شناسایی خانواده ژنی پروتئین فسفاتاز 2C (AlPP2C) در گیاه شوردوست آلوروپوس لیتورالیس

پروتیین فسفاتازهای (PP2Cs) 2C، نقشی کلیدی در بیان ژن های پاسخگو به تنش از موجودات پست پروکاریوتی تا یوکاریوت های عالی ایفا می نمایند. در این مطالعه، بررسی بیوانفورماتیکی اعضای خانواده ژنی PP2C به منظور شناسایی و تجزیه و تحلیل ژن های اورتولوگ مرتبط با تنش در ژنوم گیاه هالوفیت علفی یک لپه Aeluropus littoralis انجام شد. در مجموع 34 ژن AlPP2C بر اساس ساختار اختصاصی دمین PP2C، در ژنوم این گیاه شناسایی گردید. در درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده از پروتیین های AlPP2C همراه با پروتیین های thaliana Araboidopsis، پروتیین های AlPP2C و AtPP2C در ده گروه مختلف بر مبنای همولوژی طبقه بندی شدند. تجزیه و تحلیل موتیف های حفاظت شده پروتیین های خانواده AlPP2C نشان داد که گروه بندی فیلوژنتیکی از تطابق بالایی با الگوی پراکنش موتیف های هر گروه داشت. تجزیه و تحلیل ساختار اگزون - اینترون توالی ژنی نشان داد که اعضای این خانواده به لحاظ آرایش و فراوانی اگزون ها از الگوی متفاوتی برخوردارند. شناسایی و طبقه بندی عناصر تنظیمی سیس در هشت گروه مختلف صورت گرفت که از مهم ترین عناصر سیس مرتبط به تنش می توان به موتیف های ABRE،MBS ،DRE ، STRE و LTR اشاره نمود. بررسی الگوی ترانسکریپتوم (RNA-Seq) نشان داد که ژن های AlPP2C الگوهای بیان متفاوتی در پاسخ به تنش شوری و شرایط بازیابی در دو بافت برگ و ریشه ارایه نمودند که احتمالا بیانگر مسیرهای تنظیمی متفاوت در بیان این ژن هاست. الگوی بیان مشاهده شده ژن AlPP2C4 در بافت ریشه، حاکی از تنظیمات بیان بافت - اختصاصی این ژن می باشد. این تحقیق با شناسایی ژن های اورتولوگ PP2C مرتبط با تنش در گیاه آلورورپوس لیتورالیس، اطلاعات ارزشمندی را برای مطالعات عملکرد ژنی و فرایندهای بیولوژیکی ژن های PP2C فراهم می آورد.