paraechinus hypomelas (Brandt 1836), is a relatively widespread species which range from Arabian Peninsula and Iran, through southern areas of Central Asia to western South Asia.The phylogenetic position of the species tat is little known in Iran, although it has been studied in different parts of its distributional range. To this aim, during 2017-2018, the species was sampled in a non-invasive method (n= 34) from the southeast of Iran. Genetic variation and polymorphic sites were determined from cytb (1120bp). Totally 22 haplotypes and haplotype diversity ranging from 0.859 to 1.099 were detected from cytb. The average value of the nucleotide differences among the cytb sequences was calculated as 4.68. The Tamija’s  D test (-1.88) and Fu`s FS test (-15.73) revealed negative value, indicating significantly deviations from neutrality which both indicate of recent population expansion. Investigation on pairwise differences, mismatch distributions, indicated of past expansions (SSD= 0.0033, P value = 0.38). The Iran south east population constitute a phylogenetic clade which is completely distinct from other known lineages in the species distributional range. Relatively high amount of the haplotype and nucleotide diversity can be related to the high effective population of the species, the rate of gene flow among the populations and also the sudden expansion in the past.
    Keywords: Brandt`s hedgehog, genetic structure, population expansion, phylogeny}
  • منا ایزدیان *، حسین ذوالقرنین، سیدمحمدباقر نبوی، آریا اشجع اردلان، سیامک یوسفی سیاه کلرودی
    در این پژوهش روابط فیلوژنی بین گونه های کلاد Vetigastropoda در آب های ساحلی خلیج فارس مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور از ژن های میتوکندریایی COI و S rRNA16 استفاده شد. نمونه برداری در سال های 1392 و 1393 در سواحل صخره ای شمال خلیج فارس انجام گرفتو نمونه ها مورد شناسایی مورفولوژیک قرار گرفتند. سپس مراحل استخراج DNA، تکثیر قطعه ژنی زیر واحد I سیتوکروم اکسیداز (COI) و S rRNA16 و توالی یابی انجام شد. در مجموع تعداد 9 توالی COI و 5 توالی S rRNA16 متعلق به 5 گونه از این کلاد به دستآمد که این توالی ها برای اولینبار از منطقه شمالی خلیج فارس گزارش شده است. آنالیزهایفیلوژنی با استفاده از نرم افزارهای MEGA6، PAUP و BEAST و با رسم درخت های فیلوژنی Maximum Likelihood، Maximum Parsimony و Bayesian صورت گرفت. نتایج نشان داد کلاد Vetigastropoda که از نظر رده بندی سنتی خانواده های Trochidae، Chilodontidae، Turbinidae و Fissurellidae از این مطالعه را، شامل می شود، مونوفیلتیک نمی باشد. به این ترتیب که گونه های متعلق به خانواده های Trochidae و Chilodontidae در یک کلاد مجزا از گونه های متعلق به دو خانواده Turbinidae و Fissurellidae قرار گرفتند. این مطلب نشان دهنده رابطه غیرخواهری میان این دو گروه بوده که بیانگر تفاوت بین دیدگاه رده بندی سنتی و رده بندی مولکولی است.
    کلید واژگان: Vetigastropoda, COI, S rRNA16, فیلوژنی, سواحل صخره ای, خلیج فارس}
    Mona Izadian *, Hossein Zolgharnein, Aria Ashja Ardalan, Seyed Mohammad Bagher Nabavi, Siamak Yousefi Siahkalroodi
    The molecular phylogeny of Vetigastropoda species have been studied based on mitochondrial genes, COI and 16S rRNA in the present work for the first time in the northern rocky coastal zones of Persian Gulf during years 2013 and 2014. After morphological identifications of species, DNA extraction, amplifying partial of cytochrome oxidase COI and 16S rRNA and sequencing procedure were done in the laboratory. In this study 9 COI and 5 16S rRNA sequencing belonging to 5 species were measured. Also, phylogeny analyses with drawing phylogeny trees of Maximum Likelihood, Maximum Parsimony and Bayesian were done using MEGA6, PAUP and BEAST softwares. The result showed that clade Vetigastropoda, include Trochidae, Chilodontidae, Turbinidae and Fissurellidae families, is not monophyletic, which is not as classic identification. So Trochidae and Chilodontidae are in seprated clade from Turbinidae and Fissurellidae clade᾽s. This showed not monophyletic relation between this two group which represented difference between classic and molecular classification.
