ردیابی و تعیین جایگاه تاکسونومیکی جدایه های ایرانی ویروس موزائیک چغندرقند براساس ترادف پروتئین پوششی ویروس

در این پژوهش وقوع ویروس موزائیک چغندرقند (BtMV) در مزارع چغندرقند استآن های خراسان رضوی، خراسان شمالی و البرز بررسی شد و به منظور تعیین جایگاه تاکسونومیکی جدایه های ایرانی BtMV و بررسی رابطه فیلوژنتیکی آن ها با سایر جدایه های گزارش شده از دنیا، بخشی از ژنوم ویروس شامل منطقه ژنی رمزکننده پروتئین پوششی و انتهای NIb تعیین ترادف شد. به این منظور، استخراج RNA و واکنش RT-PCR با آغازگرهای اختصاصی روی نمونه های الایزا مثبت انجام و محصول پی سی آر در پلاسمید PTZ57R/T همسانه سازی و تعیین ترادف شد. منطقه ژنی رمزکننده پروتئین پوششی و بخشی از انتهای NIb در این توالی ها به همراه سایر توالی های موجود در GenBank هم ردیف سازی شدند. سپس ماتریس درصد برابری و مولفه های تکاملی به دست آمد. ترسیم درخت فیلوژنتیکی و ردیابی وقوع نوترکیبی نیز انجام شد. براساس درخت فیلوژنتیکی رسم شده، جدایه های BtMV به دو گروه تقسیم شدند؛ جدایه های چین، اسلواکی و استرالیا (Euroasia) در یک گروه و جدایه امریکا در گروهی دیگر قرار گرفتند. نتایج نشان داد که جدایه های ایران در دسته مجزایی درگروه Euroasia قرار گرفتند. این اولین گزارش از ترادف بخشی از ژنوم ویروس موزائیک چغندرقند از ایران می باشد.