جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه "coat protein" در نشریات گروه "بیوتکنولوژی و ژنتیک گیاهی"
تکرار جستجوی کلیدواژه «coat protein» در نشریات گروه «کشاورزی»-
استفاده از ویروسهای گیاهی به عنوان حاملهای داروهای ضد سرطان در پزشکی روز به روز درحال افزایش است. تشخیص ویروس ها با استفاده از آنتی بادی های اختصاصی نیز اهمیت ویژه ای برای کنترل بیماری های گیاهی خصوصا در برنامه تولید بذر سیب زمینی دارد. یکی از مهمترین ویروس های سیب زمینی (PVX) Potato X Potexvirus با گستره جهانی و جزو اولین ویروسهای گیاهی مورد استفاده به عنوان حامل داروهای ضد سرطانی می باشد. در این تحقیق به منظور تولید پیکره های PVX، ژن Coat protein (CP) آن بصورت نوترکیب تولید گردید. ابتدا، واکنش RT-PCRبا استفاده از آغازگر های اختصاصی حاوی سایت برشی برای تکثیر CP انجام گرفت. الکتروفورز محصول PCR بر روی ژل آگارز، قطعه تکثیر شده به طول bp 714 را تایید کرد. ژن CP و پلاسمید pGBKT7 توسط آنزیم های BamHIو EcoRI برش داده شدند و پس از خالص سازی لیگاسیون بین آنها صورت گرفت. پلاسمید نوترکیب pGBKT7 -CPPVX با الکتروپوراسیون به باکتری E. coli منتقل و در آن تکثیر گردید. پس از گزینش باکتری های حاوی پلاسمید نوترکیب به کمک PCR و استخراج پلاسمید از آنها، توالی یابی درست بودن توالی ژن کلون شده را تایید کرد. در ادامه ژن CP در پلاسمید بیانیpET-21a به روش برش و لیگاسیون همسانه سازی شد. پلاسمید نوترکیب به سویه BL21 باکتری E. coli منتقل و کشت گردید. با اضافه کردن IPTG در محیط کشت باکتری تولید پروتئین CP از روی پلاسمید انجام و پروتئین های باکتری استخراج شد. الکتروفورز پروتئین، بیان شدن CP را نشان داد. این پروتئین پس از خالص سازی میتواند به عنوان حامل داروهای ضد سرطان کاربرد داشته باشد.
کلید واژگان: PVX, Coat Protein, بیان پروتئین, همسانه سازی, حامل داروThe use of plant viruses as carriers of anti-cancer drugs in medicine is increasing day after day. One of the most important potato viruses is Potato X Potexvirus (PVX) which is globally expanded and is one of the first plant viruses used as a carrier of anticancer drugs. In this research, in order to produce PVX particles, its Coat protein (CP) gene was expressed. First, the RT-PCR reaction was performed for CP amplification using specific primers containing the endonuclease digestion sites. Electrophoresis of the PCR product on agarose gel confirmed the amplified fragment with a length of 714 bp. Then the CP gene and pGBKT7 plasmid were digested by BamHI and EcoRI enzymes and after purification, ligation was done between them. Recombinant plasmid pGBKT7-CPPVX was transferred to E. coli bacteria by electroporation. After selecting the bacteria containing the recombinant plasmid by PCR and extracting the plasmids from them, sequencing confirmed the correctness of the cloned gene sequence. Then, the CP gene was cloned into pET-21a expression plasmid by digestion and ligation method. The recombinant plasmid was transferred to BL21 strain of E. coli and cultured. By adding IPTG in the bacterial culture medium, CP protein was expressed from the plasmid and bacterial proteins were extracted. Protein electrophoresis showed the expression of CP. After purification, this protein can be used as a carrier of anti-cancer drugs.