    Keywords: Vetigastropoda, Cytochrome Oxidase I, 16S rRNA, Phylogeny, Rocky Shores, Persian Gulf}
  • Taghi Ghassemi-Khademi *
    Orchid bees occur across the American continent, from the southern United States to Paraguay and northern Argentina. There are 240 described species of orchid bees. The phylogeny of these bees has been studied by several researchers. In most cases, phylogenetic trees with different topologies have been introduced, because the tree topology of the orchid bees is very unstable. In this work, using 244 gene sequences consisting of three mitochondrial genes (cytochrome b, cytochrome c oxidase I, and 16S ribosomal RNA) and a single nuclear gene (RNA polymerase II), the phylogenetic relationships within the tribe Euglossini were re-evaluated. Although we cannot describe the phylogenetic tree of the tribe Euglossini with confidence yet; I found that there are probably two distinct evolutionary pathways or two distinct evolutionary lineages in this tribe. Moreover, I found that the evolutionary pathway of the genus Euglossa is probably different from other genera belonging to the tribe Euglossini. Nevertheless, definite viewpoints on this matter need more studies.
    Keywords: Euglossini, Euglossa, phylogeny, new insight, distinct lineages}
  • وحید اکملی *
    خفاش های دمموشی جنس Rhinopoma به عنوان قدیمی ترین کلاد خردخفاشان زنده محسوب می شوند. گونه های این جنس در نواحی گرم استوایی یا نیمه استوایی دنیای قدیم، شمال وغرب آفریقا، خاورمیانه، لوانت، عراق، ایران، پاکستان، افغانستان، هندوستان، تایلند و سوماترا ساکن هستند. برای بررسی روابط تبارشناسی اعضای این جنس از ژنD-Loop استفاده شد. در این مطالعه 36 نمونه از مناطق مختلف جمع آوری و برای استخراجDNA مورداستفاده قرار گرفت. بعد از تکثیرقطعهموردنظر و توالی یابی، هم ردیفی انجام شدو توالی بهطول 577 نوکلئوتید به دست آمد. میانگین ترکیب نوکلئوتیدهای A، C، T و G، به ترتیب برابر35/23%،24/16%،28/60% و12/01%بود. از تعداد577جایگاه، 168 جایگاه متغیر که 148 جایگاه از نظر پارسیمونی حاوی باراطلاعاتی (parsimony informative) بود. نتایج به دست آمده در این مطالعه وجود سه گونه R. microphyllum، R. hardwickei و R. muscatellum در ایران را تایید نمود. هم چنین مطالعه تبارزایی سه گونه جنس Rhinopoma نشان داد که R. microphyllumو R. muscatellum تاکسون های خواهریمی باشند که این حالت با رابطه R. hardwickeiو R. muscatellum که براساس تشابه اندازه بدن و مورفولوژی بینی به عنوان نزدیک ترین تاکسون ها به هم درنظر گرفته می شوند، در تناقض است.
    کلید واژگان: خردخفاش, تبارزایی, خفاش دم موشی, پژواک جایابی, ژن ناحیه کنترل}
    Vahid Akmali *
    The mouse-tailed bats genus Rhinopoma traditionally are considered as one of the most ancient living microchiropteran clade. The species of this genus inhabiting arid and subtropical regions of the Old World including North-western Africa, Middle East, Levant, Iraq, Iran, Pakistan, Afghanistan, India, Thailand and Sumatra. Mitochondrial D-loop gene was used for phylogenetic relationship in this genus. In this study we collected 36 samples from different localities for DNA analysis. After amplification and sequencing of sightly fragment, the sequence lengths were 577 bp and the mean base composition was: A (35.23%), C (24.16%), T (28.60%), and G (12.01%). From 577 sites, 168 polymorphic sites were recorded that 148 from one were parsimony informative. Results showed that genus Rhinopoma in Iran includes three species (eg. R. microphyllum, R. muscatellum and R. hardwickei). Also, phylogenetic survey showed that the sister status of the R. microphyllum and R. muscatellum phylogroups contradicts with traditional arrangements of the family where R. hardwickii and R. muscatellum are considered as the most closely related taxa based on similarities in narial morphology and body size.
