توالی یابی کامل ژنوم دو جدایه نوترکیب ویروس موزاییک کدو (Squash Mosaic Virus, SqMV) از ایران

ویروس موزاییک کدو (SqMV) یک کوموویروس است که کدوییان را در سرتاسر دنیا آلوده می کند. در این پژوهش، برای اولین بار دو جدایه ایرانی ویروس SqMV (BSQ و TSQ) به طور کامل توالی یابی شدند. RNA ژنومی جدایه های BSQ و TSQ بدون دنباله Poly A به ترتیب 5754 و 5755 (برای RNA1) و 3290 و 3271 (برای RNA2) نوکلیوتید طول داشتند. RNA1 هر دو جدایه ایرانی پلی پروتیین واحدی به طول 1858 آمینواسید را کد می نماید. میزان شباهت دو جدایه ایرانی (BSQ و TSQ) 94.24% در سطح نوکلیوتیدی و 94.82% در سطح آمینواسیدی، برای RNA1 و 88.80% در سطح نوکلیوتیدی و 89.50% در سطح آمینواسیدی برای RNA2 می باشد. در مقایسه با سایر جدایه های این ویروس، BSQ و TSQ به ترتیب، بیشترین درصد شباهت یعنی 93.56% و 95.12% (RNA1)، و 87.19% و 87.59% (RNA2) در سطح نوکلیوتیدی را با جدایه اسپانیایی(RZ-SqMV) این ویروس دارند. بررسی های فیلوژنتیکی بر اساس توالی کامل جدایه ها نشان داد که جدایه های ویروس SqMV در سه گروه متفاوت قرار می گیرند. BSQ در کنار جدایه اسپانیایی در یک گروه و TSQ به همراه جدایه های چینی و آمریکایی در گروهی مجزا قرار می گیرند. بررسی نوترکیبی نشان داد که BSQ (RNA1 و RNA2) و TSQ (RNA2) نوترکیب هستند. BSQ دارای نواحی نوترکیبی در 5'-UTR، هلیکاز، پروتیاز، RdRP (در RNA1)، پوشش پروتیینی کوچک (SCP) و 3'-UTR (در RNA2) می باشد، در حالی که TSQ دارای 4 ناحیه نوترکیبی در 5'-UTR، پروتیین حرکتی (دو ناحیه نوترکیب) و پوشش پروتیینی بزرگ (LCP) است.