Keywords: Cloning, Coat Protein, Drug Carrier, PVX, Protein Expression -
ویروس ها ذرات شگفت انگیزی در طبیعت هستند که برای تکثیر با حداقل مجموعه ژنتیکی طراحی شده اند. این فرآیند حیاتی بسیار پیچیده، نیازمند زمان و همکاری هماهنگ تعدادی از پروتیین های ویروس و میزبان است. به منظور بسته بندی ژنوم، زیر واحد های پروتیینی تکرارشونده ویروسی با یکدیگر و با اسیدهای نوکلییک ویروسی ارتباط برقرار می کنند. اصل کلی حاکم بر بسته بندی، برهم کنش بین ساختار پروتیین پوششی (Coat Protein) و یک سیگنال خاص در اسیدنوکلییک است. تکثیر ویروس های +ssRNA و مونتاژ نوکلیوکپسید آن ها در سیتوپلاسم رخ می دهد و به برهمکنش های پروتیین-پروتیین و پروتیین-RNA نیاز دارد. فرآیند بسته بندی در آن ها خودبه خودی بوده و به ATP نیاز ندارد. برهم کنش بین زیرواحدهای پروتیین پوششی و RNA ژنومی توسط یک ساختار منحصر به فرد در توالی که تمایل بسیار زیادی برای برهم کنش با پروتیین پوششی دارد، کنترل می شود. وجود این ساختارهای خاص در اسیدنوکلییک ویروس که سیگنال بسته بندی (Packaging signal) یا OAS (Origin of assembly sequence) نام دارند، سبب تمایز اسید نوکلییک های ویروسی از سایر مولکول های RNA سلولی موجود در ناحیه ای که مونتاژ در آن روی می دهد، می شود. دانش کلی از سازوکار های دقیق ویروسی، شکل گیری پیکره و اجتماع ویروس ها و بسته بندی ژنوم آن ها که منجر به تشکیل ساختار های پایدار ویروسی می شوند یک پیش نیاز مهم برای درک زیست شناسی کلی ویروس ها می باشد.
کلید واژگان: اسید نوکلئیک, بسته بندی, پروتئین پوششی, مونتاژ, ویروسViruses are the amazing particles in nature that is designed to reproduce with a minimal genetic set. This vital process is very complex and requires the time and coordinated activities of a number of virus and host proteins. In order to the genome packaging, the virus protein subunits interact with each other and with viral nucleic acids. The general principle in packaging is the interaction between the structure of coat protein and a specific signal in RNA. Replication of +ssRNA viruses and their nucleocapsid assembly occurs in the cytoplasm and requires Pro-Pro and Pro-RNA interactions. The packaging process in them is spontaneous and does not require ATP. The interaction between the coat protein subunits and the genomic RNA is controlled by a unique structure in the sequence that is highly desired to interaction with the coat protein. The presence of these unique structures in the viral nucleic acid, called the packaging signal or OAS (origin of assembly sequence), causes viral nucleic acid to be distinguished from other cellular RNA molecules in the region which assembly takes place. General knowledge of the precise mechanisms of viruses, the configuration and aggregation of viruses, and the packing of their genomes that lead to the formation of stable viral structures is an important prerequisite for understanding the overall biology of viruses.