    Keywords: Microchiroptera, Phylogeny, Mouse-tailed bat, Echolocation, Control region}
  • Satoshi D. Ohdachi, Gohta Kinoshita, Abdul Nasher, Takahiro Yonezawa, Satoru Arai, Fuka Kikuchi, Kyaw San Lin, Saw Bawm
    The house shrew (Suncus murinus-S. montanus species complex) is considered to have been unintentionally introduced by humans from their original range to other regions around the Indian Ocean and neighboring seas, but this has yet not fully been investigated. A phylogenetic tree and haplotype network were reconstructed based on the mitochondrial cytochrome b gene nucleotide sequences (1140 bp) of 179 individuals of house shrews from 46 localities in southern East Asia, Southeast Asia, West Asia, and islands in the western Indian Ocean. There was small genetic variation among shrews in Japan (Okinawa), southern China, Vietnam, and insular Southeast Asia. However, the shrew populations in Myanmar and Sri Lanka showed of a variety of different haplotypes. In the region of the western Indian Ocean, three interesting findings were obtained. First, the shrews on Zanzibar Island (Tanzania) shared same haplotype as those in southwestern Iran, and the haplotype was close to a group in Pakistan, despite these three regions being distantly located. Second, inferring from the haplotype network, it was suggests that the shrews in Yemen might have derived from Madagascar/Comoros populations. Third, the shrews on Réunion Island were genetically different from other populations around the western Indian Ocean but closer to Malaysia and Myanmar populations. Thus, the present study demonstrates that there have been dynamic immigration/emigration processes in the house shrews, especially for those around the western Indian Ocean. In addition, the house shrews in Myanmar may include several different species.
    Keywords: Musk shrew, Indian Ocean, Human introduction, Immigrations, Phylogeny}
  • Taghi Ghasemi Khademi
    In this research, phylogenetic relationships of 24 species from the subfamily Antilopinae were evaluated using complete mitochondrial genomes. The average base composition of mtDNA sequences was 27.8% T, 25.2% C, 33.7% A, and 13.3% G, showing a strong AT bias (61.5%). The phylogenetic trees were investigated using the NJ, ME and UPGMA methods and found that they have very identical topologies. Overall, consistent with findings of previous studies, the results revealed that the Antilopini tribe has been correctly demarcated. Also, it was found that the Oreotragini tribe, which is represented by a single species (Oreotragus oreotragus), is completely separated from the Antilopini tribe and thus its taxonomic position must be reviewed again. In general, the results of this study indicated that the complete mitochondrial genomes are very useful, powerful, and accurate tools for evaluating the phylogenetic relationships of animals and biosystematics studies. Besides, using these genomes, we can meticulously reconstruct and modify the animal classification.
    Keywords: Antilopinae, phylogeny, mtDNA, biosystematics, taxonomy}
  • آزاده تقویان اول، حمیدرضا رضایی، جلیل ایمانی هرسینی
    یکی از بزرگ ترین جمعیت های کوکر شکم سفید (Pterocles alchata) با بیش از چند هزار قطعه در فصل پاییز و زمستان در منطقه گمیشان استان گلستان پراکنش دارد. این گونه در زیستگاه های استپی خشک، باز و بدون درخت و بوته های بلند زیست می کند و با وجود کاهش جمعیت این گونه به دلیل استفاده از سموم آفت کش، شکار غیرقانونی، تغییر زیستگاه و اقلیم، تاکنون هیچ گونه مطالعه بوم شناسی و ژنتیکی بر روی این گونه در ایران صورت نگرفته است. در این تحقیق برای دستیابی به اولین اطلاعات در مورد روابط ژنتیکی در میان جمعیت های کوکر شکم سفید در شمال شرق ایران 9 نمونه بافت این گونه در منطقه گمیشان جمع آوری شد. پس از استخراج دی ان ای، ژن سیتوکروم بی میتوکندری در 9 نمونه توسط واکنش زنجیره ای پلی مراز، تکثیر و 912 جفت نوکلئوتید از این ژن برای هر نمونه توالی یابی و ویرایش شد. براساس نتایج در بین نمونه های توالی یابی شده، سه هاپلوتایپ متفاوت شناسایی و تنوع هاپلوتایپی برابر با 0/417 برآورد شد. نتایج درخت تبارشناسی با روش Bayesian و بیش ترین احتمال نشان داد که تمامی نمونه ها مربوط به یک شاخه هستند و به خوبی از دو گونه کوکرگندمی (P. coronatus) و کوکرناماکوا (P. namaqua) که تنها توالی های ثبت شده از جنس کوکر در ژن بانک بودند جدا شده است که این امر بیانگر روند تکاملی خاص این گونه از سایر گونه های این جنس است. این مطالعه به عنوان نقطه آغاز مطالعات بر روی کوکر شکم سفید با استفاده از ناحیه سیتوکروم بی در دنیاست که می تواند روابط تبارشناسی جمعیت های مختلف این گونه را مشخص کند.
