مطالعه توالی، خاصیت آنتی ژنی و ساختار سه بعدی پروتئین های غیراختصاصی ناقل لیپید2 در برنج ایرانی: ارزیابی بیوانفورماتیکی

پروتئین های غیراختصاصی ناقل لیپید 2(nsLTP2) یکی از اعضای خانواده پرولامین ها هستند که به دلیل ساختار ویژه خود توانایی انتقال ترکیبات لیپوفیل مختلفی را دارند. با وجود مزیت های نسبی پروتئین LTP2 در انتقال دارو، خاصیت آلرژنی این پروتئین ها نیز گزارش شده است. هدف مطالعه حاضر بررسی توالی و ساختار پروتئین nsLTP2 برنج ایرانی و نیز بهبود برخی از ویژگی های آن برای استفاده در سیستم های تحویل دارو، توسط ابزارهای بیوانفورماتیک است. مقایسه توالی پروتئین های nsLTP2 انواع برنج، حداقل 51% شباهت بین گونه های مختلف را نشان می دهد. بر اساس ارزیابی های فیلوژنی مشخص شد که بیشترین شباهت بین توالی ژن این پروتئین با گونه ژاپنی (Accession NO. NP 0011048723.1) وجود دارد. موتیف ها و جایگاه های مختلف nsLTP2 برنج ایرانی با کمک آنالیز توالی به دست آمد. همچنین مطالعات بیوانفورماتیکی نشان دهنده 4 جایگاه با خاصیت شبه آنتی ژنی است که 3 عدد آن بعد از تغییرات پس از ترجمه باقی می ماند و حضور آنها می تواند خاصیت آلرژنی این پروتئین ها را توجیه کند. همچنین، بررسی توالی دو گونه ژاپنی و ایرانی موید این است که اسیدهای آمینه شرکت کننده در جایگاه فعال، به-طورکامل حفاظت شده است. به منظور مطالعه تاثیر حذف توالی های آلرژن بر تمایل به لیگاندهای هیدروفوب، از روش مدل سازی در راستای تعیین ساختار، استفاده گردید. نتایج تحقیق حاضر نشان داد که در صورت اعمال تغییراتی در توالی و حذف بخش های آلرژن nsLTP2، احتمالا می توان بازده پروتئین را در سیستم های تحویل دارو افزایش داد.