Keywords: Assembly, Coat protein, Nucleic acid, Packaging, Virus -
هدف این مقاله، شناسایی ویروس ای انگور، آنالیز تنوع ژنتیکی و ارتباط فیلوژنتیکی جدایه های GVA از تاکستان های استان زنجان است. برای این منظور، نمونه ای از تاکستان های استان زنجان بر اساس علایم مشخص جمع آوری شد. آران-ای کل از نمونه های برگ استخراج و برای ساخت cDNA آن ها از آغازگر شش تایی تصادفی استفاده شد. سپس یک قطعه دی ان ای شامل ژن کامل پروتئین پوششی ویروس در 9 نمونه از 57 نمونه بررسی شده به کمک پی سی آر، با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر شد. دو قطعه دی ان ای تخلیص، سپس تعیین توالی شد. شباهت توالی پروتئین پوششی دو جدایه این تحقیق 97.3% در سطح نوکلئوتیدی و با سایر جدایه ها -که قبلا گزارش شده بودند- 76 تا 95% در سطح اسید نوکلوئیک و 82 تا 98% در سطح اسید آمینه بود. درخت فیلوژنتیکی بر اساس ژن پروتئین پوششی، از تشکیل سه گروه (I, II, III) حکایت دارد که جدایه های ایرانی در گروه یک با جدایه هایی از مناطق جغرافیایی مختلف شامل اسرائیل، ایتالیا، چک، اردن، آمریکا و آفریقای جنوبی همراه بود. بر اساس اطلاعات موجود، این اولین گزارش از ردیابی و آنالیز فیلوژنتیکی جدایه های GVA از تاکستان ها براساس ژن کامل پروتئین پوششی در یکی از مناطق عمده کشت انگور در ایران است.کلید واژگان: پروتئنی پوششی, ویتی ویروس, آنالیز فیلوژنتیکی, آرتی پی سی آر, توالی یابیSymptomatic grapevine samples were collected from vineyards in Zanjan province to detect Grapevine virus A. Total RNA was extracted from symptomatic leaf samples and subjected to cDNA synthesis using random hexamer primers. Then, a DNA fragment around 800 bp including the complete coat protein (CP) gene was amplified from nine out of 57 samples by polymerase chain reaction (PCR) using specific primers. The infection rate of GAV in vineyards was around 4%, 6%, 2%, and 6% in Zanjan, Abhar, Tarom, and Khoramdareh, respectively. Two DNA fragments corresponding to samples Abhar (p25) and Zanjan (p26), were purified and sequenced. The CP-nucleotide sequence identity between two Iranian isolates was 97.3%. However, sequence identity with previously reported isolates were 76 to 95% and 82 to 98% at the nt and amino acid levels, respectively. CP-based phylogenetic trees showed three main groups (I, II, III) in which p25 (MG977013) and p26 (MG977013) isolates were placed in the group I together with isolates from different geographical regions including Palestine (Israel), Italy, Czech Republic, Jordan, USA and South Africa. To our knowledge, this is the first report of detection and phylogenetic analysis of GVA isolates from Iranian vineyards based on the complete CP gene. Positive selection value was observed on codon 25 indicating the role of this position probably in virus survival and flexibility against evolutionary forces.Keywords: Coat protein, Phylogenetic analysis, RT-PCR, Sequencing, Vitivirus
-
ویروس وای سیب زمینی (Potato virus Y، PVY) یکی از رایج ترین و مخرب ترین ویروس های یافت شده در سیب زمینی بوده و پراکنش جهانی دارد. به طورکلی PVY دارای سه نژاد اصلی PVYN، PVYC، PVYO و دو نژاد نوترکیب PVYNTN و PVYWilga می-باشد. به منظور تعیین نژاد های این ویروس در استان گلستان نمونه برداری از مزارع سیب زمینی صورت گرفت. نمونه ها با روش الایزای غیر مستقیم با آنتی سرم اختصاصی PVY آزمون شدند. تهیه cDNA از نمونه های مثبت انجام شده و سپس واکنش RT-PCR انجام شد. محصول نهایی PCRتعیین ترادف شد و ترادف ها با ترادف سایر نژاد های PVY موجود در بانک ژن مقایسه شدند. سه نژاد PVYN، PVYO و PVYWilga برای اولین بار در این استان بر روی میزبان مذکور یافت شد. آنالیزهای فیلوژنتیک این جدایه ها نشان داد که نژاد های PVY در چهار گروه مجزا قرار گرفته و نژاد های ایران بیشترین شباهت را با نژاد های کشورهای لهستان، آلمان، کانادا و برزیل داشت. نژاد PVYN با 03/64 درصد پراکنش به عنوان نژاد غالب در مزارع سیب زمینی استان گلستان شیوع دارد.
