شبیه سازی رفتار فاز لیپیدی L_α با استفاده از درشت دانه سازی سامانمند مولکول dioleoylphosphatidylethanolamine

در میان انواع مختلف فازهای لیپیدی، ساختار لایه ای از اهمیت ویژه ای در درک فرآیندهای مرتبط با غشای سلولی اعم از همجوشی غشای لیپیدی برخوردار است. ازاین رو تحقیق در مدل سازی فاز L_α لیپیدی، بخش قابل توجهی از شبیه سازی ماکرومولکول های زیستی را به خود اختصاص داده است. در این تحقیق از درشت دانه سازی سامانمند به منظور مدل سازی فاز لایه ای مولکول لیپید dioleoylphosphatidylethanolamine (DOPE)-1،2 استفاده کرده ایم. مدل درشت دانه بدون حلال بوده و مولکول لیپید از 14 دانه تشکیل می شود به طوری که انرژی پتانسیل سیستم شامل جملات پیوندی، غیر پیوندی و الکتروستاتیک هست. مدل سازی از روی شبیه سازی اتمی مولکول های لیپید در محتوای آبی %44٫6 وزنی-وزنی با استفاده از روش معکوس بولتزمن تکرارشونده و مونت کارلو معکوس انجام گرفت. اگرچه همگرایی مناسب در توابع توزیع پیوندی و زاویه ای در پایان فرآیند معکوس بولتزمن تکرارشونده حاصل گردید، اما همگرایی دقیق در توابع توزیع پیچشی و توابع توزیع شعاعی در پایان مونت کارلو معکوس بدست آمد. با استفاده از پتاسیل های حاصله، فاز لایه ای L_α در کمتر از 10 نانوثانیه بدست آمد. علاوه بر این، پتانسیل های درشت دانه قادر به مدل کردن همجوشی چندلایه ی لیپیدی و ساختار حد واسط ذرات لیپیدی هستند.