مقایسه علایم، تعیین توالی کامل و تحلیل فیلوژنتیکی جدایه های ویروس تریستزای مرکبات از استان های مازندران و فارس

ویروس تریستزای مرکبات (Citrus tristeza virus-CTV) یکی از بیماری های مهم درختان مرکبات در اغلب مرکبات کاری های ایران است. در این تحقیق توالی کامل ویروس تریستزای مرکبات از دو منطقه مرکبات خیز استان مازندران و استان فارس تعیین و برخی صفات بیولوژیکی و مولکولی آن ها با یکدیگر مقایسه شده است. 56 درصد از نمونه های جمع آوری شده از استان مازندران و 32 درصد نمونه های تهیه شده از استان فارس در آزمون زنجیره ای پلی مراز آلوده به ویروس تریستزای مرکبات بودند. علایم CTV در نمونه های مرکبات استان مازندران کوتولگی خفیف تا شدید، سرخشکیدگی، زردی، زردی رگبرگ و زوال سریع بود در حالی که در نمونه های استان فارس علایم CTV، کوتولگی، سبزخشکیدگی، زردی، و سرخشکیدگی شاخه ها بود. سه ماه پس از مایه زنی نیز علایم کوتولگی شدید، رگبرگ روشنی، زردی و ریزبرگی در نهال های مایه زنی شده با جدایه های استان مازندران و علایم کوتولگی خفیف، رگبرگ روشنی، زردی و ریزبرگی در نهال های نارنج بذری مایه زنی شده با جدایه های استان فارس ایجاد شد. از درختان مرکبات آلوده به تریستزا از استان های فارس و مازندران نمونه برداری و از آنها کتابخانه sRNA تهیه و توالی یابی شدند. نتایج نشان داد که طول ژنوم کامل بازسازی شده برای جدایه های IR-North1، IR-North2، IR-South1 و IR-South2 به ترتیب 19296، 19302، 19252 و 19251 نوکلیوتید است و در سطح نوکلیوتیدی با سایر جدایه های CTV موجود در بانک ژن بین 5/77-2/95 درصد شباهت داشتند. بررسی توالی پروتیین ها نشان دهنده وجود 280 جایگزینی در 33 موتیف در جدایه های توالی یابی شده CTV بود. کمترین تغییرات در جدایه IR-North1 با پنج جایگزینی بود. در جدایه های IR-North2، IR-South1 و IR-South2 به ترتیب 97، 85 و 93 جایگزینی اتفاق افتاده بود. بیشترین جایگزینی در چارچوب های ژنی ORF1a و p61 بود. تعیین سویه جدایه ها با همانندسازی و هضم مجازی و همردیف سازی ناحیه بین ژن های پوشش پروتیینی کوچک (Cpm) و پوشش پروتیینی نشان داد که جدایه IR-North1 مشابه نژاد های مولد زوال سریع و سویه T36 و جدایه های IR-South2، IR-North2 و IR-South1 از نژاد های مولد ساقه آبله ای و زردی نهالچه و به ترتیب مشابه با سویه T3، SY و T318A هستند. در درخت فیلوژنی ترسیم شده بر اساس طول کامل ژنوم نیز سه جدایه IR-North2 و IR-South1 و IR-South2، در گروه VT و جدایه IR-North 1 در گروه T36 قرار گرفتند. همچنین بررسی وقوع نوترکیبی احتمالی در جدایه های ایرانی نشان داد که جدایه های IR-North1، IR-North2 و IR-South1 در ژن های رپلیکاز و P65 نوترکیب هستند. نتایج بررسی علایم و توالی کامل چهار جدایه بدست آمده نشان داد که دو جدایه بدست آمده از استان مازندران از لحاظ نوع علایم و جایگاه فیلوژنی از هم متفاوت هستند ولی دو جدایه استان فارس از نظر فیلوژنی و ژنوتیپی با یکدیگر قرابت دارند.