کلید واژگان: نژاد, آنالیزهای فیلوژنتیک, اندامک درونهستهای بزرگ, پروتئین پوششی, ویروس وای سیبزمینیJournal of Genetics, Volume:10 Issue: 3, 2015, PP 429 -436Potato virus Y one of the most common and destructive viruses found in potatoes (Solanum tuberosum L.), and has a worldwide distribution. Generally, PVY have three strains including PVYN، PVYC، PVYO and two recombinant strains PVYNTN and PVYWilga. In order to determine the strains of the virus in the Golestan province samples were collected from potato fields. Samples were verified using an antiserum against PVY by indirect ELISA and posetive samples used in purvey of cDNA and RT-PCR test. Final PCR product was sequenced and comparison was made between these isolates and a number of other PVY strains available in GenBank. Three strains PVYN, PVYO and PVYWilga was reported first time in this province. In phylogenetic analysis showed that investigated strains were grouped into 4 groups. In this tree, Iranian isolate had most similarity with strains of Poland, Germany, Canada and Brazil. PVYN with 64. 03 percent distribution as the dominant strain has spread in potato fields in Golestan province.Keywords: Coat protein, Large nuclear inclusion protein, Phylogenetic analyses, Potato virus Y, Strain -
ویروس لکه حلقوی بافت مرده هسته داران (Prunus necrotic ringspot virus، PNRSV)، ویروس موزائیک سیب (Apple mosaic virus، ApMV) و ویروس موزائیک آرابیس (Arabis mosaic virus، ArMV) از مهمترین ویروس های گل رز در دنیا به شمار می آیند. هدف از انجام این پژوهش ردیابی و تعیین پراکنش این ویروس ها در گلستان های گل محمدی واقع در استان های اصفهان، کرمان و مرکزی بود. به این منظور، 749 نمونه برگی طی دو سال زراعی 1391 و 1392 و بصورت تصادفی از این گلستان ها جمع آوری شدند. آلودگی این نمونه ها به PNRSV، ArMV و ApMV با استفاده از آزمون سرولوژیکی به روش الیزای مستقیم (Double Antibody Sandwich-ELISA، DAS-ELISA) و با استفاده از پادتن های اختصاصی برای هر کدام از سه ویروس، بررسی شد. نتایج نشان داد که در سال زراعی 1391، 4/41 درصد از نمونه ها به ArMV، 2/20 درصد از نمونه ها به ApMVو 6/3 درصد از نمونه ها به PNRSV و در سال زراعی 1392، 2/31 درصد از نمونه ها به ArMV، 5/32 درصد از نمونه ها به ApMV و 4/16 درصد از نمونه ها به PNRSV آلوده بودند. با توجه به این که پراکنش PNRSV نسبت به دو ویروس دیگر بیشتر بود، تعیین توالی ژن رمزکننده پروتئین پوششی PNRSV برای بررسی بیشتر جدایه های این ویروس انجام، درخت فیلوژنتیکی ترسیم و ماتریس درصد تشابه و ردیابی وقایع نوترکیبی انجام شدند. بر اساس درخت فیلوژنتیکی، جدایه-های ایرانی در گروه PV96 قرار گرفتند. این اولین گزارش از بررسی تنوع ژنتیکی PNRSV در ایران و اولین گزارش از وقوع آلودگی گلستان های گل محمدی استان های مرکزی و اصفهان به PNRSV، ApMV و ArMV می باشد.
