بررسی مسیرهای سیگنالی دخیل در تقابل عفونت ویروس های فرصت طلب با سلول های لنفوسیت T کمکی

افرادی که سیستم ایمنی ضعیفی دارند سریع تر به عفونت های فرصت طلب (OIs) مبتلا  می شوند. یافتن ارتباط ویروس ها و مسیر های سیگنالی مرتبط با عفونت های این ویروس ها مثل اپشتین بار ویروس (EBV) و سایتو مگالو ویروس (CMV) نقش قابل ملاحظه ای در بررسی ارتباط آن ها با سلول های لنفوسیت T کمکی دارند. در این مطالعه با استفاده از آنالیز بیوانفورماتیک به بررسی و کاندید نمودن ژن های موجود در مسیرهای وابسته به عفونت ویروس های فرصت طلب با سلول های لنفوسیت  T کمکی پرداخته شد.

در این مطالعه با مراجعه به پایگاه داده GEO دیتاست مناسب برای آنالیز انتخاب گردید. این دیتاست شامل پروفایل بیان ژنی در عفونت ویروس های EBV و  CMVبود. کلاسترهای ژنی با بیان بالا و پایین دسته بندی شدند. برای ارزیابی دقیق تر داده از پایگاه های داده غنی همچون Enrichr، STRING و Networkanalyst استفاده شد. در نهایت ژن های کاندید شده جدا و ارتباط پروتیینی آن ها نیز سنجیده شد.

964 ژن با بیان بالا و 837 ژن با بیان پایین در مسیرهای پیشرفت عفونت ویروسی های فرصت طلب با لنفوسیت ها نقش دارند. مسیر های چرخه سلولی، استرس اکسیداتیو، سنتز RNA و TGFB به صورت بارزی مشاهده شدند.

مطالعه حاضر نشان داد که پروتیین ها و ژن های مهمی در تقویت التهاب ویروس های فرصت طلب همچون اپشتین بار و سایتومگالو ویروس نقش عمده ای داشته که از میان آن ها CDK2, CCNB1, GSK3B, SRC و SMAD3 نقش بارزتری را نشان دادند.