افزایش پوشش پروتئوم سلول های Hs578T، متعلق به سرطان پستان، در نمایه ی الکتروفورز دو بعدی با حذف کارآمد مداخله گرهای غیر پروتئینی

با وجود استفاده ی گسترده، پوشش پروتئینی پایین و الگوهای اسمیری، از مهم ترین موانع بازدارنده برای استفاده از مطالعات پروتئومیک مبتنی بر ژل در بررسی های بالینی می باشد. بنابراین، در این مطالعه تلاش شد تا پوشش نمایه ی دو بعدی پروتئوم رده ی سلولی Hs578T، متعلق به سرطان پستان افزایش یابد و تاثیر کارآمدی روش های مرسوم حذف مداخله گرهای غیر پروتئینی در افزایش تعداد پروتئین ها در نمایه ی دو بعدی ارزیابی گردد.
سلول های رده ی Hs578T، به منظور استخراج عصاره ی خام سلولی، در بافر لیز مناسب تیمار شدند. عصاره های سلولی حاصل از استخراج های متعدد، با هم همگن و در حجم های یکسان تقسیم شدند و در سه تکرار، با روش های استون، استون- متانول و تری کلرواستیک اسید (Trichloroacetic acid یا TCA)- استون خالص گشتند. سپس، پروتئوم خالص تهیه شده از هر روش، در یک بافر بازآب رسانی استاندارد حل شد و بر روی نوارهای Immobilized pH gradient (IPG) 17 سانتی متری بارگذاری گشت. پس از تفکیک ایزوالکتریک در بعد اول، محتوای پروتئوم، یک بار دیگر در سیستم الکتروفورز O''Farrell نیز مورد تفکیک الکتروفورتیک قرار گرفت. در نهایت، پس از ظهور نقاط پروتئینی در نمایه ی دو بعدی، تصاویر حاصل با استفاده از نرم افزار ImageMaster به صورت کمی- کیفی تحلیل شدند.
بازده بازیابی پروتئوم، برای روش های استون، استون- متانول و TCA- استون به ترتیب 001/0 ± 100/0، 002/0 ± 070/0 و 005/0 ± 120/0 نانوگرم به ازای هر سلول محاسبه شد. آنالیز تصویر نیز حضور 9 ± 1299 نقطه ی پروتئینی را در نمایه ی دو بعدی تخلیص شده با استون نشان داد که این تعداد برای تخلیص با استون- متانول و TCA- استون به ترتیب 14 ± 1698 و 17 ± 1973 بود. نتایج از سه اندازه گیری جداگانه به دست آمد.
آماده سازی نمونه ها با روش TCA- استون، نه تنها بالاترین بازده بازیابی پروتئین را دارد؛ بلکه، پوشش پروتئومی بهتری را نیز ارایه می دهد. بنابراین، این روش برای مطالعات پروتئومیک مقایسه ای توصیه می گردد. با این وجود، تخلیص با استون- متانول، با توجه به ارایه ی نقاط پروتئینی قوی تر، برای مطالعات سرولوژیکی پروتئوم پیشنهاد می گردد.