بررسی پروتئین های مهم در ایجاد عفونت به واسطه ویروس نیل غربی در سلول های رنگدانه دار شبکیه

 ویروس نیل غربی عفونتی بوده که از طریق بندپایان خونخوار منتقل می شوند. تظاهرات چشمی یکی از ویژگی های عفونت ویروس نیل غربی است. آن ها بیشتر در ارتباط با بیماری عصبی شدید رخ می دهند. در این مطالعه با استفاده از آنالیز بیوانفورماتیک به بررسی و کاندید نمودن ژن های موجود در مسیرهای وابسته به عفونت ویروس نیل غربی در شبکیه چشم پرداختیم.

 در این مطالعه با استفاده از روش های بیوانفورماتیک و با مراجعه به پایگاه داده GEO دیتاست مناسب برای آنالیز انتخاب گردید. این دیتاست شامل پروفایل بیان ژنی در عفونت ویروس نیل غربی با سلول های رنگدانه ای شبکیه بود. کلاسترهای ژنی با بیان بالا و پایین دسته بندی شدند. برای ارزیابی دقیق تر داده از پایگاه های داده غنی همچون Enrichr، STRING و Networkanalyst استفاده شد. ژن های کاندید شده را جدا نمودیم و ارتباط پروتئینی آن با استفاده از نرم افزار cytoescape ورژن 3.7.1 سنجیده شد. مقادیر به دست آمده که P˂0.05 به عنوان داده های معنی دار انتخاب شد.

 830 ژن با بیان بالا و 500 ژن با بیان پایین در مسیرهای پیشرفت عفونت ویروسی نیل غربی در چشم نقش دارند. مسیر های آپوپتوز، نکروپتوزیس، اتوفاژی AMPK و MAPK به صورت بارزی مشاهده شدند. پس از ارزیابی ارتباط بین شبکه های پروتئینی، RIPK1، STAT1/3 و JAK2 افزایش بیان و ژن های GSK3B، MAPK8 و TSC2 کاهش بیان داشتند.

 مطالعه حاضر نشان داد که پروتیئن ها و ژن های مهمی در تقویت التهاب ویروس نیل غربی در شبکیه چشم نقش عمده ای داشته که از میان آن ها RIPK1، TSC2، STAT1 و  JAK2 نقش بارزتری را در این مسیر نشان دادند.