طراحی بیوانفورماتیکی و بهینه سازی پپتیدهای مهارکننده گیرنده تروپومایوزین کیناز B در رده سلولی U266

گیرنده تروپومایوزین کیناز (Tropomyosin Receptor Kinas B، TRK B) یکی از پروتئین های سرطان زاست. مطالعه به منظور طراحی و بهینه سازی پپتیدهای مناسب جهت مهار TRK B انجام شد.
این مطالعه پایه در سال 1391 در دانشگاه علوم پزشکی قزوین انجام شد، پس از طراحی کتابخانه پپتیدی با روش sequence tolerance و بهینه سازی انرژی پپتیدهای طراحی شده با روش backrub در بسته نرم افزاری Rossseta 3.3، پپتیدهای دارای حداکثر پایداری، براساس مقادیر backrub توسط نرم افزار R انتخاب شدند. ساختار سه بعدی پپتیدها با استفاده از روش دینامیک مولکولی تعیین و میزان اتصال این پپتیدها توسط نرم افزار HADDOCK بررسی شد. پایدارترین پپتیدها سنتز و اثر سمی آن ها با استفاده از آزمون MTT بر روی رده سلولی U266 مطالعه شد.
پپتیدهای طراحی شده از لحاظ انرژی و ساختاری کاملا پایدار بودند و تمایل بالایی برای اتصال به TRK B نشان دادند. پس از سنجش بقای سلول به کمک روش MTT ضمن تیمار رده سلولی U266 با این پپتیدها بعد از 24 ساعت، غلظت مهار سلولی 50 درصد (IC 50%) پپتیدهای یک و دو 2/350 و 5/199 نانومولار به دست آمد.
با توجه به یافته ها، به نظر می رسد مهار TRK B می تواند به توقف رشد در این رده سلولی سرطانی منجر شود.