جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه « phylogenic analysis » در نشریات گروه « پزشکی »
-
Background
A high correlation is observed between specific clonal lineages and host types in toxoplasmosis. The main objectives of this study were comparing polymorphism and evolutionary analysis of the B1 and ROP8 genes, as well as the evaluation of phylogenic and Toxoplasma gondii isolates obtained from different hosts and regions.
MethodsOverall 96 brain/ diaphragm tissue samples of livestock and poultry from three provinces of Iran (cows: 9 from Yazd, 9 from Qom; sheep: 19 from Yazd, 7 from Qom; goats: 7 from Yazd, 4 from Qom; one camel from Yazd and 37 chickens, 2 roosters and one duck from Golestan) were tested during 2018-19. A nested PCR and PCR-PCR methods were developed with the B1 and ROP8 genes. Evaluation of genetic proximity, genetic diversity and evolutionary analysis were done using MEGA-X and DnaSP5 software. Thirty samples of both genes were sequenced (18 B1 and 12 ROP8 genes), and submitted to the GenBank (MN275903-MN275932).
ResultsTajima's D index analyses showed that both genes were in the negative direction of evolution. The B1 gene was more sensitive than the ROP8 gene. The ROP8 gene showed better and more acceptable results in terms of the relationship between the host and the genotyping of the samples.
ConclusionThe B1 gene was only an attractive target for rapid detection of T. gondii parasites, whereas the ROP8 gene due to a high level of polymorphism was able to isolate the three clonal lineages (type I, II and III), inter-types and even atypical strains from different isolates of T. gondii.
Keywords: Toxoplasma gondii, Phylogenic analysis, Genetics polymorphismsevaluation} -
Background and objectivesQ fever is a worldwide disease which is common between human and livestock. This disease is created by an obligate intracellular Rickettsia called Coxiella burnetii (C. burnetii). Cattle, goats and sheep are among the main reservoirs of the disease in humans. The most common routs of transmitting the infection to humans are inhalation of contaminated aerosols and drinking milk and non-pasteurized dairy products. This study was aimed to determine the prevalence of C. burnetii in non-pasteurized dairy products in Shiraz.Materials and MethodsIn this study (from summer 2016 to winter 2016), 238 non-pasteurized dairy products, (48 raw milk, 48 yogurt, 46 cheeses, 48 dough and 48 ice cream samples) were collected from the retail market and analyzed using a nested PCR assay.ResultsThis study showed that 20 samples (8.4%) of 238 non-pasteurized dairy products were reported positive for C. burnetii (13 of 48 (27.08%) raw milk, 3 of 48 (6.25%) yogurt, 2 of 46 (4.35%) cheese, 2 of 48 (4.16%) dough and 0 of 48 ice cream samples).ConclusionsThe present study suggests that non-pasteurized dairy as main sources of C. burnetii in Shiraz, Southern Iran; thus, the consumption of pasteurized milk and dairy products is a valuable method to prevent the disease in human.Keywords: Q fever, Coxiella burnetii, Nested-PCR, Phylogenic analysis}
-
فصلنامه نوید نو، پیاپی 63 (پاییز 1396)، صص 20 -27مقدمهمایکوباکتریوم های سریع الرشد (RGM: Rapid Growing Mycobacterium) قادر هستند عفونت های ریوی، لنفاوی، پوست و بافت نرم را در انسان به وجود آورند. ما می توانیم با استفاده از ژن های خانه دار، این گروه از باکتری ها را شناسایی کنیم. در این ارتباط، هدف از پژوهش حاضر مقایسه و ارزیابی سه ژن خانه دار در شناسایی و طبقه بندی برخی از مایکوباکتریوم های سریع الرشد با استفاده از درخت فیلوژنیک بود.مواد و روش هابرای انجام این مطالعه ابتدا توالی های سه ژن 16SrRNA، hsp65و rpoBبرای 10 گونه سریع الرشد مایکوباکتریومی از پایگاه های NCBI (National Center for BiotechnologyInformation) ، RDP (RemoteDesktopProtocol) و EMBL (EuropeanMolecularBiologyLaboratory) دریافت شد. سپس این توالی ها توسط نرم افزار CustalWهم طراز گردیدند و درخت فیلوژنیک با استفاده از برنامه MEGA5ترسیم گشت.یافته هابر مبنای نتایج، الگوی شناسایی و افتراق هر ژن متفاوت بود. ژن 16SrRNAقادر به شناسایی و افتراق مایکوباکتریوم های سریع الرشد بیماری زایی چون مایکوباکتریوم آبسسوس (Abscessus) و چلونه (Chelonei) نبود. به طور کلی، ژن rpoBنسبت به سایر ژن ها بهتر عمل کرد؛ اگرچه قادر به شناسایی مایکوباکتریوم نووکاسترنس (novocastrense) نبود.نتیجه گیریبه منظور شناسایی کامل و صحیح مایکوباکتریوم های سریع الرشد باید هر سه ژن 16SrRNA، rpoBو hsp65به طور همزمان مورد مطالعه قرار گیرند.کلید واژگان: بررسی فیلوژنتیکی, مایکوباکتریوم غیر توبرکلوزیس, rpoB, 16}Navid no, Volume:20 Issue: 63, 2017, PP 20 -27IntroductionRapidly growing mycobacteria (RGM) capable of producing the pulmonary, lymph node, skin, soft tissue disease in humans. We can identification of these group of bacteria based on housekeeping genes. The objective of this study was to comparison and evaluation of three housekeeping gene in identification and classification of some Rapidly-growing mycobacteria using phylogenic tree.Materials and MethodsFor this study first, The16S rRNA, hsp65 and rpoB gene sequence of ten species of rapid growing mycobacteria from NCBI, RDP and EMBL database obtained. Then this sequences are Aligned by Custal W and phylogenic tree were draw using MEGA5.0.ResultsPattern recognition and classification of each genes was different. 16s rRNA gene was not able to differentiate of pathogenic rapid growing mycobacteria such as: Mycobacterium abscessus and chelonae. Generally rpoB gene compared with other genes was better performed but in identification of Mycobacterium novocastrense was failed.ConclusionFor accesses to Complete and correct identification of RGM should all three genes, 16S rRNA, rpoB and hsp65 to be studied simultaneously.Keywords: Nontuberculosis mycobacteria, Phylogenic analysis, 16S rRNA, rpoB}