کلید واژگان: پروتئین پوششی, تعیین ترادف, ApMV, ArMV, PNRSVPrunus necrotic ringspot virus (PNRSV)، Apple mosaic virus (ApMV) and Arabis mosaic virus (ArMV) are important rose viruses in the world. The aims of this study were to detect the viruses and evaluate their distribution in damask rose floricultures of the Isfahan، Kerman and Markazi Provinces. To do this، total 749 leaf samples were collected randomly from floricultures of the mentioned provinces in 2012-13. Presence of the viruses in the samples was checked by DAS-ELISA using specific antibodies against each of the viruses. The result of ELISA test on collected samples in 2012 showed that 4. 41%، 2. 20% and 6. 3% of the samples were infected with ArMV، ApMV and PNRSV، respectively. These percentages for samples collected in 2013، were 2. 31%، 5. 32% and 4. 16%. Because of wider distribution of PNRSV in comparison to ArMV and ApMV، coat protein gene in four isolates of PNRSV was cloned and sequenced. Phylogenetic tree was drawn and recombination analyses were performed. Based on the phylogenetic tree، Iranian isolates were placed in PV96 phylogroup. This is the first report of genetic diversity of PNRSV in Iran and also the first incidence report of ArMV، ApMV and PNRSV in Isfahan and Markazi provinces.Keywords: ApMV, ArMV, Coat protein, PNRSV, Sequencing -
ویروس موزائیک خیار (CMV Cucumber mosaic virus،) یکی از ویروس های مهم کدوئیان در نقاط مختلف دنیاست. به منظور شناسایی و تعیین جایگاه تکاملی جدایه های این ویروس، تعدادی نمونه از استان های کرمان و یزد جمع آوری گردید. آلودگی به CMV در این نمونه ها توسط آزمون DAS-ELISA مورد بررسی قرار گرفت. بر اساس گیاه میزبان و مناطق نمونه-برداری، از نمونه های آلوده شش جدایه متفاوت، جهت مطالعات مولکولی انتخاب گردیدند. با استفاده از آزمون RT-PCR و آغازگرهای اختصاصی، یک قطعه 946 جفت بازی در برگیرنده ژن پروتئین پوششی، تکثیر، همسانه سازی و تعیین ترادف گردید. قطعات همسانه سازی شده جهت تعیین جایگاه تکاملی جدایه های ایرانی با ترادف های مشابه مربوط به سایر جدایه های CMV موجود در بانک ژن مقایسه شدند. آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد که جدایه های بررسی شده در دو زیر گروه I و II قرار می-گیرند که زیر گروه I نیز به دو زیر گروه IA وIB تقسیم می-گردد. دو جدایه ایرانی CMV در زیر گروه IA و چهار جدایه دیگر در زیر گروه IB واقع گردیدند. بیشترین میزان تشابه ترادف نوکلئوتیدی در بین جدایه های ایرانی به میزان 1/99% دربین دو جدایه Ker.Ker.Pep و Ker.Ker.Mel.2 از زیر گروه IB و کمترین میزان تشابه به میزان 1/92% بین دو جدایه Ker.Jir.Cu از زیر گروه IA و Yaz.Yaz.Tom از زیر گروه IB تعیین گردید. جدایه های زیر گروه IB اختصاص به کشورهای شرق آسیا داشته و این بررسی اولین گزارش از وجود تعدادی ازجدایه های CMV مربوط به زیر گروه IB از ایران و خاورمیانه می باشد.
کلید واژگان: فیلوژنی, پروتئین پوششی, ویروس موزائیک خیارCucumber mosaic virus (CMV) is one of the most important viruses of cucurbits worldwide. To study the phylogenetic relationships of several CMV isolates, a number of samples were collected from Kerman and Yazd provinces. The CMV infection of the samples was tested using DAS-ELISA method. Based on the host and geographical regions, six ELISA positive samples were chosen for molecular characterization. A 946 bp fragment comprising fulllength of coat protein gene with its flankes was amplified by RT-PCR using specific primer pairs, cloned and sequenced. Sequence comparisons were done using DNAMAN software on CP gene of Iranian isolates and those of available in GenBank. Phylogenetic analysis showed that CMV isolates were divided into two subgroups I and II in which the subgroup I was further divided into two subgroups of IA and IB. Two Iranian isolates sequenced in the present study were placed in the subgroup IA and the rest of isolates in the subgroup IB. The higest nucleotide sequence identity of 99.1% was obtained for the isolates Ker.Ker.Pep and Ker.Ker.Mel.2 (subgroup IB) while the lowest for the isolates Ker.Jir.Cu isolate (subgroup IA) and the Yaz.Yaz.Tom of 92.1 %. Isolates of subgroup IB belong almost exclusively to East Asia. It is the first report of occurrence of subgroup IB of CMV isolates in Iran and Middle East.Keywords: Phylogeny, Coat protein, Cucumber mosaic virus
- نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شدهاند.
- کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شدهاست. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
- در صورتی که میخواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.