    کلید واژگان: کوکر شکم سفید, تبارشناسی, تنوع ژنتیکی, سیتوکروم بی, گمیشان, استان گلستان}
    Azadeh Taqavian Aval, Hamid Reza Rezaei, Jalil Imany
    The Gomishan area of Golestan province holds one of the biggest populations of pin-tailed sandgrouse (Pterocles alchata), which is estimated to reach more than a thousand individuals in the fall and winter. The species inhabits steppe habitats requiring dry, open grassland plains without trees or high bushes. Although this species is declining due to using pesticides, poaching, habitat destruction, and climate change, no studies have yet been conducted on the P. alchata in Iran, and also there is not any genetic and ecological data in relation to this species. In order to achieve basic information about genetic relations among Pin-tailed sandgrouse populations in Northeast Iran, nine tissue samples of Gomishan area were collected. After DNA extraction, nine samples were amplified with polymerase chain reaction, and 912 base pair of mitochondrial cytochrome b was sequenced. As a result of this investigation, it was discovered that the Gomishan population contains three different haplotypes and haplotype diversity was 0.417. The results of Bayesian and Maximum likelihood trees illustrate that all specimens belong to a single clade, but separate completely from P. coronatus and P. namaqua which are only sequences of Pteroclididae in GenBank. This study is starting point of investigations on the P. alchata in the world and it could be resolved the relationships among different populations of Pin-tailed sandgrouse.
    Keywords: Pin-tailed sandgrouse, phylogeny, Genetic diversity, Cytochrome b, Gomishan, Golestan Province}
  • مژده رام، حمید فرحمند، محمود کرمی، جلیل ایمانی هرسینی
    آهوی کوهی دره شوری متعلق به جنس آهو (Gazella) و گونه آهوی کوهی (Gazella gazelle) تاکنون تنها از منطقه حفاظت شده فارور واقع در خلیج فارس گزارش شده است. هدف از انجام این تحقیق، مطالعه تبارشناسی و تنوع ژنتیکی این آهوان با استفاده از ژن سیتوکروم b بوده است.
    10 نمونه بافت از تلفات ناشی از سیل از جزیره فارور در اسفند ماه سال 1389 جمع آوری شد و پس از استخراج DNA از نمونه ها، بخشی از ژن سیتوکروم b به طول 414 جفت باز با استفاده از واکنش زنجیره ای پلی مراز تکثیر و توالی یابی شد.
    پس از ویرایش، عوامل ژنتیکی بین و درون جمعیتی مانند تنوع نوکلئوتیدی، تنوع هاپلوتایپی و فاصله ژنتیکیمحاسبه شد و در نهایت درخت تبارشناسی و شبکه هاپلوتایپی این نمونه ها ترسیم شد. براساس نتایج درخت تبارشناسی و شبکه هاپلوتایپی آهوان جزیره فارور- آهوی کوهی دره شوری-
    یک کلاد مجزا از آهوی کوهی است و وجود تنها یک هاپلوتایپ در 10 نمونه مورد مطالعه حاکی از تنوع ژنتیکی بسیار پایین این آهوان است که این امر می تواند نشانه ای از تنوع ژنتیکی کم یا به عبارتی یکنواختی ژنتیکی این جمعیت جزیره ای کوچک باشد.
