مطالعه تاثیر طول بلوک های هاپلوتیپی در بهبود صحت پیش بینی ژنومی به کمک روش های بیزی در گوسفند

عدم تعادل پیوستگی (LD) و طرح ساختار بلوک های هاپلوتیپ سطح جمعیت پارامترهایی هستند که برای مدیریت مطالعات گسترده ژنومی (GWAS) و درک ماهیت رابطه غیر خطی بین فنوتیپ ها و ژنوتیپها مفید هستند. در مقایسه با چند شکلی تک نوکلیوتیدی (SNp)، استفاده از آللهای هاپلوتیپ در پیشبینی ژنومی و بهبود صحت پیش بینی کارآمدتر هستند. اما میزان افزایش صحت به چگونگی طراحی بلوکهای هاپلوتیپ بستگی دارد. این مطالعه با هدف آزمون اندازه بهینه برای طول هاپلوتیپ در پیش بینیهای ژنومی صورت گرفت.

در این مطالعه آللهای هاپلوتیپ با توجه به آللهای SNp در بلوکهای kb 125، kb 250، kb 500 و Mb 1 تعریف و آللهای هاپلوتیپ با فرکانسهای کمتر از 1، 5/2، 5 یا 10 درصد حذف شدند. از دو روش بیزA و بیزB برای پیش بینی اثرات ژنومی SNp ها و هاپلوتیپها در سه صفت با سه سطح وراثتپذیری (تولید شیر (1/0=h2)، وزن لاشه (3/0=h2) و وزن بدن در بلوغ (h2=45/0) استفاده شد.

بیشترین صحت پیش بینی ژنومی در صفت وزن بدن در زمان بلوغ توسط روش بیز B (652/0) در طول بلوک هاپلوتیپی kb 250 و کمترین توسط روش بیزA در صفت تولید شیر (407/0) در طول بلوک هاپلوتیپی Mb 1 حاصل گردید. بلوکهای هاپلوتیپی به طول kb 250 با آستانه فرکانس 1 درصد، بالاترین میزان صحت پیشبینی ژنومی را ارایه دادند. در مقایسه دو روش بیزA و بیزB، روش بیزB صحت برآورد بالاتری هم در مدلهای بر پایه SNp و هم بر پایه آللهای هاپلوتیپ ارایه داد.

قرار دادن آللهای هاپلوتیپ به جای SNp ها در مدل آماری، درصورت تعریف مناسب طول هاپلوتیپ، سبب بهبود صحت پیشبینی ژنومی میشود.