شناسایی SNP های تشخیصی در ژن فاکتور فون ویلبراند با استفاده از ابزار های بیوانفورماتیک

یکی از بارزترین اختلالات ارثی خونریزی، بیماری فون ویلبراند است. این بیماری ناشی از اختلالات ژنتیکی در فاکتور فون ویلبراند می باشد. اکثر ناهنجاری های مولکولی مرتبط با این اختلال در اگزون 28 این ژن واقع شده است.  در این راستا بررسی جهش در اگزون 28 ژن کد کننده VWF می تواند به شناسایی نوع VWD کمک کند و برای مدیریت بیماران با استفاده از استراتژی های مناسب مورد استفاده قرار گیرد.

20 بیمار مشکوک به VWD از نظر ژنوتیپ اگزون 28 مورد بررسی قرار گرفتند. آزمایشات معمول انعقاد و همچنین توالی یابی ژن برای ارزیابی جهش انجام شد. تعیین ساختار سوم و بیماری زایی nsSNVs با استفاده از روش های بیوانفورماتیک قوی مورد بررسی قرار گرفت.   آزمایش گام به گام جهش های پرخطر با استفاده از SIFT، PolyPhen-2، I-Mutant 2.0، PHD-SNPg و SNPs&GO انجام شد. سپس ساختار ثانویه، حفاظت شدگی اسیدهای آمینه و ویژگی اسیدهای آمینه از طریق Protparam، Cofactor، Interprosurf، ConSurf، NetSurfP-2.0 و HOPE مورد بررسی قرار گرفت.

جهش های N1231T، V1229G، V1316M و P1266Q در VWF شناسایی شدند.  ساختار سه بعدی VWF پیش بینی و ارزیابی شد.  جهش های P1266Q و V1316M به عنوان "جایگزینی غیر قابل تحمل"، آسیب رسان و بیماری زا پیش بینی می شود در حالی که جهش های V1229G و N1231T به عنوان "جایگزینی قابل تحمل"، خوش خیم و خنثی پیش بینی می شود.

جایگزینی اسید آمینه V1316M و P1266Q به عنوان جهش های پرخطر با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک قوی در بیماران VWD تعیین شد.