شناسایی بیوانفورماتیکی ‫ microRNA های با توان بیومارکری در سرطان روده بزرگ از روی داده های ریز آرایه

سرطان روده بزرگ یک بیماری شایع در جهان می‫باشد که باعث مرگ و میر بالایی در افراد مبتلا می‫شود. نبود مارکر مناسب تشخیصی و پیش آگهی باعث عدم شناسایی بدخیمی‫های سرطان کولون در زمان مناسب شده است. ژن‫های microRNA با کنترل بیان ژن‫های هدف در بروز و پیشروی سرطان کولون نقش مهمی را ایفا می‫کنند. هدف از مطالعه حاضر، شناسایی بیوانفورماتیکی microRNA های احتمالی موثر با بیان متمایز در نمونه های سرطانی و غیرسرطانی کولون بود.

این مطالعه از نوع تیوریکال بیوانفورماتیکی بوده و داده های ریزآرایه مربوط به 1513 نمونه سرطان روده با شماره دستیابی GSE115513 از سایت GEO انتخاب شد و با استفاده از برنامه R، ژن‫های مارکر انتخاب گردید. ژن‫های هدف microRNA های شناسایی شده با برنامه TARGETSCAN مشخص شدند و در نهایت، شبکه گرافیکی با برنامه Cytoscape رسم گردید.

یافته ها:

 آنالیز داده های ریزآرایه نشان داد که has- miR-663b، has-miR-650، has- miR-17-5p،  has-miR-4539 و  has-miR-501-3p دارای توان بیومارکری در نمونه های سرطانی می‫باشند. آنالیز آماری و بررسی ژن‫های هدف این microRNA نشان داد که ژن‫های has-miR-663b (p=0.001 و ROCAUC=0.8965) و has-miR-650 (p=0.001 و ROCAUC=0.9104) دارای بیان متمایز معنی دار بین نمونه های سرطانی و حاشیه غیرتوموری بوده و توان بیومارکری دارند.

ژن‫های has- miR-663b و has-miR-650 می‫توانند به عنوان مارکر تشخیصی برای تفکیک نمونه های سرطانی روده بزرگ از نمونه های غیرسرطانی بکار گرفته شوند.