    کلید واژگان: آهوی کوهی, تبارشناسی, تنوع ژنتیکی, جزیره فارور, سیتوکروم b}
    Mojdeh Raam, Hamid Farahmand, Mahmoud Karami, Jalil Imani Harsini
    Gazelle gazelle darreshourii belongs to Gazella genus and Gazella gazelle species which has been only reported from Faror protected area in the Persian Gulf. The aim of this study was to investigate phylogeny and genetic diversity of this population using Cytochrome b. 10 tissue samples due to flood were collected from Faror Island in February 2011. After DNA extraction, Part of Cytochrome b, 414 bp length, was amplified by Polymerase Chain Reaction and was sequenced. After editing,sequences were compaire to sequneces of Gazella genus on ncbi site. Then, Genetic factors between and within population such as nucleotide and haplotype variations and genetic distance were calculated and finally the phylogeny tree and haplotype network was drawn for these samples. Results were shown that all of samples were pertained to one haplotype and genetic distance between these samples was too low which could indicate unsuitable genetic variation in this small island population.
    Keywords: Gazella gazelle, phylogeny, Genetical diversity, Faror Island, Cyt b}
  • منا ایزدیان، حسین ذوالقرنین *، سیدمحمدباقر نبوی، آریا اشجع اردلان، سیامک یوسفی سیاه کلرودی
    کلاد Neogastropoda یکی از راسته های زیررده Caenogastropoda از رده شکم پایان می باشد. خانواده هایی از این کلاد در آب های جنوبی ایران حضور دارند که در این بررسی برای اولین بار به مقایسه های فیلوژنی آن ها و نیز تخمین زمان اشتقاق آن ها پرداخته شد. به این منظور نمونه برداری در سال های 1392 و 1393 در سواحل صخره ای خلیج فارس صورت گرفت. DNAنمونه ها پس از شناسایی مورفولوژیک، استخراج شد، قطعه ژنی زیر واحد I سیتوکروم اکسیدازI (COI) و S rRNA16 تکثیر و سپس توالی یابی گردید. با استفاده از نرم افزارهایPAUP و BEASTآنالیزهای فیلوژنی انجام شد و درخت های فیلوژنی Maximum Parsimony و Bayesianرسم گردید. در مجموع تعداد 7 توالی COI و 3 توالی S16 متعلق به 4 گونه از این کلاد به دست آمد که این توالی ها برای اولین بار از منطقه شمالی خلیج فارس گزارش می شوند. نتایج نشان داد که اعضاء کلاد Neogastropoda حاضر در خلیج فارس، در اواسط دوران ائوسن [1] اشتقاق یافته اند، به طوری که قدمت نیای مشترک کلاد Neogastropoda در این مطالعه در حدود 47 میلیون سال پیش تخمین زده شد. هم چنین بررسی ها کلاد Neogastropoda را یک کلاد مونوفیلتیک معرفی کرد.
    کلید واژگان: Neogastropoda, سیتوکروم اکسیداز I, فیلوژنی, اشتقاق, خلیج فارس}
    Mona Izadian, Hossein Zolgharnein *, Mohammad Bagher Nabavi, Aria Ashja Ardalan, Siamak Yousefi Siahkalroodi
    Neogastropoda is one of Caenogastropoda’s orders belongs to Gastropoda class. There are some families of this clade in the Persian Gulf. The phelogeny and divergence time of them have been studied for the first in the northern rocky coastal zones of Persian Gulf during years 2013 and 2014. After morphological identifications of species, DNA extraction, amplifying partial of cytochrome oxidase COI and 16S rRNA and sequencing procedure were done in the laboratory. In this study 7 COI and 3 16S sequencing belonging to 4 species were measured. Also, phylogeny analyses with drawing phylogeny trees of Maximum Likelihood, Maximum Parsimonyand Bayesian were done using MEGA6, PAUPand BEAST softwares. Results showed that the members of Neogastropods in the Persian Gulf have been divergent in middle Eocene; So that their common ancestor astimatedin about 47 million years ago. In addition Neogastropoda is a monophyletic clade.
    Keywords: Neogastropoda, Cytochrome Oxidase I, Phylogeny, Divergence time, Persian Gulf}
نکته
  • نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شده‌اند.
  • کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شده‌است. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
  • در صورتی که می‌خواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.
درخواست پشتیبانی - گزارش اشکال