طراحی و ارزیابی عملکرد PCR جهت تشخیص ویروس سندروم لکه سفید در میگو

ویروس سندروم لکه سفید، عامل بیماری لکه سفید در میگوها و بسیاری از سخت پوستان می باشد. این بیماری بسیار مسری است و در طی 3-10 روز در شرایط کشت طبیعی باعث مرگ و میر می شود، بنابراین، تشخیص زود هنگام این ویروس یک ضرورت می باشد.

برای 3 ناحیه از ژنوم ویروس و یک ناحیه از ژنوم میگو پرایمرهایی سازگار با هم طراحی شدند که بتوانند با هم در یک واکنش عملکرد داشته باشند.استخراج DNA از 40 نمونه میگوی مشکوک به بیماری انجام گردید. سپس پرایمرها به صورت تکی جهت تشخیص ویروس لکه سفید بهینه سازی شدند و پس از انتخاب مناسب ترین آن ها، تشخبص ویروس به صورت همزمان توسط دو جفت پرایمر انجام گردید. از پرایمرهای تکثیر کننده ژنوم میگو هم به عنوان کنترل داخلی استفاده شد.

از بین پرایمرهای طراحی شده 3 جفت پرایمر که یک قطعه از ژنوم میگو و 2 قطعه از ژنوم ویروس را تکثیر می کردند انتخاب گردید. از 40 نمونه بررسی شده 28 نمونه مثبت (آلوده به ویروس) و 12 نمونه منفی بود که با نتایج به دست آمده با کیت مرجع مطابقت داشت.

جهت تشخیص ویروس، بررسی 2 ناحیه از ژنوم آن کافی می باشد و احتمال منفی کاذب را کاهش می دهد. همچنین استفاده از ژنوم میگو جهت کنترل مراحل استخراج DNA و PCR مفید می باشد. روش PCR تک مرحله ای نسبت به روش های دو مرحله ای (Nested PCR) بدلیل کاهش احتمال آلودگی و راحتی انجام آن اولویت دارد.