-
Brucellosis is a well-known domestic animal infectious disease, which is caused by Brucella bacterium. The outer membrane protein 25 kDa (Omp25) gene plays an important role in simulating of TNF-α, IFN-α, macrophage, and cytokines cells. In the current study molecular cloning and expression analysis of Omp25 gene for designing a subunit vaccine against Brucella was investigated. Amplifying the full length of candidate gene was performed using specific primers. Sub-cloning of this gene conducted using pTZ57R/T vector in TOP10F`strain of Escherichia coli(E.coli) as the host. Also, pET32(a) vector used for expression in BL21 (DE3) strain of E.coli. Omp25 gene with 642 bp size was amplified and cloned successfully. The expression results were confirmed by sequencing and sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) analyses which showed 42 kDa protein band correctly. Also, phylogenic analysis showed this gene has a near genetic relation with other Brucella strains. According to our results we can propose this gene as a candidate useful for stimulation of cell-mediated and humoral immunity system in future study.Keywords: Brucella melitensis Rev1, Omp25, Phylogenic analysis, Gene expression}
-
زمینه و هدفباکتری های اسید لاکتیک (LAB)، گروهی از باکتری های گرم مثبت، بدون اسپور، کروی یا میله ای شکل و کاتالاز منفی هستند که عموما به عنوان ارگانیزم های ایمن در نظر گرفته می شوند (GRAS or Generally Recognized As (Safe. چندین هزار سال است که از این باکتری ها جهت تولید غذاهای تخمیر شده استفاده می شود چرا که دارای توانایی در تولید تغییرات مطلوب در طعم و بافت غذا می باشند. مولکول های ضد میکروبی متفاوتی از جمله باکتریوسیون های تولید شده توسط این باکتری ها، سبب ممانعت از رشد میکروارگانیزم های مسموم کننده مواد غذایی می شوند که به نوبه خود سبب افزایش ماندگاری و افزایش ایمنی محصولات غذایی می گردند. بنا به اهمیت لاکتوباسیل ها در سلامت انسان، شناسایی مولکولی و بررسی فیلوژنتیکی این باکتری ها بر اساس توالی هایS rRNA 16 می تواند گامی موثر در شناسایی ذخیره لاکتوباسیل های بومی با خصوصیات عملکردی ویژه و به کارگیری آن ها در محصولات لبنی صنعتی باشد.مواد و روش هادر بین باکتری های جداشده پنج سویه با توانایی تولید باکتریوسین قوی تر نسبت به سایر نمونه ها جهت توالی یابی انتخاب شدند. استخراج DNA براساس هضم آنزیمی لیزوزیمی صورت گرفت. واکنش PCR با استفاده از پرایمرهای دجنریت انجام گرفت و محصولات PCR پس از خالص سازی، توالی سنجی شدند.نتایجایزوله های شناسایی شده تحت عنوان لاکتوباسیلوس کازئی و انتروکوکوس فاسیوم در GenBank ثبت شدند.
بحث: نتایج گروه بندی براساس مارکر 16 SrRNA، نشان دهنده وجود تنوع ژنتیکی بالای ایزوله های بومی ایران و امکان به کارگیری در مصارف صنعتی جهت بهبود و افزایش ایمنی غذایی می باشد.
کلید واژگان: لاکتوباسیل, بررسی فیلوژنتیکی, S rRNA16, باکتریوسین}Background and ObjectiveLactic acid bacteria (LAB) are a group of Gram-positive, non-spore forming, cocci or rod shaped, catalase negative organisms, considered as Generally Recognized as Safe (GRAS) organisms. These bacteria are used for thousands of years for production of fermented foods because of their ability to produce desirable changes in taste, flavor and texture. Different antimicrobial molecules such as bacteriocins produced by these bacteria that can inhibit food pathogens, so enhancing the shelf life and improving the safety of food products. Because of important role of LAB to improving the human health, molecular identification and phylogenic analysis of these bacteria based on 16S rRNA sequencing play the critical role in investigation of local sources of LAB in Iran.Materials and Methods5 isolates were selected from 20 isolates for molecular identification. These strains produced the high level of bacteriocin. Total genomic DNA was extracted by lysosyme extraction protocol. PCR-mediated amplification was carried out by degenerate primers. Sequencing was performed after purification of PCR product.ResultsIsolates were deposited as novel strains of Lactobacillus casei and Entrococcus facium in GenBank.ConclusionBecause of high potential of local probiotic bacteria in Iran, these strains may be useful and could be used in the food industry.Keywords: Lactobacillus, Phylogenic analysis, 16S rRNA, Bacteriocin}
نکته
- نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شده‌اند.
- کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شده‌است. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
- در صورتی که می‌خواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.
©2000-2024 magiran.com All Rights Reserved.